我们前面教程：450K芯片上面的甲基化探针到底需要进行哪些过滤 已经强调过了甲基化芯片数据分析的一些注意事项，以及标准代码，共享了大量的学习资料。也分享了一篇甲基化芯片文献的标准图表，现在需要进行数据挖掘了。 Continue reading →

昨天上午在群里看到有小伙伴问了一个很有意思的问题，就是cox生存分析结果也可以火山图可视化，而且他提问的方式值得鼓励，所以我回答了他，并且把代码分享出去了。 Continue reading →

前面我在生信技能树分享过 批量cox生存分析结果也可以火山图可视化 介绍了火山图的基础认识，同时也给了大家代码可以批量做cox分析，并且绘制出来火山图。 Continue reading →

我们的免费数据分析活动吸引了大量的粉丝， 这个春节我一个人就做了一百多个项目，很充实！如果你也需要免费的数据分析，直接看文末。

一个看似很复杂的项目

今天我们分享其中一个数据分析委托任务，粉丝来信是给我一个参考文献，想在LUSC里面重复下面这个LUAD结果。 Continue reading →

相信TCGA和ICGC对搞癌症多组学研究的朋友们来说，应该是不陌生了：

• The Cancer Genome Atlas (TCGA)
• International Cancer Genome Consortium (ICGC)

海量的数据对绝大部分研究者来说只能是望洋兴叹，所以英国癌症中心一直在为推广NGS技术产生的各种各样的数据分析而努力，近3年的生信暑期学习班含金量颇高。而且在朋友圈看到好几个人分享这个生信暑期学习班，有必要我在生信技能树也专门分享一下。 Continue reading →

一眨眼，我们单细胞天地又持续输出了一年，但是我们团队毕竟不是科研服务公司，没有人付费养着我们做研发。所以现有团队时间和精力实在是有限，尤其是单细胞领域高速飞奔，CNS文章发表的速度远超我们能提供的详细解读速度！ Continue reading →

本期我们学习的文章是Integrated transcriptomic analysis of distance-related field cancerization in rectal cancer patients ，文章思路如下图所示：取肿瘤不同距离处样本，测序，找到表达量与距肿瘤远近相关的基因，然后进行功能注释、生存分析等等。

学习任务是：用lme4构建线性混合效应模型，找到表达量与距离相关的基因。 Continue reading →

以下笔记分享来自于2019-11月学徒：

因为国内需要下载GEO芯片原始数据，但是下载速度真的感人，只有几k。老是找海外的朋友又觉得不好意思，所以就看看github大神有没有什么办法，果然找到了！！！ Continue reading →

昨天我们在生信技能树解读了 从招聘信息看一个合格的生信工程师该会哪些 ，朋友圈有一小撮人冷嘲热讽，说辛辛苦苦学了那么多，工资也就万把块钱每个月。我就呵呵，谁让你当年选择了生物呢？本来应该是去卖保险信用卡股票期货的你，因为遇到了生信，有幸找到一份养家糊口的工作你还得寸进尺？好不容易你才走入了社会正常运转的一环，成为一个不可或缺的螺丝钉，对没有背景的你来说，已经是鲤跃龙门啦！ Continue reading →

原文链接在微信：https://mp.weixin.qq.com/s/KZ0H8BtMgAH4iActOuDLIA
自我隔离在家一个多月了，除了最开始号召粉丝在家里看视频搞学习，分享了 华清大学、京北大学联合发现：#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#，因为确实宅家是目前有效的防范冠状病毒的手段之一。 Continue reading →

很多粉丝一直有一个疑问，为什么我全部的教程免费在生信技能树，生信菜鸟团，单细胞天地，而教学视频免费在B站，YouTube等。偏偏一个简单的生信入门反而收费，不过是讲解最基础的R包安装，数据类型，数据结构，函数，循环这样看起来烂大街的知识点而已。

• 详见：全国巡讲全球听（买一得五） ，你的生物信息学入门课！ Continue reading →

很多粉丝在询问是否能参加我们的 全国巡讲全球听（买一得五） 课程都喜欢问一个问题，自己的电脑比较旧了，能否跟得上课程。其实呢，如果仅仅是从授课角度，4G内存的电脑都ok的，但是你学了生物信息学这么强大的技术，如果还使用那么烂的电脑，我感觉你会陷入巧妇难为无米之炊的尴尬处境。早在两年前我就分享过 个人计算机推荐，然后很多人就此次抛弃了Windows，投入Mac的怀抱，但是呢，第一步居然把自己的Mac电脑安装一个Windows操作系统？？？ Continue reading →

我们在单细胞天地发布的全网第一个单细胞转录组课程，精炼了常规单细胞转录组数据分析主线，就是5大R包， scater,monocle,Seurat,scran,M3Drop，然后10个步骤：

• step1: 创建对象

• step2: 质量控制

• step3: 表达量的标准化和归一化 Continue reading →

我们生信技能树团队美女设计师在公众号发布了一个好玩的游戏，欢迎参与：https://mp.weixin.qq.com/s/h17jpmyqf-t1pFgjW78dHQ
早在四年前我建立生信技能树论坛时候，就架构好了一个生信工程师成长框架，对应着我们生信技能树论坛的各个板块，再次汇总一下： Continue reading →

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式，可以让我学到很多知识，我一直强调一个人的力量实在是有限的，哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力，也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程，涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累，这个21世纪的学科，即使我如此努力，仍然是完成了不到1%的知识整理，如果没有团队， 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading →

前面我们已经介绍了：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育） 然后回答了一个学员的问题: 拟时序分析的热图提取基因问题 ，但是因为大家对monocle包的说明书不熟悉，对R不熟练，以至于无法个性化处理monocle的各种中间结果，所以问题是多种多样。 Continue reading →

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法，基本上跟着我的代码走一波就可以学会了，当然具体参数理解需要自行发力哦，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育） 用法只是最基础的知识而已，更多的时候，我们需要活学活用，比如课程学员提到的问题，就是因为做不到活学活用，他想知道下面的拟时序分析的热图提取基因，学员把基因按照发育顺序绘制了热图，而这些基因被他分成了3组，想拿基因去做GO/KEGG等数据库进行功能注释，不知道如何获取基因名字。 Continue reading →

前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。
但是我留下了一个疑问给读者，就是甲基化信号值矩阵的差异分析策略抉择问题。而且甲基化信号值矩阵有3个层次的差异分析：DMP，DMR，DMB： Continue reading →

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式，可以让我学到很多知识，我一直强调一个人的力量实在是有限的，哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力，也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程，涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累，这个21世纪的学科，即使我如此努力，仍然是完成了不到1%的知识整理，如果没有团队， 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading →

今晚我们生信技能树的学习大使《二货潜》神神秘秘的甩给我一个GitHub资源链接，里面有一份非常好的数据分析学习资料：加拿大生物信息学研讨会，而且笃定我们生信技能树以前没有分享过。确实我在生信技能树写了1.3万篇教程，还真记不清楚我以前有没有分享过。但是最近我们就分享过两个类似的资源： Continue reading →