12

10x的单细胞转录组fastq文件的R1和R2不能弄混哦

12

10x的单细胞ATAC上游流程之cellranger-atac

前面我们组建的《 单细胞多组学上下游全打通 》的微信交流群,提到了该文章的数据集PRJNA768891里面的 atac的10x的单细胞,在ena下载是没有用的,必须去ncbi的sra下载,然后自己转fq文件。见:单细胞数据在ENA数据库和NCBI的SRA是有区别的

软件和数据库文件都需要自己在10x的官网简单的注册后免费的下载和安装: Continue reading

20

敲除Dnmt1基因对小鼠肺部发育的影响-**GSE175640 **(Read10X)

背景介绍:

DNA 甲基化是一种表观遗传标记,可限制染色质的可及性,并在器官发生过程中调节时空基因表达。Dnmt1 是研究最多的 DNA 甲基转移酶之一,它主要参与保存进行有丝分裂的细胞中的 DNA 甲基化模式。其中Dnmt1 在胚胎肺内胚层中的作用已被发现,但其在胚胎肺中胚层的扩张、维持和分化中的作用还未见报道。GSE175640单细胞数据集,表明 Dnmt1 是胚胎肺中胚层正常发育至关重要。敲除胚胎肺中胚层中的 Dnmt1,发现 Dnmt1 严重影响胚胎脉管系统的发育和中胚层对肺间充质细胞谱系。 Continue reading

20

想要AUC值高啊!做分类模型啊!放弃预后!

最近在整理表观相关技术文献,包括各种甲基化芯片技术,27k,450k,850k,以及甲基化测序的 WGBS和RRBS其实它们应用,最后也是构建各种模型,比如分子分型啊,细胞比例他推断啊,分类模型或者预后模型。而且这个分类模型的AUC高到令人瞠目结舌,比如2018的的文章,标题是:《A novel discriminating colorectal cancer model for differentiating normal and tumor tissues》链接是:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30324808/ Continue reading