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Figtree的把进化树文件可视化

下载软件

http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/

我们这里就在window平台下使用,所以直接下载zip包即可,解压即可使用

准备数据

我这里就简单的用muscle生成了一个树文件来看看结果TRAV.fa 是一百多个类似的基因

muscle -in TRAV.fa -out tmp

muscle -maketree -in tmp  -out TRAV.tree

这个树文件TRAV.tree是Newick format,可以直接被figtree识别从而画图

软件使用

很简单,下载,点击即可使用,然后导入树文件,就可以直接出图啦!

Figtree的把进化树文件可视化368

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Muscle进行多序列比对

软件的主页是

http://www.drive5.com/muscle/

进入主页,简单看看软件介绍,这个软件还是蛮牛的,一个人在家里自己写出来的,当然,对于普通人来说,这个软件跟clustalW没什么区别,反正都是多序列比对啦!

我们下载适合我们平台的版本即可!

Muscle进行多序列比对193

准备数据,我这里选择的是几个短小的蛋白

Muscle进行多序列比对215

 

这里有两种比对方式,都是很简单的命令

一种是先比对,再生成树文件(树的格式是Newick format, )

muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a

muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy (这里有两种构建树的方式)

另外一种是比对成aln格式的数据,然后用其它软件(phyml或者phylip)来生出树文件

muscle -in mouse_J.pro   -clwout seqs.aln

可以看到比对的效果还是蛮好的,是aln格式的比对文件,这个格式非常常用

Muscle进行多序列比对505

或者输出phy格式的比对文件,

muscle -in mouse_J.pro  -physout seqs.phy

Muscle进行多序列比对685

可以被phyml等软件识别,然后来构建进化树,见  http://www.bio-info-trainee.com/?p=626

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用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

本来还没这么快写进化专题的,但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件,看看能否生成树,我就试用了一下phyml这个软件,挺简单的。

一、下载并安装该软件

这是一个很简单的软件,我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦,官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序,我这里用linux64的。

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip

unzip PhyML-3.1.zip

构建进化树phyml241

二.准备文件

它需要的phy格式的多重比对结果文件,一般是clustalW或者muscle比对的结果

构建进化树phyml294

可以看到是53个蛋白,多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。

三.命令

./PhyML-3.1_linux64   -i test.phy  -d aa   -b 1000   -m LG   -f m -v e -a e -o tlr

这些参数在运行的时候都会显示出来

构建进化树phyml434

具体解释见博客 http://www.chenlianfu.com/?p=2221

 

四,输出文件

这个时间会很久,大家有心里准备!!!总共会输出四个文件,

test.phy_phyml_tree.txt        :    最大似然法构建的进化树

test.phy_phyml_boot_stats.txt  :    bootstrap 的统计信息

test.phy_phyml_boot_trees.txt  :    bootstrap 树

test.phy_phyml_stats.txt       :    程序运行的中的参数和结果统计

 

然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt  就可以用figtree等软件画图啦!!!