我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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逆向收费读文献社群

刻意练习,10万小时定律,相信大家都有所了解。

我们生信技能树平台最近开始做生物信息学入门培训,感触良多,虽然大家相比我入门摸索生信的姿势来说是幸运很多,但对真正的科研来说,仍然不够,科研不是简单的分析一套数据拿到变异位点,或者差异基因,进行注释即可,而是要完整的讲好一个故事。而一个生物学故事是由背景知识+前人工作总结+方法+自己的结果+展望组成,大量的已经完成的好的故事值得我们学习和借鉴。 Continue reading

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新的致癌基因KLHL22

一个月前朋友刚刚推荐了2018的nature The protein histidine phosphatase LHPP is a tumour suppressor 阐述了一个新的抑癌基因LHPP,今天又有朋友推荐了一个新的致癌基因KLHL22 ,文章是:KLHL22 activates amino-acid-dependent mTORC1 signalling to promote tumorigenesis and ageing.

在PubMed查询:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=KLHL22

https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=KLHL22 Continue reading

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counts2rpkm

为什么要做这个计算

大家都知道在真核生物里面,一个基因有多个转录本,每个转录组又是由不同的外显子组合而成,以前老旧的RNA-seq分析流程比较喜欢用RPKM值来量化表达量。大家很容易可以搜索到RPKM的公式,里面考虑到了基因长度。 Continue reading