我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。
一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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06

我学会docker啦!希望你也可以学会

​写在前面

以前胡兄为我们生信技能树公众号写一个阿里云服务器处理RNA-seq和ChIP-seq数据(点击阅读)的教程的时候提到了docker这个打包技术,可以迅速的重现一个pipeline。虽然我以前也偶尔看到过这个名词,但是这是它第一次以生物信息学相关角色进入我的知识库。

这么神奇的东东,我岂能错过。下面就简单描述一下我的学习过程及理解: Continue reading

01

我会学习R的bookdown,因为这个博客

当然,我是先搜索到了R的bookdown,再看到他到博客的,http://www.pzhao.org/zh/
很佩服博主,不仅仅是因为他r语言玩的很溜,更重要的是是他的人生经历。
大家直接去他的博客浏览哈,我也会跟着学习的。
bookdown的详细介绍见使用手册。他的使用体验写成了三篇帖子:

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12

perl模块安装大全

今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题,因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的,尤其是分量很重的VEP,所以即使你再如何如何的讨厌perl,也不得不与之打交道。

这种细节问题问我,我当然无法直接给出答案咯。毕竟,我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客,才意识到,我竟然已经写了7篇教程,关于perl的模块。目录如下:

首先需要自己确定已经安装了哪些模块,都安装在哪里?还有新的模块需要安装到哪里?
然后再学习如何安装新的模块。

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05

文献阅读笔记-DIPG里面的Super-enhancers可能是治疗靶点

背景:
Diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) is a universally fatal pediatric cancer.
A histone-3 K27M mutation affects ∼80% of DIPGs and drives aberrant transcription.

早在2015年的83个药物对14个DIPG细胞系的筛选实验中,就发现哪怕是效果最好的multi-HDAC inhibitor panobinostat也会被某些DIPG细胞系产生耐药性。(http://www.biotrainee.com/thread-1599-1-1.htmlContinue reading

05

文献阅读笔记-对肿瘤细胞系进行药物筛查

我看到一篇nature medicine文章里面提到了这个对肿瘤细胞系进行药物筛查文章链接:https://www.nature.com/nm/journal/v21/n6/full/nm.3855.html

首先,肿瘤细胞系是:

We assembled a panel of 14 patient-derived DIPG cell cultures, created using neurosphere and adherent models and obtained from both biopsy and autopsy samples (Fig. 1a), representing the breadth of DIPG cell cultures available worldwide at the initiation of the study. Continue reading

05

文献阅读笔记-2014-K27M-H3.3-DIPG

DIPG和 adult glioblastomas (GBMs) 很大区别,不应该用同样的治疗方式。

测序策略是:

We integrated deep sequencing analysis of 36 tumor-normal pairs (20 whole-genome sequencing (Illumina HiSeq 2000) and 16 whole-exome sequencing (Applied Biosystems SOLiD 5500xl)) with comprehensive methylation (28 DIPGs; Illumina Infinium450k methylation array), copy number (45 DIPGs; Affymetrix SNP6.0) and expression (35 DIPGs; Illumina HT-12 v4) data (Supplementary Table 1).  Continue reading

05

文献阅读笔记-2013-H3K27me3 and K27M mutation

这篇文章是Received 29 March 2013, Revised 9 August 2013, Accepted 4 October 2013, Available online 31 October 2013

同时还有17 MAY 2013一篇science文章提到了K27M mutant影响了PRC2活性

we performed IHC for H3K27me3 in a large cohort of pHGGs with known H3F3A mutation status (n = 104).

Strikingly, all K27M mutant pHGGs (n = 21) showed a strong reduction of overall H3K27me3 levels.

这篇文章就这一个目的,抢这个热点。
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05

文献阅读笔记-2012–Hotspot Mutations GBM

这篇文章最重要的观点是甲基化用来给GBM分组,分成了6组,至于突变什么的,随便讲了讲,反正数据也不给下载。

We identified six epigenetic and biological GBM subgroups displaying distinct global DNA methylation patterns, which harbor unique hotspot mutations, DNA copy-number alterations, and transcriptomic patterns.

分组如下: Continue reading

05

文献阅读笔记,2012-Driver mutations-GBM

主要是做测序

To decipher the molecular pathogenesis of paediatric GBM, we undertook a comprehensive mutation analysis in protein-coding genes by performing whole-exome sequencing (WES) on 48 well-characterized paediatric GBMs, including 6 patients for whom we had matched non-tumour (germline) DNA.

只有6个患者有NT配对样本,用来找somatic的mutation,结果发现其中4个患者就有H3F3A的突变,但是H3F3A本身是非常保守的,所以这个现象值得研究。

to our knowledge no human disorders have specifically been associated with mutations in histones, including H3.3

所以才扩大了WES测序样本数量。 Continue reading

28

我测试了一下Jbrowse的安装及初步试用

前些天我们公众号元老,熊,投稿了关于Jbrowse的史上最全介绍,如下:

可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍(请点击阅读)

发现下面文章的图片都挂掉了,请直接点击这个链接查看:http://mp.weixin.qq.com/s/P32LxR-cFPN3pw25ba5sIg,下面不用看了,反正没有图片了

这个现象很奇怪:博客和公众号,都是用的有道云分享出来的图片,结果博客里面的图片挂掉了,微信里面还有!

最为生物信息学痴的我当然不能错过,今天终于找到了空隙时间来体验一把!

全部体验报告如下:

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02

生信菜鸟团对应的QQ群已经满了,请根据学习方向选择加入分群

生信各种组学群 554052300

WGS/WES/RNA-SEQ/CHIP-SEQ
单细胞转录组分析
de novo 组装(Trinity)
质控(MISO,fastqc,fastx,RSEM)
counts(HTseq,BEDtools,RNA-SeQC)
序列比对(BWA,GSNAP,TopHat,Hisat,Star,bowtie)
寻找差异基因(voom,DESeq,DESeq2,edgeR,BaySeq,SAMseq,)
富集分析(GOstats,GSEA,web-tools)
可变剪切
基因融合(SOAPfusion,FusionSeq, deFuse , TopHat-Fusion , FusionHunter , SnowShoes-FTD, chimerascan,FusionMap)
拷贝数变异检测
alle specific 表达差异
共表达网络
miRNA分析
病毒检测分析
其它注释

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06

scalpel软件找indel

Scalpel is available here: http://scalpel.sourceforge.net/
文章是: http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n10/full/nmeth.3069.html
很赞的工具!
软件说明书写的也比较详细:http://scalpel.sourceforge.net/manual.html
他提供了3种情况的找INDELs变异,我目前需要用的就是对我的全基因组测序数据来找,所以用single模式:
为了节省对计算资源的消耗,作者建议我单独对每条染色体分别处理。 Continue reading