100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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多位点取样探索肿瘤异质性的研究集锦

2012-新英格兰-4个ccRCC病人的26个肿瘤部位

Endesfelder, D., Math, D., Gronroos, E., Ph, D., Martinez, P., Ph, D., … Ph, D. (2012). Intratumor Heterogeneity and Branched Evolution Revealed by Multiregion Sequencing. New England Journal of Medicine.
只有4个ccRCC病人,26个肿瘤组织测序,平均测序深度74而已,是clear cell renal cell carcinoma,取样如下: Continue reading

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(2020年4月份)第16周(总第112周 )- 单细胞基因组测序表明TNBC的CNV发展是爆发式的

非整倍体是癌症的特征之一,但是关于癌症发生发展期间二倍体基因组如何演变为非整倍体的研究仍然是不够,所以发表于Nat Genet. 2016 Oct; 的文章的作者纳入了12个TNBC病人,测了他们的1000个单细胞基因组序列。来探索是否应该是 punctuated copy number evolution (PCNE) 模型。 Continue reading

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(2020年4月份)第15周(总第111周 )- 多位点取样外显子测序看食管癌的肿瘤内部突变异质性

本研究发表于 Nat Commun. 2019 Apr ,题目是:Multi-region sequencing unveils novel actionable targets and spatial heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma. 纳入 39个ESCC病人,然后取肿瘤样品 185个,146个原位癌症样品和21个淋巴结转移样品。不仅仅是肿瘤外显子测序,还有一些TCR测序。 Continue reading

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(2020年4月份)第14周(总第110周 )- 卵巢癌领域的第二个类器官研究

前面我们介绍过卵巢癌领域的第一个类器官研究,发表于 September 13, 2018,题目是:Prediction of DNA Repair Inhibitor Response in Short Term Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids 研究者共成功制备了33 organoid cultures derived from 22 HGSC patients ,但是做的数据分析很少,常规的WES+RNA测序数据,而且做的是短期培养,最后研究者从IHC结果还有SNV/CNV全景图来说明病人的肿瘤样品与其培养的类器官匹配情况。数据在phs001685.v1.p1需要申请才能下载。 Continue reading

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(2020年3月份)第12周(总第108周 )- 单细胞转录组探索小鼠性腺发育

单细胞转录组技术在发育生物学领域应用的最为成熟和广泛,单细胞领域大拿汤富酬就是在发育生物学方向颇有建树。本次要分享的两篇文章:2018, Cell Reports 和 2019, Cell Reports是同一个研究团队的成果,2018的研究是是取Tg(Nr5a1-GFP) 雄性小鼠的睾丸在 5个发育时间点 (E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, and E16.5) 进行单细胞转录组测序,2019的研究是Tg(Nr5a1-GFP) 转基因小鼠的性腺在6个发育时间点 (E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, E16.5, and post-natal day 6 [P6])。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之原位癌症和转移癌症的区别

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于普通杂志:Mol Cancer Res. 2019 Feb; 文章是:Molecular Correlates of Metastasis by Systematic Pan-Cancer Analysis Across The Cancer Genome Atlas. 系统性的研究了TCGA数据库的11种癌症的 4,473 primary tumor samples and 395 tumor metastasis samples ,发现不同癌症的 转移和原位癌的表达差异都很大,不同癌症有一些overlap情况,当然除了比较mRNA-seq数据,还有miRNAs,RPPA, DNA methylation 的数据的比较探索。还利用了 Gene expression data (TPM values) from GTEx Analysis version 7 数据库,也有一些GEO数据库的,比如GSE110590。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之肿瘤免疫浸润情况

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Clin Cancer Res. 2018 Aug ,题目是:A Pan-cancer Landscape of Interactions between Solid Tumors and Infiltrating Immune Cell Populations. 系统性的研究了 9,174 tumors of 29 solid cancers 的免疫浸润情况。这些免疫数据都是可以在 https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/panimmune 下载的。本来我以为这篇文章做的很简单,以为下载 panimmune 数据就好,但是看了文章的附件,我才知道,我想的简单了。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之上皮细胞-间充质细胞转化

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 Dev Dyn. 2018 Mar;的研究,题目是:Pan-cancer survey of epithelial-mesenchymal transition markers across the Cancer Genome Atlas. 系统性的分析了32个癌症的一万个病人的数据,主要集中于 16-gene signature of canonical EMT markers 跟前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep ,还有 Nucl Receptor Res. 2015 Dec 类似的地方,都是研究固定有生物学意义的基因集。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之PhyloWGS算法的肿瘤内部异质性和基因组不稳定性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 PLoS Genet. 2018 Sep 的研究,Pan-cancer inference of intra-tumor heterogeneity reveals associations with different forms of genomic instability. 系统性的探索了32种癌症的接近6000个肿瘤病人数据的肿瘤内部异质性情况,值得注意的是作者这里使用PhyloWGS算法的结果来代表肿瘤内部异质性,所有的生物学意义的结论都是基于这个假设。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之同源重组修复通路

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Nat Commun. 2017 Oct , 题目是:Pan-cancer analysis of bi-allelic alterations in homologous recombination DNA repair genes. 主要是探索 homologous recombination (HR) DNA repair 通路里面的BRCA1 and BRCA2 ,相关基因有102个。类似的研究具体的某个有生物学意义的基因集的研究很多,比如 前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep ,还有 Nucl Receptor Res. 2015 Dec和 Dev Dyn. 2018 Mar; 他们的分析思路都大同小异,可以整合。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之snoRNAs

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Cell Rep. 2017 Nov 的pan-cancer研究,题目是:A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer. Continue reading