100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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什么,生信入门全套书籍仅需160

不出意外,朋友圈又被六一儿童节刷屏了,但是我微信里面没有一个“儿童”,有意思。
成年人了,面对现实吧,我在生信技能树分享的1.3万篇教程你肯定没有看完,我在B站共享的公益100个小时教学视频你大概率也是没有看完。学习资料及学习内容在:2020学习主旋律,B站74小时免费教学视频为你领路Continue reading

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什么时候P值大于0.05也无所谓呢

我在生信技能树分享了一个教程:不要怀疑,你的基因就是没办法富集到统计学显著的通路,然后在生信菜鸟团给了一个解决方案:差异基因没办法富集到通路你就放弃了吗,但是他们都是基于转录组表达量来的,这并不意味着GO/KEGG这样的生物学功能数据库的注释仅仅是只能针对转录表达的数据。 Continue reading

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三维基因组数据分析实操仅需249

如果你感兴趣三维基因组数据分析,那么这个课程不容错过啦!

课程安排

报名后会统一发送课前培训资料,包括Linux和R基础。因为此课程(三维基因组数据分析实操)时间安排是一整天,也不会有时间去详细讲解Linux和R语言基础知识的,需要你自行学习编程基础知识哈,学习资料及学习内容在:2020学习主旋律,B站74小时免费教学视频为你领路,这个计算机背景我默认生信技能树绝大部分粉丝都已经是没有问题了哈,如果还有疑问,自行完成Linux和R的视频学习以及作业题。务必把2020学习主旋律,B站74小时免费教学视频为你领路多看几遍!!! Continue reading

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拿到7个DDR通路的基因集-学徒作业

DNA损伤反应(DNA damage response,DDR)这个防御机制是生物体维护基因组稳定性的重要途径,DDR缺陷可导致包括肿瘤在内的多种疾病的发生,DDR通路已经成为抗肿瘤药物靶点,其中最突出的药物就是PARP抑制剂。所以也会有各式各样的研究关注多种癌症的DDR通路的基因。 Continue reading

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免费视频课程-RNA-seq数据分析

我这七年写了几万篇教程,制作了几百个小时的教学实战演练视频课程,都是免费分享在各大网站(B站,知乎,简书,博客,GitHub,微云),必然会出现部分教程过时,一些资料缺失(主要是链接失效)。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理,我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站,就看到了“铺天盖地的”留言和私信,比如: Continue reading

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免费视频课程-外显子数据分析

我这七年写了几万篇教程,制作了几百个小时的教学实战演练视频课程,都是免费分享在各大网站(B站,知乎,简书,博客,GitHub,微云),必然会出现部分教程过时,一些资料缺失(主要是链接失效)。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理,我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站,就看到了这两年来积累的“铺天盖地的”留言和私信,我已经在:免费视频课程《RNA-seq数据分析》交流群组建通知 列出来了。 Continue reading

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免费并不意味着质量差

昨天有粉丝看到了 转录组公益课(含单细胞)(名额有限,先到先得),发邮件给我说,实在是太激动了,之前去了解了各种单细胞培训班,动辄好几千而且才两天课程,很多都是“挂羊头卖狗肉”。但是导师一直push他去外面参加培训,舟车劳顿不说,还基本上没有收获。因为导师觉得免费的,或者低价的,肯定质量很差。 Continue reading

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基因表达量高低分组的cox和连续变量cox回归计算的HR值差异太大?

号外:绝大部分生信技能树粉丝都没有机会加我微信,已经多次满了5000好友,所以我开通了一个微信好友,前100名添加我,仅需150元即可,3折优惠期机会不容错过哈。我的微信小号二维码在:0元,10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 Continue reading

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共享生信云服务器(64线程256G内存)内测半价活动

巧妇难为无米之炊,我们作为生信工程师如果没有一个趁手的服务器,很多ngs上游分析都无从谈起。
但是生物信息学在我们生信技能树这些年的大力推广下,已经走入生命科学领域寻常百姓家,大量湿实验工作者开启了他们的编程人生,大大的超出了服务器的配置速度。其实不同实验室不同课题,对服务器的需求不一样,可以简单总结如下: Continue reading