我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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十二 16

单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性

癌相关的成纤维细胞 CAFs,具有异质性,是TME中的重要细胞成分,分泌的特定细胞因子、炎症趋化因子及其它可溶性因子能够诱导减缓细胞循环的过程,从而影响肿瘤细胞的增殖;2018年12月的NC文章:Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 使用成熟的单细胞转录组( Smart-seq2 )手段探索了癌相关的成纤维细胞 CAFs的功能和空间异质性。 Continue reading

十一 26

GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手

通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果,比如说乳腺癌吧,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。 Continue reading

十一 24

ATR基因增强S-G2有丝分裂检测点

保持遗传稳定性的两个关键机制包括DNA损伤修复 (调控基因组稳定性)以及有丝分裂检测点(调控染色体组稳定性)。
ATR蛋白是一个与ATM 相关的调控DNA损伤修复的主要蛋白激酶,在DNA复制过程中ATR的丢失会增加S期的基因组不稳定性并影响随后的有丝分裂。
FOXM1这个转录因子在大部分癌症是高表达的,也有文献表现它的高表达量加速了细胞分裂。 Continue reading

十一 21

2019年2月份第1周(总第53周)胃癌的类器官研究(附视频)

文章发表于stem.2018.09.016,标题是:A Comprehensive Human Gastric Cancer Organoid Biobank Captures Tumor Subtype Heterogeneity and Enables Therapeutic Screening 本研究主要是完成了一个 a primary gastric cancer organoid (GCO) biobank ,包括34个病人的63个部位,主要是:

十一 11

12月份第4周(总第48周)乳腺癌的类器官研究

本研究是乳腺癌领域的第一个类器官研究,发表于Cell. 2018 Jan 作者是 N Sachs , 到2018年底已经被引用超过50次啦,文章题目是:A Living Biobank of Breast Cancer Organoids Captures Disease Heterogeneity.
研究者收集了 超过150例乳腺癌患者样品,然后声称其团队成功的制作了超过100个类器官
From 155 tumors, we established 95 BC organoid lines that readily expanded.
而且NGS数据分析结果表明类器官比较好的保留其配对肿瘤样品的CNV和SNV特征。 Continue reading

十一 11

12月份第3周(总第47周)多组学探索不同器官的小细胞癌症起源

发表于 Science 05 Oct 2018 , 文章是:Reprogramming normal human epithelial tissues to a common, lethal neuroendocrine cancer lineage 小细胞癌症里面最出名的应该是小细胞肺癌(SCLC)了,恶性度高,预后差,治疗上进展也比较少。小细胞肺癌大约占所有肺癌的15%,每年全国有十几万新发的小细胞肺癌患者,其中绝大多数患者诊断的时候就已经是晚期。所以针对它的研究,就有点类似于乳腺癌里面的TNBC一样。 Continue reading

十一 11

12月份第2周(总第46周)-探索TNBC新的亚型分类

发表于:Clin Cancer Res. 2015 Apr 文章题目是:Comprehensive Genomic Analysis Identifies Novel Subtypes and Targets of Triple-negative Breast Cancer 主要是考虑到TNBC是异质性较大的一种乳腺癌,而且预后非常差,所以临床用药指导急需对TNBC本身更加细致的分类,研究团队通过贝勒医学院分两次 收集了 198个TNBC病人, (discovery set: n=84; validation set: n=114) 比较稳定的把TNBC分成了4个亚型,而且还分析了7个公共数据集来验证其结论。

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