我用rmarkdown写过的教程

Featured

用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

Continue reading

一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

Featured

请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

Continue reading

07

(2019年4月份)第13周(总第61周 )- NPC的突变特性

本周尝试一种新的文献解读方式,就是一次性解读3篇文献,总结他们的异同点,整体把握该领域发展情况。

07

(2019年3月份)第12周(总第60周 )- 10个单细胞转录组数据探索免疫治疗机理

发表在2018年9月的NC, 文章是:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA 两例免疫治疗患者,在一位患者身上发现了规律,在另一位患者身上得到了证实。取患者血液和肿瘤,做免疫组化、分选、exome-seq、single cell RNA-seq、qPCR。 Continue reading

07

(2019年3月份)第9周(总第57周 )- TNBC分型研究的来龙去脉

TNBC分型研究的来龙去脉

早在2018年第46周文献分享,我就介绍过TNBC亚型的研究:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49574829 研究团队通过贝勒医学院分两次 收集了 198个TNBC病人, (discovery set: n=84; validation set: n=114) 比较稳定的把TNBC分成了4个亚型,而且还分析了7个公共数据集来验证其结论。作者还整理的4个亚型以及其可能的靶点,作为研究亮点。当时也展开对比了其它分类研究,因为目前TNBC是BRCA里面预后最差的, 所以关于它的研究比较火热,但是根据基因表达进行分子分型的到不多,值得系统性的通读一遍,争取完全掌握该小领域的研究脉络。 Continue reading

06

2019年2月份第8周(总第56周 )- 预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集

发表在Nat Med. 2017 April的文章HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures ,其研究发现了一种新的类似于BRCA的突变特征,普遍存在于约20%的乳腺癌患者中,具有这种突变的乳腺癌患者或许同样能从PARP抑制剂靶向治疗中受益。并不需要一定是BRCA1/2基因本身的突变。 Continue reading

02

使用bamdst完成公司外显子测序数据分析报告的重要环节

使用bamdst完成公司外显子测序数据分析报告的重要环节

目前主流的ngs科研服务,包括WESRNA-seq价格都是透明的,反正建库四五百块钱,测序都是60元一个G左右,也就是说10G数据量的wes也就是一千块钱,同理RNA-seq也是如此,而且有趣的是标准的生物信息分析报告通常是附赠的,因为也的确是数据出来后必备的,只不过跟你的科研结论还差十万八千里。但是看懂这个报告又是必须滴,比如每个样本的下面这些指标 Continue reading