我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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费九牛二虎之力也无法重现的GSEA图

组会有同学分享了曹雪涛课题组的一篇Nature Medicine文章,其生物学机理探索非常详细,但是我注意到他们使用芯片技术仅仅是测了才4个样本,就区分成两种细胞,两种处理,也就是说根本没有生物学重复,我相信他们课题组应该是不差钱的,那很可能是他们并没有意识到NGS技术的重要性。 Continue reading

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2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因

你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记分享第一弹,我将会在春节7天连续分享,目录如下:

2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性

2019年1月份第2周(总第50周)异常CRC病人的突变时空异质性与免疫

2019年1月份第3周(总第51周)探索PDAC癌前病变

2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布

2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官

2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因

2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因

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2019年9月份第1周(总第81周 -BGI丢在预印本的乳腺癌单细胞转录组研究

是深圳华大基因牵头的10X单细胞转录组测序项目,本研究关注的是乳腺癌病人的肿瘤微环境 的细胞类型,尤其是免疫细胞如何作用于癌症细胞。尤其关心那些与肿瘤病人预后或者治疗情况相关的肿瘤浸润性淋巴细胞,T细胞功能障碍(也被称作耗竭)在癌症中很常见,为了更好地理解T细胞功能障碍,通常需要分析肿瘤浸润性淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocyte, TIL),这个时候单细胞转录组技术就派上用场了。 Continue reading