100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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十一 22

10个细胞系仅1个表达你的基因

遇到了粉丝的一个超级好的问题:

感兴趣的一个基因A,研究它在10种乳腺癌细胞系中的表达情况,跑了western和qpcr 。 发现它只在一种乳腺癌细胞系中表达,其他9种都不表达。 结果是一致的,确认自己的实验没有问题! 现在都怀疑唯一有表达的那个细胞系是不是污染了??? Continue reading

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GWAS宝刀未老

今年(2020)2月,解放军总医院放射治疗科的研究团队,在国际期刊《Journal of Cancer》 上发表了题为”Precise prediction of the radiation pneumonitis in lung cancer: an explorative preliminary mathematical model using genotype information”的科研论文。
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GATK的FilterMutectCalls如何才能成功呢

因为有粉丝求助,他学习前面我分享的GATK的Mutect2流程都快奔溃了,总是各种报错。为了证明我教程没有错,所以我赶紧检查了代码,自己走了一遍,重新写了教程,了:最新最全的mutect2教程,提到了因为GATK的Mutect2流程更新太频繁,导致这个软件出现了一些无法解决的报错。走完了体细胞突变(somatic mutation)检测流程(Mutect2命令),这个时候拿到的文件仍然是需要过滤(走FilterMutectCalls命令)的,但是很多人就卡在了这一步。

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FACS挑选前后会改变细胞亚群比例组成吗

单细胞转录组技术毫无疑问是目前科研界的“当红炸子鸡”,但绝大部分人使用单细胞转录组的数据其实就当做是了流式细胞仪看不同细胞亚群组成的比例而已。这也就是为什么绝大部分单细胞转录组分析教程就是:数据质控,降维,聚类,分群,细胞亚群生物学注释。只要你的实验设计ok,这样的分析绰绰有余了,可以拿到一个落脚点去做实验验证一下或者公共数据库的验证。

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CellPress对话科学家专栏推荐(生命科学领域)

生命科学领域的科研方向错综复杂,但是底层逻辑日渐清晰,就是数据分析(生物信息学)。但做数据分析的通常是在校生或者毕业一两年的工程师,太年轻了,所以在科研背景知识层面必然被老一辈科学家吊打。无论你的统计可视化做的多么好,各种机制图表信手拈来,也不可能代替生物学故事。而故事讲的好的,就不得不提CNS杂志啦。最近看到CellPress对话科学家专栏推荐非常值得大家学习,希望二十年后有你的名字!

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最新最全的varscan 软件找somatic mutation

前面我分享了:最新最全的mutect2教程,提到了其实大家不必在一棵树上吊死,GATK的Mutect2流程跑不通就换一个软件咯,2018年文章:A review of somatic single nucleotide variant calling algorithms fornext-generation sequencing data 就囊括了十几款找somatic mutation的软件。当然了,绝大部分软件其实是没有尝试的价值。不过如果要是从安装和使用的简易性来考虑,varscan 软件必须值得一提。

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