我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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第18周-nature-新的抑癌基因LHPP

新的抑癌基因LHPP

朋友推荐了一篇新文献,发表于2018的nature,文章是:The protein histidine phosphatase LHPP is a tumour suppressor 阐述了一个新的抑癌基因的发现及功能。
是 通过对Hepatocellular carcinoma (HCC) 研究发现的,很奇怪,都这个年代了,还能有新的抑癌基因出现,简单的在pubmed数据库搜索了一下,的确相关文章好少。

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第16周文献阅读笔记-中国人群的乳腺癌研究

中国人群的乳腺癌研究

2018年在 Nature Communications 杂志上在线发表了题为“Characterization of PIK3CA and PIK3R1 somatic mutations in Chinese breast cancer patients”的研究论文。首次揭示了中国乳腺癌人群中PI3K/AKT信号的通路突变谱系特征.
磷酸肌醇3-激酶(PI3K)途径的失调有助于肿瘤的发展和进展。研究者确定PIK3CA(44%),PIK3R1(17%),AKT3(15%)和PTEN(12%)中的
体细胞突变在中国乳腺癌患者中普遍且多样化,并鉴定出60个新突变。**高比例的肿瘤含有多个突变,特别是PIK3CA加PIK3R1突变(9.0%)。

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单细胞转录组数据发oncotarget

单细胞转录组数据发oncotarget

文章发表于:Oncotarget. 2016; 7:66069-66076. https://doi.org/10.18632/oncotarget.11803 是深圳大学及其附属罗湖医院团队做的,在BGI测序是。题目是:Single-cell analyses of transcriptional heterogeneity in squamous cell carcinoma of urinary bladder 这篇文章就一幅图!!!而且是对一个病人拿的单细胞。 Continue reading

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生活中有的是意外

明天和意外,哪一个先到来呢?

在运行picard的时候,总是报错,如下;

To get help, see http://broadinstitute.github.io/picard/index.html#GettingHelp
Exception in thread "main" picard.PicardException: Start on sequence 'chr10' was past the end: 133797422 < 133805459

从字面上很难理解, 我查看了一些,最新版的hg38基因组里面的10号染色体长度是133797422 ,那么为什么我的bed文件里面会超出呢?

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在KRAS-TRP53基因驱动的LADC依赖于rRNA的合成依赖于Ect2基因

KRAS-TRP53基因驱动的LADC依赖于rRNA的合成依赖于Ect2基因

今天JC的时候,同学分享的是一个比较难懂的文章,我尝试着follow她,但失败了。文章发表于2017年1月的CELL,是 Ect2-Dependent rRNA Synthesis Is Required for KRAS-TRP53-Driven Lung Adenocarcinoma , 里面太多陌生的名词,如下: Continue reading

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找个motif嘛,简单

我在生信菜鸟团发布的自学CHIP-seq分析第八讲就提到过如何寻找motif,motif是比较有特征的短序列,会多次出现的,一般认为它的生物学意义重大,做完CHIP-seq分析之后,一般都会寻找motif 。查找有两种:

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单细胞系列停更通知及组建单细胞数据分析交流小组

跟单细胞结缘已久,早在三年前我还是药厂生信工程师的时候就接触过一些前沿团队,听了他们的讲座后我就下意识的搜索了相关资料,了解到了欧洲的EMBL-EBI在组建十几个单细胞研究中心,也在全球范围内招聘RA和博士生,当时还把那些招募信息发送给了在南科大的学生,希望他们可以赶上这个机会。 Continue reading