我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

还有更多文章,请移步公众号阅读:

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如果你生信基本技能已经入门,需要提高自己,请关注上面的生信技能树,看我们是如何完善生信技能,成为一个生信全栈工程师。 Continue reading

一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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十二 14

使用SGSeq探索可变剪切

可变剪切是指mRNA前体以多种方式将exon连接在一起的过程。 由于可变剪切使一个基因产生多个mRNA转录本,不同mRNA可能翻译成不同蛋白。

可变剪切背景知识

转录组一般是指从细胞或组织的基因组所转录出来的RNA的总和,包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA(rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,lncRNA,microRNA等)。真核生物的基因结构是不连续的,如下图:

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十一 26

生信技能树论坛-组学大全板块-表观组

如果你是最近关注我们,你将又知道一个学习生信的好地方;
如果你是一直关注我们,你肯定对这个地方不陌生;
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php
本周我们将为大家带来生信技能树论坛-组学大全板块-表观组的介绍:

今天给大家推送:组学大全板块-表观组

作者:中科院-徐鹏

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十一 26

生信技能树论坛的生信基础板块-可视化

如果你是最近关注我们,你将又知道一个学习生信的好地方;
如果你是一直关注我们,你肯定对这个地方不陌生;
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php)。。)
本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。

今天给大家推送:可视化版块

作者:钱胜

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十一 24

生信技能树论坛的生信基础板块-统计学

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那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php)。

本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。

今天给大家推送:生信基础板块-统计学

作者:王HH

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十一 23

使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv

cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况,首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值,然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。

该软件使用比较复杂,建议读一读官网教程。所有的命令都被包装到一个python脚本里面,使用该脚本调用一系列字命令,如下:

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十一 23

生信技能树论坛-生信基础版块介绍-计算机基础

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那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php)。

本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。

今天给大家推送:计算机基础

作者:华农-钱胜

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十一 20

生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础

# 生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础


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今天给大家讲解:生物学基础板块

作者:lakeseafly

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十一 08

850K甲基化芯片数据的分析

公众号文章,作者是北京基因组所,任云晓

本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很高的ChAMP包分析过850K的甲基化芯片数据。所以,就想着把自己的笔记整理下,可以和更多的小伙伴学习交流,还有个原因可能是因为这是四月份打算学生信时,接手的第一个任务,曲曲折折好几个月才跑通流程,遇到的坑也比较多,想记录下来。

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十一 02

我是如何学习Gene Fusion分析的

我是如何学习Gene Fusion分析的

一、Fusion原理

基因融合(Gene fusion)是指将两个或多个基因的编码区首尾相连,置于同一套调控序列(包括启动子、增强子和终止子等)的控制之下,构成嵌合基因。基因融合通常是由于染色体重排所造成的。异常基因融合事件可以引起恶性血液疾病以及肿瘤的发生,所以通过分析基因融合现象将有助于探讨发病机制、biomaker的筛选等,临床意义重大。 Continue reading