100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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100篇泛癌研究文献解读之原位癌症和转移癌症的区别

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于普通杂志:Mol Cancer Res. 2019 Feb; 文章是:Molecular Correlates of Metastasis by Systematic Pan-Cancer Analysis Across The Cancer Genome Atlas. 系统性的研究了TCGA数据库的11种癌症的 4,473 primary tumor samples and 395 tumor metastasis samples ,发现不同癌症的 转移和原位癌的表达差异都很大,不同癌症有一些overlap情况,当然除了比较mRNA-seq数据,还有miRNAs,RPPA, DNA methylation 的数据的比较探索。还利用了 Gene expression data (TPM values) from GTEx Analysis version 7 数据库,也有一些GEO数据库的,比如GSE110590。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之肿瘤免疫浸润情况

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Clin Cancer Res. 2018 Aug ,题目是:A Pan-cancer Landscape of Interactions between Solid Tumors and Infiltrating Immune Cell Populations. 系统性的研究了 9,174 tumors of 29 solid cancers 的免疫浸润情况。这些免疫数据都是可以在 https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/panimmune 下载的。本来我以为这篇文章做的很简单,以为下载 panimmune 数据就好,但是看了文章的附件,我才知道,我想的简单了。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之上皮细胞-间充质细胞转化

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 Dev Dyn. 2018 Mar;的研究,题目是:Pan-cancer survey of epithelial-mesenchymal transition markers across the Cancer Genome Atlas. 系统性的分析了32个癌症的一万个病人的数据,主要集中于 16-gene signature of canonical EMT markers 跟前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep ,还有 Nucl Receptor Res. 2015 Dec 类似的地方,都是研究固定有生物学意义的基因集。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之PhyloWGS算法的肿瘤内部异质性和基因组不稳定性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 PLoS Genet. 2018 Sep 的研究,Pan-cancer inference of intra-tumor heterogeneity reveals associations with different forms of genomic instability. 系统性的探索了32种癌症的接近6000个肿瘤病人数据的肿瘤内部异质性情况,值得注意的是作者这里使用PhyloWGS算法的结果来代表肿瘤内部异质性,所有的生物学意义的结论都是基于这个假设。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之同源重组修复通路

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Nat Commun. 2017 Oct , 题目是:Pan-cancer analysis of bi-allelic alterations in homologous recombination DNA repair genes. 主要是探索 homologous recombination (HR) DNA repair 通路里面的BRCA1 and BRCA2 ,相关基因有102个。类似的研究具体的某个有生物学意义的基因集的研究很多,比如 前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep ,还有 Nucl Receptor Res. 2015 Dec和 Dev Dyn. 2018 Mar; 他们的分析思路都大同小异,可以整合。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之snoRNAs

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Cell Rep. 2017 Nov 的pan-cancer研究,题目是:A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer. Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之合成致死事件

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
Pan-cancer 研究发在NC是比较常见的事情,本文也是如此,发表于 Nat Commun. 2017 May 题目是:Systematic discovery of mutation-specific synthetic lethals by mining pan-cancer human primary tumor data. 也是研究12种癌症的突变情况,应用 MiSL (Mining Synthetic Lethals) 算法找到了145,891 SL事件。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之微卫星不稳定性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 JCO Precis Oncol. 2017;的研究 Landscape of Microsatellite Instability Across 39 Cancer Types. 系统性的研究了TCGA使用WES数据的微卫星不稳定性。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之驱动lncRNA

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表在 Nat Commun. 2016 Oct 的文章:Pan-cancer transcriptomic analysis associates long non-coding RNAs with key mutational driver events. Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之使用EXPANDS和PyClone量化肿瘤内部异质性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表在 Nat Med. 2016 Jan的pan-cancer研究,文章是:Pan-cancer analysis of the extent and consequences of intratumor heterogeneity. 关于肿瘤内部异质性的探索,而且分析了这个异质性对其它基于TCGA数据库的数据挖掘结论的影响。可以跟前面关于肿瘤纯度的pan-cancer研究对比学习。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之lincRNA的生存分析情况

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表在:EBioMedicine. 2016 May; 题目是:Pan-Cancer Analyses Reveal Long Intergenic Non-Coding RNAs Relevant to Tumor Diagnosis, Subtyping and Prognosis. 研究人员下载了12种癌症的共1200病人的RNA-seq的测序数据的bam文件,然后走自己的流程针对lincRNA进行定量。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之生存分析相关基因

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表在一个很简单的杂志上面,PeerJ. 2016 Feb,被引用的次数也很少,才10次,题目是:A pan-cancer analysis of prognostic genes. 纳入16个不同癌症的6495个病人的RNA-seq数据,因为以前在癌症领域的生存分析大多关注单个基因,而且使用的是芯片表达数据,所以作者认为自己的研究是具有创新点的。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表在一个看不懂的杂志,是 Nucl Receptor Res. 2015 Dec 文章题目是:Pan-cancer analyses of the nuclear receptor superfamily. ,从题目可以看到本研究仅仅是关注 Nuclear receptors (NR) 基因集。 跟前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep 比较类似,都是研究具体的部分生物学意义的基因集。可以预料后面应该是还有人会研究EMT基因集,HDR基因集,PRC复合物基因集等等。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之癌症相关基因的饱和度分析

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表在CNS正刊的泛癌研究不多,除了前面提到的 Nature. 2013 Oct 和 Cell. 2014 Aug ,接下来我们要介绍的是Nature. 2014 Jan , 引用也是近2000了,题目是:Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types. 主要关注的仍然是突变信息,仍然是寻找有统计学显著的癌症相关基因,创新点是分析了不同测序深度对找到的癌症相关基因的影响。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之非编码区调控原件的突变情况

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 Nat Genet. 2014 Nov, 文章是 Genome-wide analysis of noncoding regulatory mutations in cancer. 本研究专注于分析那些有全基因组测序的肿瘤样本,不到一千个。采取3个研究策略:

  • hotspot analysis focused on small regions that frequently contained mutations;
  • regional recurrence analysis identified annotated regions that contained numerous mutations;
  • transcription factor analysis nominated regions with ETS transcription factor binding sites that were disrupted or created by mutation. Continue reading
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100篇泛癌研究文献解读之激酶相关基因融合事件

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表的杂志还算中规中矩,在:Nat Commun. 2014 Sep 文章是:The landscape of kinase fusions in cancer. 跟前面我们介绍的发表在: Sci Rep. 2013 Oct ,文章是:The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer.比较类似,都是关注某一类型基因。不过本研究关注的是融合基因,不是简单的SNV事件。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之肿瘤病人新的分类方法

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
前面我们提到过一个发表在CNS正刊的泛癌研究, Nature. 2013 Oct , 本研究也是如此,发表于 Cell. 2014 Aug , 文章是: Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin. TCGA的pan-cancer数据挖掘能发CNS正刊也算是很不容易了,本研究主要是基于表达量的分类,希望可以搞清楚之前常用的组织器官分类方法在现在的多组学领域的实用性。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之可变剪切事件大起底

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
文章发表于 2014 Dec 4. doi: 10.4137/CIN.S19435, 到现在引用才6次,可以说是泛癌研究的一朵奇葩!题目是:A Pan-Cancer Analysis of Alternative Splicing Events Reveals Novel Tumor-Associated Splice Variants of Matriptase 文章的中心并不突出,研究团队开发了自己的可变剪切分析流程并且也下载了TCGA的RNA-seq测序数据进行处理,但是即没有提供分析结果,其流程也无法重现,得到的分析结果也没有太多的生物学意义阐述。 Continue reading