100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

Featured

长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

Featured

用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

Continue reading

一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

Featured

请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

Continue reading

十二 31

R语言的一些配色的R包

超多朋友咨询R语言可视化的配色问题,我也简单整理了一下,希望对大家有帮助!

首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处,其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。具体颜色可在(http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf)中查看,但是基本上用不上哈,知道有这个知识点就好了

Continue reading

十二 31

GPL14877、GPL570、hgu133plus2.db 比较

最近因为课题需要,在分析数据集:GSE65212,我看了看平台是:GPL148777,写着 Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array [Brainarray Version 13, HGU133Plus2_Hs_ENTREZG],这不就是jimmy授课讲解的那个应用最广泛的芯片嘛,这次分析,妥妥的!!!如下:

十二 31

cytofWorkflow之人工注释生物学亚群(五)

前面我们公布了《cytof数据资源介绍(文末有交流群)》,现在就开始正式手把手教学。

上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleCellExperiment对象为准,大家务必熟悉SingleCellExperiment对象的各种结构,教程见:cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二)。有了这个SingleCellExperiment对象,而且经过了合理的质量控制,并且聚类分群了,就可以开始整理它亚群并且根据抗体信号强度值对不同亚群进行生物学注释。

Continue reading

十二 31

cytofWorkflow之聚类分群(四)

前面我们公布了《cytof数据资源介绍(文末有交流群)》,现在就开始正式手把手教学。

上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleCellExperiment对象为准,大家务必熟悉SingleCellExperiment对象的各种结构,教程见:cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二)。有了这个SingleCellExperiment对象,而且经过了合理的质量控制,接下来就可以进行聚类分群拉!

Continue reading

十二 31

cytof数据资源介绍

在单细胞大行其道的如今,也有不少课题组选择做cytof数据,全称是: Cytometry + Time Of Flight,是Fluidigm公司的产品,可以检测单个细胞的多个设定好的抗体的信号强度,这些抗体 对应的基因通常是目前科研界认识比较清晰的,可以用来分群的,而且该仪器可以一次性检测数十万单细胞,有点类似于靶向单细胞转录组测序。因为很多情况下,并不需要全部的基因的转录水平的信息。
Continue reading

十二 31

cytof数据处理难点之细胞亚群继续分群

十二 31

cytof数据处理难点之细胞数量平衡

十二 30

最适合ChIP-seq实战的文献推荐

我有一个 免费视频课程《ChIP-seq数据分析》 ,其视频观看方式: