100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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鉴定新的lncRNA之上游流程

好奇怪哦,我们前面的 lncRNA-seq数据分析之新lncRNA鉴定和注释视频课程众筹 ,感兴趣的人似乎不多额,免费的啊,既然感兴趣人不多,这个视频课程就取消免费了哈!那个群大家仍然是可以进入,拿资料和代码,视频我就不录制了,感兴趣的人不多,我搞自媒体图的就是一个名声,没有人看,我浪费时间干嘛! Continue reading

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GitHub居然也会被劫持,OMICtools也会停摆

多事之秋啊!

GitHub被劫持

最近发现GitHub的一些pdf资料在网页浏览器无法打开,没有多想,以为是正常的墙。看到单细胞天地微信群聊有人提到了Github pages可能遭遇中间人攻击。中国 IP 访问会显示一个无效的证书,域名所有者使用了一个腾讯的邮箱“346608453@qq.com”,Github 显然不可能会用腾讯邮箱。使用境外 IP 访问则返回了 DigiCert 签发的有效证书,使用的名字都是 GitHub。目前不清楚中间人攻击范围有多大。 Continue reading

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GEO数据库中国区镜像奔走相告啊

最近还是大量粉丝留言表示自己因为疫情困在家里,想做数据挖掘混个本科毕业论文,但是看完我的GEO数据挖掘视频后,想下载个数据集,就被卡死了,实在是巧妇难为无米之炊!
这个不怪大家,我给大家的GEO数据挖掘视频其实录制很早了,那个时候还没有写:GEO数据库中国区镜像 Continue reading

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有一种生意双方都觉得亏

生意这样的商业活动,理论上可以激励创造,让参与交易的双方都受益,才有可能持续。比如你不可能花费半年时间去系统性学习R语言和Linux操作,处理fastq的单细胞测序数据,做统计可视化图表,就为了一辈子的一个项目。所以理论上你的最优解决方案是委托专业的生信工程师,比如我们就在单细胞天地发布过:[单细胞转录组下游分析这样报价合理吗?] Continue reading

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学徒作业-指定基因在指定组织里面的表达量热图

昨天我在生信技能树发布了一个学徒作业:在CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵 , 真的是非常简单,只需要下载CCLE数据库的RNA-seq表达矩阵,然后在R里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵即可。所以今天就有学徒完成了,作业发在生信菜鸟团,见:[学徒带你一步步从CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵进行热图可视化] Continue reading

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学徒作业-在CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵

本文首发于生信技能树公众号,直达链接是:https://mp.weixin.qq.com/s/wY79Lkb0mzYNtZj2R2vLLQ

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B Cells in Chemotherapy-Induced Immunity. (PMID:32142650,DOI:10.1016/j.cell.2020.02.015) ,我没有细看,注意到附件有一个图表很有趣: Continue reading

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生信流程大全-基于nextflow的nf-core

最近看到很多人讨论基于nextflow的nf-core,里面存储了几十种NGS组学数据分析流程哦,而且文章发表在NBT。最早应该是生信技能树的学习大使《二货潜》发在朋友圈的,他同时也推荐了 加拿大生物信息学研讨会资源宝藏 。然后我看到生信技能树的宝藏男孩《唐医生》在 [菜鸟团一周文献推荐(No.50)] Continue reading

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生信爆款入门全球听限量免费

我们生信技能树联盟的关注粉丝已经有十多万了,作为创始人的我非常开心看到这么多人认可我们生信技能树的努力,通过我们的教程提升了自己。虽然,绝大部分粉丝都已经跨越了这个入门阶段,但还是希望你花时间看完这个活动,推荐给有需求的朋友。 Continue reading

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拿奖拿到手软的单细胞技术

单细胞水平的研究无疑是近些年(2018-2022)的科研热点,但是科研热点大家都明白,早期不投资的话那些低垂的果实就没有你的份。投资晚了,热点技术就会常规化,到时候还是比拼科研想法了。

  • 2013年,单细胞测序就已经被Nature Methods 杂志评选为生命科学领域年度技术。 Continue reading
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单细胞转录组数据处理之降维聚类分群

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: