100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

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用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

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一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

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敲除Dnmt1基因对小鼠肺部发育的影响-**GSE175640 **(Read10X)

背景介绍:

DNA 甲基化是一种表观遗传标记,可限制染色质的可及性,并在器官发生过程中调节时空基因表达。Dnmt1 是研究最多的 DNA 甲基转移酶之一,它主要参与保存进行有丝分裂的细胞中的 DNA 甲基化模式。其中Dnmt1 在胚胎肺内胚层中的作用已被发现,但其在胚胎肺中胚层的扩张、维持和分化中的作用还未见报道。GSE175640单细胞数据集,表明 Dnmt1 是胚胎肺中胚层正常发育至关重要。敲除胚胎肺中胚层中的 Dnmt1,发现 Dnmt1 严重影响胚胎脉管系统的发育和中胚层对肺间充质细胞谱系。 Continue reading

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想要AUC值高啊!做分类模型啊!放弃预后!

最近在整理表观相关技术文献,包括各种甲基化芯片技术,27k,450k,850k,以及甲基化测序的 WGBS和RRBS其实它们应用,最后也是构建各种模型,比如分子分型啊,细胞比例他推断啊,分类模型或者预后模型。而且这个分类模型的AUC高到令人瞠目结舌,比如2018的的文章,标题是:《A novel discriminating colorectal cancer model for differentiating normal and tumor tissues》链接是:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30324808/ Continue reading

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要你来讲故事而已

最近有小伙伴抱怨自己硕士毕业后入职某国内本土药企,但是工作内容仍然是高校培养事情的文章撰写,而且居然要求还降低了,之前还被导师压榨着要出英文SCI,现在公司仅仅是要求一堆凑数的中文文章即可,还有一大堆莫名其妙的专利申请。 Continue reading