100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

Featured

长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

我用rmarkdown写过的教程

Featured

用rmarkdown写教程真心非常方便,尤其是R语言相关的,比如一些R包的应用,或者一些可视化,或者一些统计,下面我简单列出一些我以前写过的,图文并茂,关键是还非常省心,不需要排版,不需要上传图片,整理图片。

一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了:

Continue reading

一个MeDIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

Featured

请不要直接拷贝我的代码,需要自己理解,然后打出来,思考我为什么这样写代码。
软件请用最新版,尤其是samtools等被我存储在系统环境变量的,考虑到读者众多,一般的软件我都会自带版本信息的!
我用两个小时,不代表你是两个小时就学会,有些朋友反映学了两个星期才 学会,这很正常,没毛病,不要异想天开两个小时就达到我的水平。

MeDIP-seq 跟ChIP-seq的分析手段是一模一样的,同理hMeDIP-seq,caMeDIP-seq等等,都没有本质上的区别,只是用的抗体不一样而已,请自行搜索基础知识,我只讲数据分析。

一个ChIP-seq实战-超级简单-2小时搞定!

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

Continue reading

18

ngs组学数据分析上下游之分

前些日子我们《生信技能树》的工程师做了一个ATAC-seq的项目,给客户汇报结果的时候,照例提供了全套代码。不过这次是从fq文件开始,所以大量代码都是在Linux平台的命令行而已,虽然给了客户全部的代码,但是客户直接说不想学,问有没有基于R的实现方式。 Continue reading

18

针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行 estimate

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题,所以我们拿到了肿瘤数据(比如表达量矩阵)里面除了恶性癌症细胞的,还有基质细胞和免疫细胞的特性。所以2013年的一个数据挖掘文章,就整理了两个基因集来根据表达量矩阵去量化肿瘤样品里面的基质细胞和免疫细胞的比例。(其实是非常的粗糙,只不过是发的比较早,所以引用很多) Continue reading