16

TET2突变是如何引起超甲基化

TET2突变是如何引起超甲基化

癌症病人体内会检测到不正常的甲基化现象。
TET2可以氧化5mC成为5hmC,进而通过其它机制形成5fC5caC
很多血液肿瘤病人的TET2基因突变了,同时会显示出全局的5hmC水平下降。
有趣的是,全局的5hmC水平下降同样发生在很多实体肿瘤病人身上,但是那些病人很少有TET2突变发生。
那么,TET2突变,或者全局的5hmC水平下降,是如何导致启动子区域的CG岛的甲基化水平上升的呢?
有其它文献报道 hypermethylation和oxidative stress (OS)有关系
作者认为 oxidative stress (OS) 在其中起了关键的作用。

Continue reading

06

Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化

Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化

高通量RNA测序已经能够更高效地检测融合转录本,但是融合检测的技术和相关软件通常产生高错误发现率。而一个自动整合RNA数据和已知基因组特征的可视化框架对于结果的检验是有帮助的。2017年发布的一个bioconductor包,chimeraviz就可以做到自动创建嵌合RNA可视化。

支持来自9种不同融合发现工具(deFuseEricScript、InFusion、JAFFA、FusionCatcher、FusionMap、PRADA、SOAPfuse和STAR-FUSION)的输入。 Continue reading

05

用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切

用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切

该软件早在2016年就公布了,发表在biorxiv预印本上面,但直到2017年的双11,才发表在NG上面,文章是 : Annotation-free quantification of RNA splicing using LeafCutter 最大的特点应该是不需要参考基因组的基因注释信息了吧,就是gtf/gff文件可以省略,当然,比对还是需要的。它还有另外一个非常重要的功能,splicing quantitative trait loci (sQTLs) 但是跟我目前关系不大, 就不介绍了。 Continue reading

十二 22

不同物种的同一个基因的对应关系

不同物种的同一个基因的对应关系

我们都知道不同的物种在进化过程中其实共享很多基因的,尤其是哺乳动物,同一个基因虽然在不同的物种序列不完全一样,位于的染色体也不一样,发挥的功能可能也稍微有点区别,但是他们的相似性非常高!根据相似性就可以在不同的物种里面找到同一个基因。 Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-生信社区版块-bioconductor中文&shiny交互网页

bioconductor中文
shiny交互网页
今天给大家介绍的是论坛的生信社区版块,包括bioconductor中文和shiny交互网页这两部分。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-研究热点版块介绍(三)-芯片处理

今天我们继续对论坛研究热点版块进行介绍,本文是第三篇,讲的是芯片处理这个热点。本文对热点的内容简单分了下类。如果你很感兴趣,请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得,欢迎你在对应的区域发帖,帮助更多对这部分内容感兴趣的人。:)
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-研究热点版块介绍(二)-肿瘤信息学

今天我们继续对论坛研究热点版块进行介绍,本文是第二篇,讲的是肿瘤信息学这个热点。本文分为四部分,第一部分主要介绍TCGA数据下载和整理等方面的内容;第二部分主要介绍肿瘤研究领域一些重要的知识;第三部分为一些比较实用的方法和资讯方面的内容;最后一部分为问答区。如果你很感兴趣,请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得,欢迎你在对应的区域发帖,帮助更多对这部分内容感兴趣的人。:)
Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-研究热点版块介绍(一)

三代测序、化学信息学
免疫研究、GWAS
Meta分析、单细胞测序
进化分析、机器学习
今天我们将对论坛研究热点版块进行介绍,本文是第一篇,讲的是开篇提到的这几个热点。如果你很感兴趣,请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得,欢迎你在对应的区域发帖,帮助更多对这部分内容感兴趣的人。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-组学大全版块-转录组&基因组

转录组
基因组
今天我们讲述的是论坛组学大全版块的转录组和基因组。这两个组学,在论坛都有很大不错的内容。比如转录组,今年暑假我们就开展了转录组入门学习活动,有很多人参与,有些朋友还在论坛留下了宝贵的笔记。这些笔记记录了每个参与者的成长过程,作为一个参与者和见证者,我非常感谢和怀念那段时光。关于基因组方面,jimmy大神有个“直播我的基因组”,非常不错。更多详情请看下文吧。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-组学大全版块-蛋白质组&微生物组&代谢组

蛋白质组
微生物组
代谢组
今天我们将对论坛的组学大全版块进行介绍,本文讲述的是蛋白质组、微生物组以及代谢组版块。关于这部分内容,我们有实战分析,有优质笔记,以及一些文献分享,详情请看下文。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-互动作业版块-脚本能力实践&公共资源下载&项目实战

脚本能力实践
公共资源下载
项目实战
本文主要介绍了生信技能树论坛的互动作业版块的三个部分。脚本能力实践,这部分包括perl和Python的一些入门练习题,以及其他一些脚本相关的小技巧;然后是公共资源下载和项目实战这两部分,有介绍数据下载技巧,有介绍ChIP-Seq数据分析实战的,详情请看下文。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-在线应用-大分子表达量数据库&遗传变异资源数据库

遗传变异资源数据库

本文介绍了生信技能树论坛的在线应用版块的大分子表达量数据库遗传变异资源数据库,因为内容比较少,所以把这两个整合在一起了。内容方面,既有知识总结,又有数据库方面的介绍,还有果子大神以前遗留的待解决问题。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 14

使用SGSeq探索可变剪切

可变剪切是指mRNA前体以多种方式将exon连接在一起的过程。 由于可变剪切使一个基因产生多个mRNA转录本,不同mRNA可能翻译成不同蛋白。

可变剪切背景知识

转录组一般是指从细胞或组织的基因组所转录出来的RNA的总和,包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA(rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,lncRNA,microRNA等)。真核生物的基因结构是不连续的,如下图:

Continue reading

十一 26

生信技能树论坛-组学大全板块-表观组

如果你是最近关注我们,你将又知道一个学习生信的好地方;
如果你是一直关注我们,你肯定对这个地方不陌生;
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php
本周我们将为大家带来生信技能树论坛-组学大全板块-表观组的介绍:

今天给大家推送:组学大全板块-表观组

作者:中科院-徐鹏

Continue reading