十一 08

850K甲基化芯片数据的分析

公众号文章,作者是北京基因组所,任云晓

本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很高的ChAMP包分析过850K的甲基化芯片数据。所以,就想着把自己的笔记整理下,可以和更多的小伙伴学习交流,还有个原因可能是因为这是四月份打算学生信时,接手的第一个任务,曲曲折折好几个月才跑通流程,遇到的坑也比较多,想记录下来。

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十一 02

我是如何学习Gene Fusion分析的

我是如何学习Gene Fusion分析的

一、Fusion原理

基因融合(Gene fusion)是指将两个或多个基因的编码区首尾相连,置于同一套调控序列(包括启动子、增强子和终止子等)的控制之下,构成嵌合基因。基因融合通常是由于染色体重排所造成的。异常基因融合事件可以引起恶性血液疾病以及肿瘤的发生,所以通过分析基因融合现象将有助于探讨发病机制、biomaker的筛选等,临床意义重大。 Continue reading

十一 02

一个植物转录组项目的实战

其实这个植物是拟南芥,所以跟人类研究的数据处理大同小异。

转录组

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和,包括 mRNA 和非编码 RNA 。通过转录组测序,能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行转录本结构研究、变异研究、基因表达水平研究以及全新转录本发现等研究。 Continue reading

十一 02

LncRNA课题整体解决方案平台

LncRNA是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,人类基因组中只有约3%的序列编码蛋白质,除去非转录区,其余约70%的序列转录产生非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA )。以往被认为是Junk DNA的基因组序列,现在被证实很多转录后变成了长非编码RNA。因此,LncRNA领域的研究堪比哥伦布发现的新大陆。随着高通量测序技术的发展,越来越多的LncRNA被注释。然而绝大多数LncRNA的功能效应及效应机制尚不得而知,探索这一广阔的未知领域正逐渐成为当今生物医学最热门的研究领域之一。

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30

找变异的流程

找变异简单点说,就是把高通量测序得到的成千上万条序列片段比对到合适的参考基因组,找到那些成

功比对的片段与参考基因组的微小差异情况。 那么就涉及到存储测序数据的fastq数据格式,比对的工具,比对后的sam格式,找微小差异的工具,差异结果的vcf文件,每个步骤的软件选择,参数 调整。当然,最重要的是走通整个流程,明白自己在做什么。

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26

ESCC-肿瘤空间异质性探究

ESCC-肿瘤空间异质性探究

肿瘤异质性包括空间异质性时间异质性、解剖异质性、结构异质性、基因异质性和功能异质性等等

肿瘤异质性是恶性肿瘤的特征之一,是指肿瘤在生长过程中,经过多次分裂增殖,其子细胞呈现出分子生物学或基因方面的改变,从而使肿瘤的生长速度、侵袭能力、对药物的敏感性、预后等各方面产生差异。肿瘤异质性一直是肿瘤治疗的挑战之一,肿瘤内部不同亚群的细胞对药物敏感性的不同可能会导致治疗的失败。现在主流的探究肿瘤异质性的方法是:

  • 对肿瘤病人的肿瘤组织进行不同时间点取样
  • 对肿瘤病人的肿瘤组织不同部分分别取样

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