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肿瘤全外显子测序数据分析流程大放送

这个一个肿瘤外显子项目的文章发表并且公布的公共数据,我这里给出全套分析流程代码。只需要你肯实践,就可以运行成功。

PS:有些后起之秀自己运营公众号或者博客喜欢批评我们这些老人,一味的堆砌代码不给解释,恶意揣测我们是因为不懂代码的原理。我表示很无语,我写了3千多篇教程,如果一篇篇都重复提到基础知识,我真的做不到。比如下面的流程,包括软件的用法,软件安装,注释数据库的下载,我博客都说过好几次了,直播我的基因组系列也详细解读过,我告诉你去哪里学,你却不珍惜,不当回事,呵呵。

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一文学会WGCNA分析

WGCNA 分析

基本概念

WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系,以及网络中的核心基因。

适用于复杂的数据模式,推荐5组(或者15个样品)以上的数据。一般可应用的研究方向有:不同器官或组织类型发育调控、同一组织不同发育调控、非生物胁迫不同时间点应答、病原菌侵染后不同时间点应答。 Continue reading

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癌症基因的somatic mutation calling 流程的评价体系

癌症基因的somatic mutation calling 流程的评价体系

文章是:A comprehensive assessment of somatic mutation detection in cancer using whole-genome sequencing

WGS已经逐步走入临床,ICGC目前支持了74个国际项目,刻画了两万五千个癌症患者的基因组特性,希望能因此探究癌症的生物学机制。但对这些数据的分析缺乏严格论证的标准,不同的分析者有着自己独特的分析流程。

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TCGA CNV全攻略

TCGA CNV全攻略

明白什么是CNV

对正常人来说,基因组应该是二倍体的,所以凡是测到非2倍体的地方都是CNV。但是CNV本身就是人群遗传物质多样性的体现,所以对癌症样本来说,是需要过滤掉正常人体内的germline的CNV,得到somatic的CNV。

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TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验

TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验

体细胞突变(somatic mutation)是指患者某些组织或者器官后天性地发生了体细胞变异,虽然它不会遗传给后代个体,却可以通过细胞分裂,遗传给子代细胞。体细胞突变对肿瘤的发生发展有关键性的作用,并且它也是制定肿瘤癌症靶向治疗措施的关键所在。NGS使体细胞变异的检测更加全面,成本更低,在检测多种体细胞变异上具有很大的优势,但在使用过程中还存在着挑战:如样品降解、覆盖度不足、遗传异质性和组织污染(杂质)等问题。 为应对以上挑战,降低错误率,科学家采取了不同的算法和统计模型用于检测体细胞突变。目前最受欢迎的有Varscan、SomaticSniper、 Strelka 和MuTect2

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从WGS测序得到的VCF文件里面提取位于EXON区域的

首先要下载并且得到人类基因组的外显子坐标记录文件

这里我用的参考基因组版本仍然是hg19,所以去CCDS数据库里面下载对应版本,并且格式化成BED文件。

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/archive/Hs37.3/CCDS.20110907.txt
cat CCDS.20110907.txt |perl -alne '{/[(.*?)]/;next unless $1;$exons=$1;$exons=~s/\s//g;$exons=~s/-/\t/g;print "$F[0]\t$" foreach split/,/,$exons;}' >hg19exon.bed

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我学会docker啦!希望你也可以学会

​写在前面

以前胡兄为我们生信技能树公众号写一个阿里云服务器处理RNA-seq和ChIP-seq数据(点击阅读)的教程的时候提到了docker这个打包技术,可以迅速的重现一个pipeline。虽然我以前也偶尔看到过这个名词,但是这是它第一次以生物信息学相关角色进入我的知识库。

这么神奇的东东,我岂能错过。下面就简单描述一下我的学习过程及理解: Continue reading

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我会学习R的bookdown,因为这个博客

当然,我是先搜索到了R的bookdown,再看到他到博客的,http://www.pzhao.org/zh/
很佩服博主,不仅仅是因为他r语言玩的很溜,更重要的是是他的人生经历。
大家直接去他的博客浏览哈,我也会跟着学习的。
bookdown的详细介绍见使用手册。他的使用体验写成了三篇帖子:

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perl模块安装大全

今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题,因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的,尤其是分量很重的VEP,所以即使你再如何如何的讨厌perl,也不得不与之打交道。

这种细节问题问我,我当然无法直接给出答案咯。毕竟,我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客,才意识到,我竟然已经写了7篇教程,关于perl的模块。目录如下:

首先需要自己确定已经安装了哪些模块,都安装在哪里?还有新的模块需要安装到哪里?
然后再学习如何安装新的模块。

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