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Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化

Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化

高通量RNA测序已经能够更高效地检测融合转录本,但是融合检测的技术和相关软件通常产生高错误发现率。而一个自动整合RNA数据和已知基因组特征的可视化框架对于结果的检验是有帮助的。2017年发布的一个bioconductor包,chimeraviz就可以做到自动创建嵌合RNA可视化。

支持来自9种不同融合发现工具(deFuseEricScript、InFusion、JAFFA、FusionCatcher、FusionMap、PRADA、SOAPfuse和STAR-FUSION)的输入。 Continue reading

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用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化(下)

用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化(下)

2017-01-30 jimmy 生信菜鸟团

我知道会有续集,但也没想到续集来得这么快!今天收到了一个生信技能树公众账号铁杆粉丝(我们之间有过9次邮件交流)的求助信,下面我们首先一起帮他解决一下碰到的问题。随后和大家分享一下可以提高搜索效率和准确率的Google搜索技巧。

 

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如何通过Google来使用ggplot2可视化(上)

如何通过Google来使用ggplot2可视化

2017-01-29 jimmy 生信菜鸟团

今天是大年初二,这篇文章我只想传达一点:

没有什么菜鸟级别的生物信息学数据处理是不能通过Google得到解决方案的,如果有,请换个关键词继续Google!


第一部分

首先用两分钟的时间简单介绍一下R语言

因为这个语言是肉丝儿Ross Ihaka)和萝卜特Robert Gentleman)两个人1992年在S语言的基础上发明出来的开源语言,所以叫做R语言。这两个人是统计学教授出身,所以R语言在统计学方面有着纯正的血统!如果你平时的工作和统计相关,你好意思不会点R语言么?

 

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ngsplot辅助CHIP-seq数据分析-可视化

最近在忙一些chip-seq的数据分析项目,它的可视化展现比较复杂一点,自己写程序将会耗费挺长时间的,就想着利用现成的工具,前面试用了deeptools,挺好 的,但是有点慢,是python程序,如下:
现在换一个R程序,这个非常快速,而且绘图个人觉得稍微美观一点,大家也可以都试试看。
首先软件的github里面有源代码,然后作者还四处宣讲这个包的神奇之处,下面的ppt非常言简意赅的描述了它的功能和强大之处。

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十二 28

生物信息数据分析文章就是看图写作文

首先是从测试原始数据里面得到汇总数据
然后把各种统计汇总数据可视化成图表
最后根据图表来写作文即可。
来源:Genome-wide Mapping of HATs and HDACs Reveals Distinct Functions in Active and Inactive Genes

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用网页版工具ChIPseek来可视化CHIP-seq的peaks结果

一般做完一个CHIP-seq测序,如果实验设计没有问题,测序质量也OK的话,很容易了根据序列call到符合要求的peaks,或者可以去很多文章或者roadmap里面下载到非常多有意义的peaks文件, 一般是BED格式文件,这是就需要对这些peaks进行各种各样的注释以及可视化了,此时不得不强烈推荐一款网页版工具,是台湾学者开发的ChIPseek:

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自学CHIP-seq分析第九讲~CHIP-seq可视化大全

讲到这里,我们的自学CHIP-seq分析系列教程就告一段落了,当然,我会随时查漏补缺,根据读者的反馈来更新着系列教程。其实可视化这已经是一个比较复杂的方向了,不仅仅是针对于CHIP-seq数据。可视化本身是发文章的先决条件,而让人一目了然图片也说明了数据分析人员对数据本身的理解。我这里就列出一些目录和一些工具,和ppt。这个主要靠大家自学了,而且我博客空间有限,就不上传一大堆图片了,大家随便找一些经典的paper里面都会有很多可视化分析。

首先强烈推荐两个网页版工具,针对找到的peaks可视化:

然后再推荐一个哈佛刘小乐实验室出品的软件,也是专门为了作图http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/usermanual.html

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