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RNA-seq仍然可以不做重复

RNA-seq仍然可以不做重复

很多benchmark文章推荐做RNA-seq的时候,每个处理最好是做5个以上的重复,当然,研究者为了节约经费,通常只做3个重复,更有甚者做两个也行。但是只做一个,往往就麻烦了,因为没办法进行常规的统计学检验看处理前后的差异表达的显著性。 Continue reading

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单细胞转录组看头颈癌的原位癌和复发癌区别

单细胞转录组探索头颈癌症的转移癌和原位癌区别

文章发表于2017年12月,在CELL杂志:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer 测序如下;

We profiled transcriptomes of ∼6,000 single cells from 18 head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) patients, including five matched pairs of primary tumors and lymph node metastases.

同时也对这些病人测了whole-exome sequencing (WES) and targeted genotyping (SNaPshot) data,但是这些数据公布在 phs001474.v1.p1 ,不是很方便下载。 Continue reading

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时间序列单细胞转录组数据分析

时间序列单细胞转录组数据分析

文章是: Reconstruction of developmental landscapes by optimal-transport analysis of single-cell gene expression sheds light on cellular reprogramming. 虽然于2017年9月公布在了bioRxiv上面,但是至今仍然没正式发表,包含了六万多个单细胞转录组数据,持续追踪了MEF细胞系诱导为IPSC细胞的动态变化过程,并且从发育的角度分析了这些数据

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专门分析10x genomic公司的单细胞转录组数据的软件套件

10x Genomics方法巧妙使用了Barcoding(条形码)和Microfluidics(微流体)技术,在单细胞分离、扩增原理上具有明显的优势,能帮助研究人员实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测,是肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测以及胚胎发育研究的黄金方法。

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TET2突变是如何引起超甲基化

TET2突变是如何引起超甲基化

癌症病人体内会检测到不正常的甲基化现象。
TET2可以氧化5mC成为5hmC,进而通过其它机制形成5fC5caC
很多血液肿瘤病人的TET2基因突变了,同时会显示出全局的5hmC水平下降。
有趣的是,全局的5hmC水平下降同样发生在很多实体肿瘤病人身上,但是那些病人很少有TET2突变发生。
那么,TET2突变,或者全局的5hmC水平下降,是如何导致启动子区域的CG岛的甲基化水平上升的呢?
有其它文献报道 hypermethylation和oxidative stress (OS)有关系
作者认为 oxidative stress (OS) 在其中起了关键的作用。

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ESCC-肿瘤空间异质性探究

ESCC-肿瘤空间异质性探究

肿瘤异质性包括空间异质性时间异质性、解剖异质性、结构异质性、基因异质性和功能异质性等等

肿瘤异质性是恶性肿瘤的特征之一,是指肿瘤在生长过程中,经过多次分裂增殖,其子细胞呈现出分子生物学或基因方面的改变,从而使肿瘤的生长速度、侵袭能力、对药物的敏感性、预后等各方面产生差异。肿瘤异质性一直是肿瘤治疗的挑战之一,肿瘤内部不同亚群的细胞对药物敏感性的不同可能会导致治疗的失败。现在主流的探究肿瘤异质性的方法是:

  • 对肿瘤病人的肿瘤组织进行不同时间点取样
  • 对肿瘤病人的肿瘤组织不同部分分别取样

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肿瘤全外显子测序数据分析流程大放送

这个一个肿瘤外显子项目的文章发表并且公布的公共数据,我这里给出全套分析流程代码。只需要你肯实践,就可以运行成功。

PS:有些后起之秀自己运营公众号或者博客喜欢批评我们这些老人,一味的堆砌代码不给解释,恶意揣测我们是因为不懂代码的原理。我表示很无语,我写了3千多篇教程,如果一篇篇都重复提到基础知识,我真的做不到。比如下面的流程,包括软件的用法,软件安装,注释数据库的下载,我博客都说过好几次了,直播我的基因组系列也详细解读过,我告诉你去哪里学,你却不珍惜,不当回事,呵呵。

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癌症基因的somatic mutation calling 流程的评价体系

癌症基因的somatic mutation calling 流程的评价体系

文章是:A comprehensive assessment of somatic mutation detection in cancer using whole-genome sequencing

WGS已经逐步走入临床,ICGC目前支持了74个国际项目,刻画了两万五千个癌症患者的基因组特性,希望能因此探究癌症的生物学机制。但对这些数据的分析缺乏严格论证的标准,不同的分析者有着自己独特的分析流程。

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TCGA CNV全攻略

TCGA CNV全攻略

明白什么是CNV

对正常人来说,基因组应该是二倍体的,所以凡是测到非2倍体的地方都是CNV。但是CNV本身就是人群遗传物质多样性的体现,所以对癌症样本来说,是需要过滤掉正常人体内的germline的CNV,得到somatic的CNV。

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TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验

TCGA计划的4个找somatic mutation的软件使用体验

体细胞突变(somatic mutation)是指患者某些组织或者器官后天性地发生了体细胞变异,虽然它不会遗传给后代个体,却可以通过细胞分裂,遗传给子代细胞。体细胞突变对肿瘤的发生发展有关键性的作用,并且它也是制定肿瘤癌症靶向治疗措施的关键所在。NGS使体细胞变异的检测更加全面,成本更低,在检测多种体细胞变异上具有很大的优势,但在使用过程中还存在着挑战:如样品降解、覆盖度不足、遗传异质性和组织污染(杂质)等问题。 为应对以上挑战,降低错误率,科学家采取了不同的算法和统计模型用于检测体细胞突变。目前最受欢迎的有Varscan、SomaticSniper、 Strelka 和MuTect2

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