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单细胞转录组项目你首先要说清楚几个样品多少测序量

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因为单细胞目前比较贵,单个10x样本还是在3万左右的费用,大多数课题组就是想尝个鲜,不会测太多样本。如果你看完目前的近1000篇10x单细胞转录组文章就很容易发现规律,从2017到2020,样本量要求是越来越多了,而且想发CNS级别文章,样本数量也要上得去。 Continue reading

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单细胞转录组数据处理之上游分析流程

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如果你想亲手分析自己的数据,生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,希望能够帮助到你的课题哦! Continue reading

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单细胞课程免费大放送

生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,但视频录制是两年前了,考虑到单细胞领域翻天覆地的变化速度,很多新分析方法,新的R包出来了,非常有必要推送一些新资料给到大家。当然了, 大体分析策略仍然是有效的。 Continue reading

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2008年的癌症panel测序研究重要图表,现在一个maftools全部搞定

看到发表在nature的 Article | Published: 23 October 2008 ,文章标题很简单,是: Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma ,NGS领域以及TCGA计划新秀,大名鼎鼎的Li Ding 是这篇文章的一作。现在如果你检索一下肺癌相关肿瘤外显子研究的话,简直不要太多,肺鳞癌以及肺腺癌都是。 Continue reading

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Jimmy老师神机妙算,带我绕过R包安装的3大坑

以下笔记分享来自于2019-11月学徒:
最近在安装 FACETS 的包,一直报error,脑壳疼。网上各种方法都尝试了,根本没有用!!还好跟着生信技能树Jimmy老师的推文一个一个解决掉了,深切感受到了大神一句话,菜鸟跑半年!

1.下载

因为mskcc/pctGCdata这个R包在GitHub上面,有100多m,实在是太大了,用传统的方法根本下载不下来,还好科学上网之后,多次尝试手动下载到本地搞定了。 Continue reading