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因为单细胞目前比较贵,单个10x样本还是在3万左右的费用,大多数课题组就是想尝个鲜,不会测太多样本。如果你看完目前的近1000篇10x单细胞转录组文章就很容易发现规律,从2017到2020,样本量要求是越来越多了,而且想发CNS级别文章,样本数量也要上得去。 Continue reading
Daily Archives: 2020年3月8日
单细胞转录组数据预处理之过滤线粒体核糖体基因
前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 教程目录如下:
单细胞转录组数据预处理之过滤不合格细胞和基因
现在一起看看拿到表达矩阵后有一个很重要的质控过程,就是根据一些阈值来过滤不合格细胞和基因。细胞的不合格很容易理解, 可能是那个细胞检测到的基因数量太少,或者太多,也许是那个细胞的文库大小异常,都是需要谨慎考虑是否管理它。 Continue reading
单细胞转录组数据处理之上游分析流程
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如果你想亲手分析自己的数据,生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,希望能够帮助到你的课题哦! Continue reading
单细胞课程免费大放送
生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,但视频录制是两年前了,考虑到单细胞领域翻天覆地的变化速度,很多新分析方法,新的R包出来了,非常有必要推送一些新资料给到大家。当然了, 大体分析策略仍然是有效的。 Continue reading
代谢组学数据一般存放在MTBLS
前面我们提到过:蛋白质组学数据一般共享在proteome xchange网站
这次又接触了一下代谢组学数据,看的文章是 Cell. 2019 May 2;177(4): 里面提到 Data and Software Availability Lipidomics data on liver fractions have been deposited in the EMBL-EBI under accession code MTBLS600. 我就留意了一下这个数据库和ID。 Continue reading
从招聘信息看一个合格的生信工程师该会哪些
昨天在某生物信息学交流微信群,看到有朋友宣传了免疫学大牛迟洪波教授实验室招生信工程师的信息,链接是:https://careers-stjude.icims.com/jobs/5863/bioinformatics-analyst-ii/job
粗看一下,要求确实不低: Continue reading
不知道你是第几天起开始不看疫情新闻
身为一个地地道道的湖北人,但实际上我自从考上大学其实就没怎么在春节这样的假期回去,所以这次算是有幸“躲过一劫”,但这并不影响我对疫情的关注,而且确实也躲不过去铺天盖地的新闻,各种反转,甚至还有人创作了一部魔幻现实主义的大剧: Continue reading
把一篇plosone数据挖一波有意思吗
看到一篇PLoS One 2014的文章,标题是 Integrated analysis of differential miRNA and mRNA expression profiles in human radioresistant and radiosensitive nasopharyngeal carcinoma cells,很简单的一个研究,就是找NPC和对照的表达差异,涉及到miRNA 和 mRNA 两种分子。 Continue reading
2008年的癌症panel测序研究重要图表,现在一个maftools全部搞定
看到发表在nature的 Article | Published: 23 October 2008 ,文章标题很简单,是: Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma ,NGS领域以及TCGA计划新秀,大名鼎鼎的Li Ding 是这篇文章的一作。现在如果你检索一下肺癌相关肿瘤外显子研究的话,简直不要太多,肺鳞癌以及肺腺癌都是。 Continue reading
Jimmy老师神机妙算,带我绕过R包安装的3大坑
以下笔记分享来自于2019-11月学徒:
最近在安装 FACETS 的包,一直报error,脑壳疼。网上各种方法都尝试了,根本没有用!!还好跟着生信技能树Jimmy老师的推文一个一个解决掉了,深切感受到了大神一句话,菜鸟跑半年!
1.下载
因为mskcc/pctGCdata
这个R包在GitHub上面,有100多m,实在是太大了,用传统的方法根本下载不下来,还好科学上网之后,多次尝试手动下载到本地搞定了。 Continue reading
4个小时TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程又有学习笔记啦
早在三年前我就整理并且制作了TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程,一年半前免费公布在生信技能树的B站,现在勉勉强强也快有两万的观看量。
阅读量如下: