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费九牛二虎之力也无法重现的GSEA图

组会有同学分享了曹雪涛课题组的一篇Nature Medicine文章,其生物学机理探索非常详细,但是我注意到他们使用芯片技术仅仅是测了才4个样本,就区分成两种细胞,两种处理,也就是说根本没有生物学重复,我相信他们课题组应该是不差钱的,那很可能是他们并没有意识到NGS技术的重要性。 Continue reading

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2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因

你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记分享第一弹,我将会在春节7天连续分享,目录如下:

2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性

2019年1月份第2周(总第50周)异常CRC病人的突变时空异质性与免疫

2019年1月份第3周(总第51周)探索PDAC癌前病变

2019年1月份第4周(总第52周)TCGA计划的ATAC-seq数据发布

2019年2月份第1周(总第53周)胃癌类器官

2019年2月份第2周(总第54周)测173个成年人的大脑的102个基因

2019年2月份第3周(总第55周)2.5万汉族人的GWAS乳腺癌风险基因

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2019年9月份第1周(总第81周 -BGI丢在预印本的乳腺癌单细胞转录组研究

是深圳华大基因牵头的10X单细胞转录组测序项目,本研究关注的是乳腺癌病人的肿瘤微环境 的细胞类型,尤其是免疫细胞如何作用于癌症细胞。尤其关心那些与肿瘤病人预后或者治疗情况相关的肿瘤浸润性淋巴细胞,T细胞功能障碍(也被称作耗竭)在癌症中很常见,为了更好地理解T细胞功能障碍,通常需要分析肿瘤浸润性淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocyte, TIL),这个时候单细胞转录组技术就派上用场了。 Continue reading

十二 16

2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性

癌相关的成纤维细胞 CAFs,具有异质性,是TME中的重要细胞成分,分泌的特定细胞因子、炎症趋化因子及其它可溶性因子能够诱导减缓细胞循环的过程,从而影响肿瘤细胞的增殖;2018年12月的NC文章:Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 使用成熟的单细胞转录组( Smart-seq2 )手段探索了癌相关的成纤维细胞 CAFs的功能和空间异质性。 Continue reading