一
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Category Archives: 未分类
十一
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WES技术找突变的黑名单
文章作者通过分析 dbSNPv138 and ESP6500 数据库之后找到了 100个高频突变基因，然后跟其它几个数据库进行比较。文章题目是：FLAGS, frequently mutated genes in public exomes，https://bmcmedgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12920-014-0064-y
十一
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生信技能树论坛的生信基础板块-统计学
如果你是最近关注我们，你将又知道一个学习生信的好地方；
如果你是一直关注我们，你肯定对这个地方不陌生；
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址：http://www.biotrainee.com/forum.php)。
本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。
今天给大家推送：生信基础板块-统计学
作者：王HH
十一
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使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv
cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况，首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值，然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。
该软件使用比较复杂，建议读一读官网教程。所有的命令都被包装到一个python脚本里面，使用该脚本调用一系列字命令，如下：
十一
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生信技能树论坛的生信基础板块-在线应用-网页版工具
本周专题是介绍
生信技能树论坛的生信基础板块，本篇是其中的“在线应用-网页版工具“版块，会对目前此子版块中的文章进行一个汇总整理（截止2017.11.26）。
本章节作者：hope
十一
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生信技能树论坛-生信基础版块介绍-计算机基础
如果你是最近关注我们，你将又知道一个学习生信的好地方；
如果你是一直关注我们，你肯定对这个地方不陌生；
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址：http://www.biotrainee.com/forum.php)。
本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。
今天给大家推送：计算机基础
作者：华农-钱胜
十一
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生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础
# 生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础
如果你是最近关注我们，你将又知道一个学习生信的好地方；
如果你是一直关注我们，你肯定对这个地方不陌生；
那就是我们的生信技能树论坛。
本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。
今天给大家讲解：生物学基础板块
作者：lakeseafly
十一
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生信技能树论坛-生信基础-医疗相关应用板块导读
十一
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生信完全入门线路图及资源大全
生信完全入门线路图及资源大全
成为一个合格的生信工程师必经之路
6大基础知识的掌握
首先你需要了解一些测序基础知识，生物学基础知识，这个主要靠自己看，还有平时多积累。 Continue reading
十一
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探索转录本的可变剪切
十一
02
我是如何学习Gene Fusion分析的
我是如何学习Gene Fusion分析的
一、Fusion原理
基因融合（Gene fusion）是指将两个或多个基因的编码区首尾相连，置于同一套调控序列（包括启动子、增强子和终止子等）的控制之下，构成嵌合基因。基因融合通常是由于染色体重排所造成的。异常基因融合事件可以引起恶性血液疾病以及肿瘤的发生，所以通过分析基因融合现象将有助于探讨发病机制、biomaker的筛选等，临床意义重大。 Continue reading
十一
02
一个植物转录组项目的实战
其实这个植物是拟南芥，所以跟人类研究的数据处理大同小异。
转录组
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和，包括 mRNA 和非编码 RNA 。通过转录组测序，能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息，从而进行转录本结构研究、变异研究、基因表达水平研究以及全新转录本发现等研究。 Continue reading
十一
02
LncRNA课题整体解决方案平台
LncRNA是一类长度超过200nt的非编码RNA分子，人类基因组中只有约3%的序列编码蛋白质，除去非转录区，其余约70%的序列转录产生非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA )。以往被认为是Junk DNA的基因组序列，现在被证实很多转录后变成了长非编码RNA。因此，LncRNA领域的研究堪比哥伦布发现的新大陆。随着高通量测序技术的发展，越来越多的LncRNA被注释。然而绝大多数LncRNA的功能效应及效应机制尚不得而知，探索这一广阔的未知领域正逐渐成为当今生物医学最热门的研究领域之一。
十
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学员分享-Chip-seq 实战分析流程
Chip-seq 实战分析流程
本次实践是根据Jimmy 和洲更两位大神的笔记，还有Y叔的Chipseeker包，第一次跑Chip-seq流程，主要关注了流程能否跑通，怎么解决自己实践中的Bug。 Continue reading
十
07
生信一天入门培训
九
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canvasxpress的可视化大礼包
https://canvasxpress.org/html/index.html 这个包里面有好多比较漂亮的模版推荐给大家！
下面的图片点击可以放大，从上面的链接还可以进入查看R代码，数据，完整的重复出来该可视化图片 Continue reading
九
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生物信息学编程实战练习题大全
首先上目录： Continue reading
九
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单细胞测序
近年来，单细胞生物学研究一直是热点领域，而尤为大家所关注的就是单细胞转录组测序了(single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)). Continue reading
九
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一文学会WGCNA分析
基本概念
WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基因。
适用于复杂的数据模式，推荐5组(或者15个样品)以上的数据。一般可应用的研究方向有：不同器官或组织类型发育调控、同一组织不同发育调控、非生物胁迫不同时间点应答、病原菌侵染后不同时间点应答。 Continue reading
七
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我的github极简指南
github极简指南
入生信的坑已经3年多了，但是开始github的旅程才一年多，起初主要是为了建立bioconductor中文社区而学习的，现在也在自己的github上面分享了不少代码，有一些心得体会，欢迎大家前往github star我的项目