周末生物信息学培训班准备工作

第一个准备工作是安装必备软件,根据自己的操作系统选择5个软件即可,(仅仅是R语言以及rstudio,Git,还有微信电脑版,钉钉)
第二个准备工作,安装R包,代码在文末,参考(务必看完)视频 https://www.bilibili.com/video/av80872684
第三个准备工作是看完这个10分钟测序原理视频

尽早完成准备工作,如果学有余力,就看看我们B站视频,主要是linux和R基础, https://space.bilibili.com/338686099 (不要求课前看完这些,课后可以看完它)

如果是Windows电脑,需要查看一些小技巧:http://www.bio-info-trainee.com/3925.html

R包安装

rm(list = ls()) 
options()$repos 
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)

# 下面代码被我注释了,意思是这些代码不需要运行,因为它过时了,很多旧教程就忽略
# 在代码前面加上 # 这个符号,代码代码被注释,意思是不会被运行
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
# library('BiocInstaller') 
# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
# BiocInstaller::biocLite("GEOquery")
# BiocInstaller::biocLite(c("limma"))
# BiocInstaller::biocLite(c("impute"))

# 但是接下来的代码又需要运行啦
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")

library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)

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