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WGCNA的输入矩阵到底是什么格式

虽然我们全国巡讲课程并不讲解WGCAN内容,因为时间的确有限,短短的3天要传授给大家R语言,linux还有RNA-seq数据分析实战,希望给大家打造好的基础成为合格的生信工程师,但是我们公众号有数不胜数的高级分析教程,比如WGCNA,有了基础的大家看教程就容易很多。今天收到生信技能树201908北京站学员提问,问题描述是: Continue reading

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学徒复现WGCNA文章图表

生信技能树学徒培养到现在已经正式走过了一个年头,不知道这个风雨飘摇的业务还能持续多久,一个月的时间说长也不长,能在我的陪伴下走到WGCNA环节的学徒其实不多,因为要学linux和R基础,还有4大NGS组学,大量知识点其实是学徒培养结束后漫长的数据分析生涯再接再厉。 Continue reading

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RNA-seq数据不仅仅是表达量

RNA-seq数据毫无疑问是目前NGS领域被使用最频繁的了,但是大部分科研人员对它的理解,还停留在表达量层面,尤其是基于基因的表达量,无非就是分组,然后走差异分析这样的统计学检验,绘制火山图和差异基因热图,上下调的通路。
先不说大家对RNA-seq数据的标准分析是否一定是对的,这样的简陋的分析其实是对数据的暴殄天物! Continue reading

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IRX2基因对NPC的预后

发表在Int J Clin Exp Pathol 2018;文章:Up-regulation of the IRX2 gene predicts poor prognosis in nasopharyngeal carcinoma
仅仅是医院收集了病人的随访时间,检测其中一个感兴趣基因的表达量,这样的汇总数据统计就可以发文章。 Continue reading

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最好用的融合基因查找工具终于正式发表了

就是STAR-fusion啦,它可以直接基于STAR比对好的bam文件来做分析,而大多数其它融合基因查找工具,需要从fastq文件开始,不太方便。之前我在生信技能树公众号介绍过它,那个时候发表该工具的文章是:STAR-Fusion: Fast and Accurate Fusion Transcript Detection from RNA-Seq 在biorxiv预印本: Continue reading

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转录本定量本来就不是一件容易的事情

gtf文件大家都了解,基因或者外显子的坐标相对独立,但是转录本很不一样,同一个基因的不同转录本共用外显子,这样的话它们的坐标其实很多都是overlap的,这样,我们的二代测序的100bp或者150bp的reads就无法判定它到底属于哪一个转录本!(这个时候全长转录组测序(iso-seq)可能是更好的选择) Continue reading