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不同矫正批次效应方法的比较

前面我在生信技能树推文:你确定你的差异基因找对了吗? 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分,而是不同人之间的异质性非常高,这个时候我提出来了一个解决方案,就是理论上就可以把人当做是一个批次效应,使用北京大学李程课题组开发的sva包的combat函数,把这样的效应去除一下,接着再找差异。 Continue reading

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安装GitHub的R包困难解决方案

相信遇到这样的问题的朋友不在少数,在中国大陆做数据分析,下载软件数据文件遇到困难那是家常便饭。
比如安装GitHub的R包,因为并不是所有的R包都会被正式的发布在CRAN或者bioconductor,所以对于简简单单分享在GitHub的R包一般我们搜索到如下代码: Continue reading

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R包升级与降级

关于R语言本身的升级与降级我们多次写教程阐述了,其实在Windows和MAC都是可以多个R版本共存的,Linux那就更不用说了,一切皆文件,想存放多少就可以多少。它们只不过是把谁放在环境变量罢了的问题,优先使用哪个的问题。 Continue reading

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R包降级也不全是那么简单

昨天写了,以为大家都可以很轻松做到,发现其实只是自己随心所欲罢了,第一因为自己的Mac电脑,其次因为自己看得懂R的提示,说缺依赖包,所以需要手动安装一些依赖包。
如果是Windows用户,会有一个make缺失这样的错误,如下: Continue reading

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nature文章也要挖掘单细胞公共数据

我列过一个生物信息学入门200篇NGS文献解读计划,其中一个文献是发表于2018的NC,标题是:Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq6个TNBC病人总共测了 超过1500个单细胞 ,质控后还剩下1189个单细胞进入下游分析。使用的是FACS加上Smart-seq2 ,非常中规中矩的分析,所以就发了同样中规中矩的NC。 Continue reading