因为基因组不同区域的不同组蛋白修饰的生物学意义不一样，所以研究它就不得在不每个项目里面做很多数据，很烧钱，比如 Roadmap 表观计划，通常是：6种 chromatin marks H3K4me3, H3K4me1, H3K36me3, H3K27me3, H3K9me3 and H3K27ac) Continue reading
二
20
Category Archives: 未分类
二
20
这个是单细胞混的最惨的一次
最近课题组的文献分享交流，有一个小伙伴讲的是最近的一篇nature文章：《ecDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression》, 有点复杂，不仅仅是有多组学，还有单细胞。如下所示： Continue reading
二
20
肺癌样品里面的正常的上皮细胞是什么（单细胞CNS图表复现23）
前面我们已经成功完成了《CNS图表复现专辑》的前20个关键图表的复现，现在开启第二波图表复现，会大量触及到补充图表。 目录及前面的代码总结 CNS图表复现专辑第二波开启 。 Continue reading
二
20
肿瘤拷贝数变异的差异分析应该以这个肺癌脑转移为标准
最近蛮多粉丝在咱们《生信技能树》公众号后台咨询在肿瘤拷贝数变异数据分析，我以为说的是单细胞的inferCNV和copykat呢，因为前两天恰好分享了 比较了copykat和infercnv这两个从单细胞转录组数据推断肿瘤拷贝数变异技术差异 ，但是仔细跟粉丝在公众号后台对话才方向人家结果居然真的是咨询肿瘤外显子得到的肿瘤拷贝数变异信息。 Continue reading
二
20
B细胞可分泌GABA需要单细胞数据证明
看到了朋友圈转发一个最新的（November 2021）发表在nature杂志的研究成果，日本RIKEN的科研团队首次发现，B细胞竟会分泌一种神经递质——γ-氨基丁酸（GABA），进而抑制细胞毒性T细胞功能、促进肿瘤相关巨噬细胞分化，抑制抗肿瘤免疫！除去B细胞之后，小鼠体内的抗肿瘤免疫也变强了。 Continue reading
二
20
4T1这个TNBC小鼠肿瘤模型的CAFs异质性
二
20
6种免疫细胞的850K甲基化芯片和转录组测序数据资源
看到很多小伙伴翻来覆去就是TCGA数据挖掘，而且绝大部分都仅限于转录组数据，虽然会根据基因性质拆分成为蛋白编码基因和非编码，但是数据多样性真的好有限。非常有必要系统性整理一些公共数据资源推广开。 Continue reading
二
20
7种肠道正常上皮细胞亚群标记基因是否有可取之处
最近在朋友圈看到了12月14日发表在Cell 杂志的文章：《Differential pre-malignant programs and microenvironment chart distinct paths to malignancy in human colorectal polyps》，研究团队对患者同一息肉样本完成scRNA-seq、外显子组（Exome-seq）、多重免疫荧光（MxIF）及多重免疫组化（MxIHC）分析。 Continue reading
二
20
把火山图做成烟花图
差异分析，大家都喜欢两个分组的比较，但实际科研项目，往往是比这复杂，多达十几个甚至几十个分组也不稀奇。之前的教程：[多分组的差异分析只需要合理设置design矩阵即可] Continue reading
二
20
比较copykat和infercnv这两个从单细胞转录组数据推断肿瘤拷贝数变异技术差异
前面我们已经成功完成了《CNS图表复现专辑》的前20个关键图表的复现，现在开启第二波图表复现，会大量触及到补充图表。 目录及前面的代码总结 CNS图表复现专辑第二波开启 。 Continue reading
二
20
标准的单细胞转录组数据分析全部图表复现都在代码海洋
去年我们介绍过codeocean ，算是生物信息学数据分析者的一个福音，因为大量的好文章都是把绘图数据及代码一股脑的打包上去了，关键是都是可以重复出来的！ Continue reading
二
20
多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较
最近在单细胞天地公众号看到了：多个组织的成纤维细胞图谱 的介绍，挺有意思的， 这样的思路完全可以任意扩展开来啊，多个组织的多种细胞亚群都是可以比较，甚至迁移到多个物种啊，如果多物种的单细胞数据集存在的话！ Continue reading
二
20
各种癌症都有自己的细分亚型
精准医疗时代，对于癌症我们最重要的就是分而治之，理论上应该是每个人的癌症都不一样，但实际上的医疗现实不允许我们对每个癌症患者都进行事无巨细的科研探索来给他制定个性化诊疗方案。能把以前大家混完一谈的单一器官癌症区分成为不同细分癌症，就已经是科研界近几十年的成果了。 Continue reading
二
20
构建驴转录组数据分析流程
最近安排实习生在整理转录组相关知识点，他也有自己的公众号，有一个保研专栏，感兴趣可以去看看！ Continue reading
二
20
过表达一个基因和敲除它的作用一定是相反的吗？
对指定基因进行干扰，然后看它造成的全局转录水平的影响已经成为了探索该基因功能的主流思路。这也就是为什么转录组测序技术成为了大众首选，一个最简单的项目只需要2个分组合起来6个样品即可，算起来不到5000块钱人民币，如果分析的好就是一个独立的课题！ Continue reading
二
20
基因别名的规范化
突然间发现大名鼎鼎的R包limma居然有一个函数是alias2Symbol，我看了看它的描述，其功能是Convert Gene Aliases to Official Gene Symbols Continue reading
二
20
多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面
我们以PNAS杂志的一个关于AD的单细胞的数据集， https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE157827 为例子，它有 21个10x样品哦，总计是 169,496 nuclei 单细胞，大家可以去下载它的文件：会得到如下所示： Continue reading
二
20
不同单细胞亚群差异分析做什么火山图
不止一个人问我，他单细胞差异分析的结果，因为p值过于显著，无限接近于0，导致火山图展现非常诡异！
二
14
2个分组的单细胞项目标准分析
绝大部分还没有接触单细胞的小伙伴很容易被无良自媒体带节奏，误以为单细胞就等价于CNS级别文章，或者再差也是子刊级别。实际上新技术的红利窗口期非常短暂，从样品量数据量的要求一直在水涨船高！比如我们看看某公司2020第四季度单细胞文章合辑，如下所示： Continue reading
九
18
课程推荐-刘小乐教授-计算生物学与生物信息学课程
前面我们在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 ，然后在生信菜鸟团分享了：中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学。 Continue reading