绘图的时候经常会遇到这个问题，有些NGS软件也会遇到。使用下面的代码模拟数据 Continue reading
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配对肝癌病人的拷贝数变异数据揭示癌症相关基因
有一个烂梗，说的就是癌症相关基因，详见： 『重磅！最新发现癌症相关基因』真相：基本找不着跟癌症无关的基因 ，也就是说大家看到了各式各样的文献都“恬不知耻”的落脚点是自己研究的基因在癌症领域多么多么在重要，要么是抑癌基因要么是原癌基因，跟癌症的发生发展，转移复发，耐药或多或少有相关性！ Continue reading
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拟时序分析就是差异分析的细节剖析
副标题：
- 所有的大样本量差异分析都可以转为拟时序分析
- 两个分组的差异分析仅仅是上下调吗？ Continue reading
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你真的需要如此多的单细胞亚群注释工具吗？
新鲜出炉（2021年10月）的，发表在：《Computational and Structural Biotechnology Journal》杂志的综述文章：《Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing》整理了目前的单细胞亚群注释工具，文章链接是：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037021004499 Continue reading
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如果你一定要TCGA数据库的转录组测序的TPM表达量矩阵，不妨自己进行转换啊！
前面我们的泛癌系列教程，都是直接使用count矩阵进行分析，最多就是进行一些转换而已。但是很多读者不依不饶一定要我们使用TPM表达量矩阵，因为这个更权威或者说更流行！ Continue reading
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你认为是双细胞人家说是全新细胞亚群
在朋友圈看到了一个单细胞文献快讯：杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡科学技术局基因组研究所等机构的研究人员在 Cancer Discovery 期刊发表了题为：《Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer》 的研究论文。 Continue reading
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你确定你研究的是成纤维细胞吗？
感兴趣成纤维细胞的非常多，可能主要是因为肿瘤领域的火爆，肿瘤微环境里面的免疫相关，不管是淋巴系还是髓系，都有了大量的 成果。反而是肿瘤微环境里面的基质细胞，比如内皮细胞，成纤维和周细胞目前还大有可为。 Continue reading
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你确定还需要自己测甲状腺癌的单细胞吗？
这两个月单细胞市场上最劲爆的消息应该就是我们《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来的 10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。 Continue reading
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你的单细胞亚群可能并不是真的既有T细胞也有B细胞的标记基因
我们在前面的教程：为什么一个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因呢，给大家演示了一种可能性，就是cycling 亚群就是 既有T细胞也有B细胞的标记基因，实际上是因为它们这群细胞高表达 TOP2A和MKI67基因，处于比较活跃的细胞增殖状态，这样无论它本身是 T细胞还是B细胞，它们的这个状态使得它们在普通的降维聚类分群的流程里面就会被混合在一起。 Continue reading
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你不需要这个包而仅仅是需要它里面的数据
公众号后台看到了很多人提问如何安装一个免疫治疗数据队列包， IMvigor210CoreBiologies ，因为它是一个100多M的压缩包文件，在 http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/packageVersions/ 网页可以看到： Continue reading
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免疫组化和RNA-seq数据你更相信哪个
目前的生命科学领域研究仍然是“草莽”阶段，基本上落脚点都需要是一个基因。可以是该基因在不同分组有差异，或者说该基因的高低跟肿瘤病人的生存情况关联起来了。 Continue reading
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真的有人相信仅仅是两次差异分析的交集就能定位目标基因吗？
对两次差异分析取交集的思路，被滥用最严重的就是数据挖掘领域，有一个 ESTIMATE 算法，是根据肿瘤样品转录组测序数据表达量矩阵来推断其肿瘤微环境构成，主要是肿瘤纯度，基质细胞和免疫细胞。 Continue reading
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类器官外显子测序数据标准分析
以 Clinical & Translational Immunology 2021; 文章为例，标题是：《Patient-derived organoids of bladder cancer recapitulate antigen expression profiles and serve as a personal evaluation model for CAR-T cells in vitro》，是中国深圳的中科院先进院的团队的研究成果。 Continue reading
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快速检查迄今为止世界上最大的胃癌单细胞队列数据质量
在朋友圈看到了一个单细胞文献快讯：杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡科学技术局基因组研究所等机构的研究人员在 Cancer Discovery 期刊发表了题为：《Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer》 的研究论文。 Continue reading
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看起来全部的报错但是R包居然是安装并且成功加载
给一个学员设置R语言安装以及R包环境，遇到了一个超级有意思的现象，首先呢，在中国大陆网络设置太难了，不出意外GitHub在线安装失败： Continue reading
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九百万多吗
相信关注单细胞的小伙伴最近应该是都会被一则新闻刷屏：鸿星尔克，豪掷 900 万进军本土单细胞测序领域！ Continue reading
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静待花开
最近在朋友圈看到了一幅漫画：等一朵花开需要很多耐心和微笑：
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假如你的两个分组真的就是都有且仅有一个样品该如何做差异分析呢
前面的教程：把火山图做成烟花图 ，我们批评了一个学员做差异分析时候的错误的思路，就是把每个分组里面的单个样品简单粗暴的复制粘贴3次充当生物学重复，会导致计算得到的p值如此的诡异。 Continue reading
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甲基化捕获测序能否替代450K
任何一个新技术，在蓬勃发展的过程中肯定是少不了大量的测评研究，从技术细节，平台， 软件工具算法多个维度的对比探索。 Continue reading
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加载同样的包每次报错还不一样
因为前面的Mac电脑键盘掉漆，而且tab键失灵，恰好新学期学生优惠开始了 ，就顺便换了个新Mac。配置环境后出现了超级诡异的事情，前前后后折腾了两三天，值得分享一下： Continue reading