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肿瘤研究神级教材-癌生物学

最近整理自己的书房,发现很多好书已经被束之高阁长达五年,也有一些是学徒带过来的经典,比如《癌生物学》,看了几十页,爱不释手,想起来珠江肿瘤的robin组织过他那边的学生写过这本书的笔记,所以借花献佛分享给我们生信技能树的粉丝。 Continue reading

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肿瘤异质性如何影响诊断

我在上海国际乳腺癌论坛(SIBCS)公众号看到他们解读的《人间世》第二季第五集《抗癌之路:癌症的黑匣里仍有微光》,值得分享:
同样的病人在上海复旦大学附属肿瘤医院检查被判断为三阴性乳腺癌,但是赴美就医,在 安德森医院 的穿刺报告显示她的肺部转移灶雌激素受体呈阳性。不同的诊断结果,意味着不同的治疗方案。 (其实原发灶和转移部位本来就是可以不同亚型的啊!) Continue reading

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周六文献阅读目录

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HTA芯片(学徒探索任务)

年前我们布置过一个 agilent芯片的探索任务,很可惜,没有人接单,也许是得等我某一天遇到了,或者时间充裕了会去解决它吧!现在再来一个疑难杂症吧,就是生不逢时的Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的数据处理。
前面我提到过[HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的分析其实挺麻烦的,首先需要搞清楚下面3个平台的差异: Continue reading

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TCGA和METABRIC的TNBC病人数量到底是多少

因为自己博士课题是关于乳腺癌肿瘤异质性的研究,所以对这个癌症的背景知识稍微多一点。顺理成章的我出的大量学徒作业也是关于乳腺癌的,其中乳腺癌里面最恶性的就是TNBC,或者说三阴性乳腺癌啦。看到了不下50篇TNBC相关数据挖掘文章,基本上都是TCGA或者METABRIC数据库啦,但是不同文章对TNBC定义有冲突,而且样本数量都不一致,​很是尴尬!​ Continue reading

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oligo包可以处理agilent芯片吗

在文献 J Natl Cancer Inst. 2018 Jul ;题目是:Intratumor Heterogeneity of the Estrogen Receptor and the Long-term Risk of Fatal Breast Cancer,看到该研究使用的是agilent表达芯片,老实说我其实不太喜欢这个公司的芯片,从数据分析的角度来说,因为其R包非常少。不过作为生信技能树,我们不得不全面建设不同类型数据分析流程,所以还是硬着头皮啃一下这个数据分析: Continue reading

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M3Drop用法的修改

两年前我们介绍的用米氏方程解决单细胞转录组dropout现象的文章提出的那个算法,被包装到了R包,是:M3Drop ,文章最开始 2017年发表在biorxiv的是:Modelling dropouts for feature selection in scRNASeq experiments 后来(2019)published in Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/bty1044 ,而且整个包的使用方法发生了变化,值得记录和分享一下。 Continue reading

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lncRNA芯片的探针到底该如何注释到基因组信息呢

昨天发布了 GEO数据库中国区镜像横空出世,粉丝们都很happy,因为确实解决了他们的一个拦路虎,以后下载GEO数据再也不用去网吧了。但是部分粉丝提出了更过分的要求,说自己没有服务器,我以前的教程:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释 他们跟随起来很困难,希望我随便把所有的gpl也注释一波提供给大家。 Continue reading