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在果蝇探索PRC复合物 -(2019年5月份)第18周(总第66周 )

2018年2月的一篇PNAS文章:Global changes of H3K27me3 domains and Polycomb group protein distribution in the absence of recruiters Spps or Pho 的作者来我们学校面试助理教授,有幸听他完整讲述他们课题组的工作。
这篇文章只有两个共一的作者,一个负责全部的实验环节,一个负责全部的数据分析环节,所以作者的确是有真才实学的,佩服! Continue reading

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scTrio-seq-增强版 -(2019年4月份)第15周(总第63周 )

本次分享的文献发表于2018年11月30日,在Science 杂志,“Single-cell Multi-omics Sequencing and Analyses of Human Colorectal Cancer”, 该研究在国际上首次从单细胞分辨率、多组学水平深入解析了人类结直肠癌在发生和转移过程中,基因组拷贝数变异、DNA甲基化异常及基因表达改变的特点及相互关系。 Continue reading

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(2020年3月份)第12周(总第108周 )- 单细胞转录组探索小鼠性腺发育

单细胞转录组技术在发育生物学领域应用的最为成熟和广泛,单细胞领域大拿汤富酬就是在发育生物学方向颇有建树。本次要分享的两篇文章:2018, Cell Reports 和 2019, Cell Reports是同一个研究团队的成果,2018的研究是是取Tg(Nr5a1-GFP) 雄性小鼠的睾丸在 5个发育时间点 (E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, and E16.5) 进行单细胞转录组测序,2019的研究是Tg(Nr5a1-GFP) 转基因小鼠的性腺在6个发育时间点 (E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, E16.5, and post-natal day 6 [P6])。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之PhyloWGS算法的肿瘤内部异质性和基因组不稳定性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 PLoS Genet. 2018 Sep 的研究,Pan-cancer inference of intra-tumor heterogeneity reveals associations with different forms of genomic instability. 系统性的探索了32种癌症的接近6000个肿瘤病人数据的肿瘤内部异质性情况,值得注意的是作者这里使用PhyloWGS算法的结果来代表肿瘤内部异质性,所有的生物学意义的结论都是基于这个假设。 Continue reading

100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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长期更新~~~

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

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(2019年4月份)第13周(总第61周 )- NPC的突变特性

本周尝试一种新的文献解读方式,就是一次性解读3篇文献,总结他们的异同点,整体把握该领域发展情况。

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(2019年3月份)第12周(总第60周 )- 10个单细胞转录组数据探索免疫治疗机理

发表在2018年9月的NC, 文章是:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA 两例免疫治疗患者,在一位患者身上发现了规律,在另一位患者身上得到了证实。取患者血液和肿瘤,做免疫组化、分选、exome-seq、single cell RNA-seq、qPCR。 Continue reading

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(2019年3月份)第9周(总第57周 )- TNBC分型研究的来龙去脉

TNBC分型研究的来龙去脉

早在2018年第46周文献分享,我就介绍过TNBC亚型的研究:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49574829 研究团队通过贝勒医学院分两次 收集了 198个TNBC病人, (discovery set: n=84; validation set: n=114) 比较稳定的把TNBC分成了4个亚型,而且还分析了7个公共数据集来验证其结论。作者还整理的4个亚型以及其可能的靶点,作为研究亮点。当时也展开对比了其它分类研究,因为目前TNBC是BRCA里面预后最差的, 所以关于它的研究比较火热,但是根据基因表达进行分子分型的到不多,值得系统性的通读一遍,争取完全掌握该小领域的研究脉络。 Continue reading