我虽然写了中文解读,还是建议大家看原作者的英文文档
我先讲解了画图,再讲解了一些小知识。
如果你还没有安装,就运行下面的代码安装:
install.packages('RCircos')
library(RCircos)
如果你安装好了,就直接加载它们即可
library(RCircos)
最基本的图,就是直接利用物种的染色体信息,展示出来即可
#导入内建人类染色体数据
data(UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram)
cyto.info <- UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude=NULL,tracks.inside=10, tracks.outside=0 )
##
## RCircos.Core.Components initialized.
## Type ?RCircos.Reset.Plot.Parameters to see how to modify the core components.
#chr.exclude <- NULL; 设置不显示的染色体,如 c(1,3)
#cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram; 设置染色体数据
#tracks.inside <- 10; 设置内部track 个数
#tracks.outside <- 0; 设置外部track 个数
RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot() #绘制染色体表意文字,染色体的默认方法亮点和染色体名称。
在前面最基本的图的基础上面把circos复杂化,一步步添加到我们想要的信息。 ### 基础染色体信息 同上
#导入内建人类染色体数据
a <- function(...){
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram);
head(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram);
## 这里换了个参考基因组版本,请注意
chr.exclude <- NULL;
#设置不显示的染色体,如 c(1,3)
cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram;
#设置染色体数据
tracks.inside <- 10;
#设置内部track 个数
tracks.outside <- 0;
#设置外部track 个数
#导入上面四个基本参数
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude, tracks.inside, tracks.outside);
RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()
}
a()