用RCircos包来画圈圈图

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我虽然写了中文解读，还是建议大家看原作者的英文文档

我先讲解了画图，再讲解了一些小知识。

　安装并加载必须的packages

如果你还没有安装，就运行下面的代码安装：

install.packages('RCircos')
library(RCircos)

如果你安装好了，就直接加载它们即可

library(RCircos)

最基本的circos图

最基本的图，就是直接利用物种的染色体信息，展示出来即可

#导入内建人类染色体数据

data(UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram)
cyto.info <- UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude=NULL,tracks.inside=10, tracks.outside=0 )

## 
## RCircos.Core.Components initialized.
## Type ?RCircos.Reset.Plot.Parameters to see how to modify the core components.

#chr.exclude <- NULL;           设置不显示的染色体，如 c(1,3)          
#cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram; 设置染色体数据
#tracks.inside <- 10;    设置内部track 个数
#tracks.outside <- 0;    设置外部track 个数 

RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot() #绘制染色体表意文字，染色体的默认方法亮点和染色体名称。

复杂化

在前面最基本的图的基础上面把circos复杂化，一步步添加到我们想要的信息。 ### 基础染色体信息 同上

#导入内建人类染色体数据
a <- function(...){ 
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram);
head(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram);
## 这里换了个参考基因组版本，请注意
 chr.exclude <- NULL;  
 #设置不显示的染色体，如 c(1,3)          
 cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram; 
 #设置染色体数据
 tracks.inside <- 10;  
 #设置内部track 个数
 tracks.outside <- 0;  
 #设置外部track 个数
 
 #导入上面四个基本参数
 RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude, tracks.inside, tracks.outside);
 
RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()
}
a()