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超级好用的文献附件批量下载神器

有一些杂志的附件真的很让人奔溃,每一个图表都是独立的文件,关键是我们的网页浏览器默认是打开而不是下载,所以要频繁的点击保存到本地电脑成为文件。

比如2020年7月的这个文章:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma ,直接拉到文末,就可以看到: Continue reading

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畅游Windows的Ubuntu子系统

太多人问没有云服务器,其实就是说没有Linux操作系统,很多生物信息学软件用不起来。我们虽然在生信菜鸟团已经发布的:购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务 ,提到了可以每个月花几块钱购置一款《1核2G服务器》标准品,既可以练习Linux命令,也可以打搭建一个博客:五分钟搞定你的个人博客,还可以做图床,或者隧道。但毕竟配置太低了,1核2G的电脑现在商城里面其实都买不到了。 Continue reading

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参考基因组用错了单细胞转录组流程照样可以走通

但是,能走通流程,并不代表可以有好的生物学解释
前些天我发布了 cellranger更新到4啦,提到了可以免费做一下10X的单细胞转录组数据上游分析,反正刚刚购买的服务器闲着也是闲着。然后,马上就有粉丝寄给我一个2.4T硬盘,里面有24个10X单细胞转录组原始测序数据,真的是超级大,两个星期过去了,我还没有跑完。可能是自己的服务器有点辣鸡吧,或者说因为我使用的是Windows的ubuntu子系统,而不是纯正的ubuntu这样的Linux? Continue reading

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这样的诊断模型才优秀

前些天在生信技能树的教程:这样拿差异基因集做肿瘤诊断模型不是明知故问吗,我抛出来了一个开放性问题,也是抨击了一下那个简陋的诊断模型,有粉丝“挑衅”我说如果那个诊断模型不好,有本事我自己发一个好的啊!我就呵呵了,我是否具备抨击某事物的资格并不需要我有能自己创造那个事物的为前提,建议他回去好好学习逻辑学。 Continue reading

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五分钟搞定你的个人博客

因为众所周知的原因,大家在简书等平台分享自己的学习笔记经常会受限,包括莫名其妙的被删帖或者一段时间无法发帖,在其它平台包括CSDN,博客园,知乎也是如此,严苛的内容审查机制和防止外链的限制特别影响大家的发挥。 Continue reading

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为难你了,选择生信技能树

最近有粉丝发邮件咨询我单细胞问题的时候,我指出来其实是因为他R语言知识不牢固,所以没办法从特定的S4对象里面提取内容,转录组基础也没有学习所以不明白文库是什么,其实就是说并不是单细胞本身知识点问题,所以推荐他去听我B站的全网第一个单细胞课程(免费基础课程),过两天他回信说太感谢我的教程了,之前确实是基础知识不够所以单细胞数据分析的很勉强,一步一个坑。 Continue reading

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使用SnpSift把vcf文件的变异位点注释到clinvar数据库

号外:生信技能树知识整理实习生招募,长期通知,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!

遗传变异的数据库注释非常简单,就是从数据库里面下载记录文件,然后根据坐标对应一下即可,甚至很多成熟的工具都可以自动下载数据库以及比对,就跟我们前面讲到的把vcf文件注释到dbSNP数据库的ID一样简单。我在多年前的直播我的基因组讲过很多了: Continue reading

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生信技能树知识整理实习生招募

在生信技能树,生信菜鸟团,单细胞天地分享了超1.3万篇教程后,越来越感觉时间与精力不够用,且不说每日都要维持多个公众号的教程原创笔记撰写,仅仅是把这些教程发布出去,都是不小的工作量。目前我的教程同步更新在知乎,博客,腾讯云社区,简书,B站,论坛等平台,而且还有二十多个微信学习交流群需要维护,见: Continue reading