十二 28

送苹果我们是认真的

去年我写了一个推文:发nature communications了不起吗 引起了不少读者的共鸣,揭露出来了社会一个比较普遍的现象,稍有成果就颐气指使,而且缺乏感恩的心态。中间的故事我补一下,那个人当初加好友的时候可劲的问问题,就各种低声下气的扮可怜,问题解决了也不会有一个谢谢,下次再遇到问题就又一个轮回。发文章了也没看到感谢,居然还好意思要求我帮忙宣传!
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十二 28

使用curatedTCGAData下载TCGA数据库信息好用吗

好久没有写TCGA数据库教程了,因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了,我那个时候写了几百个教程并且录制了视频。

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十二 28

你还缺乳腺癌表达量数据集吗

生存分析你还是在TCGA吗?

最近有粉丝求助说他研究乳腺癌做了单细胞转录组数据,定位到了一个稀有细胞亚群,先看它感兴趣的亚群细胞特异性基因的临床意义,问我有没有除了TCGA数据库之外的其它数据库资源推荐。恰好我做这方面就顺手检索了一下,发现了 curatedBreastData 包,值得推荐!

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十二 28

今天讨论新冠病毒明天讨论单细胞

在朋友圈看到了一个2020年6月发表在Nature Medicine的单细胞TCR测序结合单细胞测序,研究新冠病人免疫图谱的文章,蛮有意思的。作者用单细胞转录组测序技术对不同程度的新冠患者(3例中度感染患者、6例重度感染患者)和健康对照组(3例)的支气管肺泡灌洗液(BALF)免疫细胞进行了鉴定。最后获得31个不同的cluster,比如,巨噬细胞,中性粒细胞、髓样树突状细胞、浆状树突细胞、NK细胞、血浆细胞、上皮细胞、T细胞、B细胞等。比较了健康人、中毒感染患者、重度感染患者的细胞数目差异以及差异表达基因,分析新冠肺炎患者肺泡灌洗液中的免疫图谱。
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十二 28

基因集的转录因子富集分析

一般来说,大家拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数据库,或者走gsea/gsva这样的富集分析,也是注释生物学功能数据库。 大家读我的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文应该是够多了:

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十二 27

好事成三的纪念卫衣

十二 27

函数冲突报错就完了吗

一个星期前我指出来了R语言包开发的一个现象:R语言的繁荣背后何尝没有隐患,很多函数名字被多个R包使用,这样就出现了冲突,所以我们需要显示调用具体的某个R包的某个函数。

恰好被隔壁Y叔看到了,所以立马给出来了解决方案,在听说你用的函数又撞名了? 可以看到conflicted包超级好用,专门盯着你,让你报错!

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