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100篇泛癌研究文献解读之同源重组修复通路

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Nat Commun. 2017 Oct , 题目是:Pan-cancer analysis of bi-allelic alterations in homologous recombination DNA repair genes. 主要是探索 homologous recombination (HR) DNA repair 通路里面的BRCA1 and BRCA2 ,相关基因有102个。类似的研究具体的某个有生物学意义的基因集的研究很多,比如 前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep ,还有 Nucl Receptor Res. 2015 Dec和 Dev Dyn. 2018 Mar; 他们的分析思路都大同小异,可以整合。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之snoRNAs

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于 Cell Rep. 2017 Nov 的pan-cancer研究,题目是:A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer. Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之合成致死事件

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
Pan-cancer 研究发在NC是比较常见的事情,本文也是如此,发表于 Nat Commun. 2017 May 题目是:Systematic discovery of mutation-specific synthetic lethals by mining pan-cancer human primary tumor data. 也是研究12种癌症的突变情况,应用 MiSL (Mining Synthetic Lethals) 算法找到了145,891 SL事件。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之微卫星不稳定性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 JCO Precis Oncol. 2017;的研究 Landscape of Microsatellite Instability Across 39 Cancer Types. 系统性的研究了TCGA使用WES数据的微卫星不稳定性。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之驱动lncRNA

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表在 Nat Commun. 2016 Oct 的文章:Pan-cancer transcriptomic analysis associates long non-coding RNAs with key mutational driver events. Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之使用EXPANDS和PyClone量化肿瘤内部异质性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表在 Nat Med. 2016 Jan的pan-cancer研究,文章是:Pan-cancer analysis of the extent and consequences of intratumor heterogeneity. 关于肿瘤内部异质性的探索,而且分析了这个异质性对其它基于TCGA数据库的数据挖掘结论的影响。可以跟前面关于肿瘤纯度的pan-cancer研究对比学习。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之lincRNA的生存分析情况

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表在:EBioMedicine. 2016 May; 题目是:Pan-Cancer Analyses Reveal Long Intergenic Non-Coding RNAs Relevant to Tumor Diagnosis, Subtyping and Prognosis. 研究人员下载了12种癌症的共1200病人的RNA-seq的测序数据的bam文件,然后走自己的流程针对lincRNA进行定量。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之生存分析相关基因

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表在一个很简单的杂志上面,PeerJ. 2016 Feb,被引用的次数也很少,才10次,题目是:A pan-cancer analysis of prognostic genes. 纳入16个不同癌症的6495个病人的RNA-seq数据,因为以前在癌症领域的生存分析大多关注单个基因,而且使用的是芯片表达数据,所以作者认为自己的研究是具有创新点的。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表在一个看不懂的杂志,是 Nucl Receptor Res. 2015 Dec 文章题目是:Pan-cancer analyses of the nuclear receptor superfamily. ,从题目可以看到本研究仅仅是关注 Nuclear receptors (NR) 基因集。 跟前面的 Sci Rep. 2013 Oct 和 Nat Commun. 2014 Sep 比较类似,都是研究具体的部分生物学意义的基因集。可以预料后面应该是还有人会研究EMT基因集,HDR基因集,PRC复合物基因集等等。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之癌症相关基因的饱和度分析

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表在CNS正刊的泛癌研究不多,除了前面提到的 Nature. 2013 Oct 和 Cell. 2014 Aug ,接下来我们要介绍的是Nature. 2014 Jan , 引用也是近2000了,题目是:Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types. 主要关注的仍然是突变信息,仍然是寻找有统计学显著的癌症相关基因,创新点是分析了不同测序深度对找到的癌症相关基因的影响。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之非编码区调控原件的突变情况

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表于 Nat Genet. 2014 Nov, 文章是 Genome-wide analysis of noncoding regulatory mutations in cancer. 本研究专注于分析那些有全基因组测序的肿瘤样本,不到一千个。采取3个研究策略:

  • hotspot analysis focused on small regions that frequently contained mutations;
  • regional recurrence analysis identified annotated regions that contained numerous mutations;
  • transcription factor analysis nominated regions with ETS transcription factor binding sites that were disrupted or created by mutation. Continue reading
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100篇泛癌研究文献解读之激酶相关基因融合事件

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
发表的杂志还算中规中矩,在:Nat Commun. 2014 Sep 文章是:The landscape of kinase fusions in cancer. 跟前面我们介绍的发表在: Sci Rep. 2013 Oct ,文章是:The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer.比较类似,都是关注某一类型基因。不过本研究关注的是融合基因,不是简单的SNV事件。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之肿瘤病人新的分类方法

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
前面我们提到过一个发表在CNS正刊的泛癌研究, Nature. 2013 Oct , 本研究也是如此,发表于 Cell. 2014 Aug , 文章是: Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin. TCGA的pan-cancer数据挖掘能发CNS正刊也算是很不容易了,本研究主要是基于表达量的分类,希望可以搞清楚之前常用的组织器官分类方法在现在的多组学领域的实用性。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之可变剪切事件大起底

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
文章发表于 2014 Dec 4. doi: 10.4137/CIN.S19435, 到现在引用才6次,可以说是泛癌研究的一朵奇葩!题目是:A Pan-Cancer Analysis of Alternative Splicing Events Reveals Novel Tumor-Associated Splice Variants of Matriptase 文章的中心并不突出,研究团队开发了自己的可变剪切分析流程并且也下载了TCGA的RNA-seq测序数据进行处理,但是即没有提供分析结果,其流程也无法重现,得到的分析结果也没有太多的生物学意义阐述。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之病毒感染及整合到肿瘤病人基因里

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表的杂志还算中规中矩啦,在 Nat Commun. 2013; 题目是:The landscape of viral expression and host gene fusion and adaptation in human cancer. 可能是因为关注的是病毒,所以引用不多,不到200次。基于的mRNA_seq测序数据,系统性的研究了4,433 tumours and 19 cancer types,发现了不少病毒整合位点及基因。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之磷酸化相关点突变

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表在: Sci Rep. 2013 Oct ,文章是:The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer. 同样是(TCGA) pan-cancer 数据集 的3,185 genomes and 12 cancer types,重点关注于 Phosphorylation-related SNVs (pSNVs) Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之突变全景图

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表于 Nature. 2013 Oct , 引用已经超2000了,题目是:Mutational landscape and significance across 12 major cancer types. 这可能是第一个pan-cancer研究发了CNS正刊,样本量是 3,281 tumours across 12 tumour types ,针对他们的突变信息,使用 MuSiC 来计算 significantlymutated genes (SMGs),主要是 20 cellular processes的127个基因的特征。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之根据点突变和拷贝数变异共同分组

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表于Nat Genet. 2013 Oct;题目是: Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers. 主要关心其定义的selected functional events (SFEs),系统性的研究TCGA数据库的12个癌症的3299个病人数据,并且把癌症病人分成 mutations (M class) or copy number changes (C class) 两个组。文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之ESTIMATE算法计算肿瘤纯度

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表的杂志还算中规中矩啦,在Nat Commun. 2013,题目是:Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. 本研究者开发了一个基于表达信息的肿瘤纯度判定算法,Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumours using Expression data’ (ESTIMATE) 主要是基于ssGSEA,对 stromal and immune 两个基因集进行打分。文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之癌症驱动基因

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于普通杂志:Sci Rep. 2013 Oct 题目是:Comprehensive identification of mutational cancer driver genes across 12 tumor types. 主要就是使用4个软件分析TCGA数据库的somatic突变结果而已。本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading