新鲜出炉（2021年10月）的，发表在：《Computational and Structural Biotechnology Journal》杂志的综述文章：《Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing》整理了目前的单细胞亚群注释工具，文章链接是：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037021004499 Continue reading
前面我们的泛癌系列教程，都是直接使用count矩阵进行分析，最多就是进行一些转换而已。但是很多读者不依不饶一定要我们使用TPM表达量矩阵，因为这个更权威或者说更流行！ Continue reading
在朋友圈看到了一个单细胞文献快讯：杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡科学技术局基因组研究所等机构的研究人员在 Cancer Discovery 期刊发表了题为：《Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer》 的研究论文。 Continue reading
感兴趣成纤维细胞的非常多，可能主要是因为肿瘤领域的火爆，肿瘤微环境里面的免疫相关，不管是淋巴系还是髓系，都有了大量的 成果。反而是肿瘤微环境里面的基质细胞，比如内皮细胞，成纤维和周细胞目前还大有可为。 Continue reading
这两个月单细胞市场上最劲爆的消息应该就是我们《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来的 10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。 Continue reading
我们在前面的教程：为什么一个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因呢，给大家演示了一种可能性，就是cycling 亚群就是 既有T细胞也有B细胞的标记基因，实际上是因为它们这群细胞高表达 TOP2A和MKI67基因，处于比较活跃的细胞增殖状态，这样无论它本身是 T细胞还是B细胞，它们的这个状态使得它们在普通的降维聚类分群的流程里面就会被混合在一起。 Continue reading
公众号后台看到了很多人提问如何安装一个免疫治疗数据队列包， IMvigor210CoreBiologies ，因为它是一个100多M的压缩包文件，在 http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/packageVersions/ 网页可以看到： Continue reading
目前的生命科学领域研究仍然是“草莽”阶段，基本上落脚点都需要是一个基因。可以是该基因在不同分组有差异，或者说该基因的高低跟肿瘤病人的生存情况关联起来了。 Continue reading
对两次差异分析取交集的思路，被滥用最严重的就是数据挖掘领域，有一个 ESTIMATE 算法，是根据肿瘤样品转录组测序数据表达量矩阵来推断其肿瘤微环境构成，主要是肿瘤纯度，基质细胞和免疫细胞。 Continue reading
以 Clinical & Translational Immunology 2021; 文章为例，标题是：《Patient-derived organoids of bladder cancer recapitulate antigen expression profiles and serve as a personal evaluation model for CAR-T cells in vitro》，是中国深圳的中科院先进院的团队的研究成果。 Continue reading
在朋友圈看到了一个单细胞文献快讯：杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡科学技术局基因组研究所等机构的研究人员在 Cancer Discovery 期刊发表了题为：《Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer》 的研究论文。 Continue reading
给一个学员设置R语言安装以及R包环境，遇到了一个超级有意思的现象，首先呢，在中国大陆网络设置太难了，不出意外GitHub在线安装失败： Continue reading
相信关注单细胞的小伙伴最近应该是都会被一则新闻刷屏：鸿星尔克，豪掷 900 万进军本土单细胞测序领域！ Continue reading
最近在朋友圈看到了一幅漫画：等一朵花开需要很多耐心和微笑：
前面的教程：把火山图做成烟花图 ，我们批评了一个学员做差异分析时候的错误的思路，就是把每个分组里面的单个样品简单粗暴的复制粘贴3次充当生物学重复，会导致计算得到的p值如此的诡异。 Continue reading
任何一个新技术，在蓬勃发展的过程中肯定是少不了大量的测评研究，从技术细节，平台， 软件工具算法多个维度的对比探索。 Continue reading
因为前面的Mac电脑键盘掉漆，而且tab键失灵，恰好新学期学生优惠开始了 ，就顺便换了个新Mac。配置环境后出现了超级诡异的事情，前前后后折腾了两三天，值得分享一下： Continue reading
因为基因组不同区域的不同组蛋白修饰的生物学意义不一样，所以研究它就不得在不每个项目里面做很多数据，很烧钱，比如 Roadmap 表观计划，通常是：6种 chromatin marks H3K4me3, H3K4me1, H3K36me3, H3K27me3, H3K9me3 and H3K27ac) Continue reading
最近课题组的文献分享交流，有一个小伙伴讲的是最近的一篇nature文章：《ecDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression》, 有点复杂，不仅仅是有多组学，还有单细胞。如下所示： Continue reading
前面我们已经成功完成了《CNS图表复现专辑》的前20个关键图表的复现，现在开启第二波图表复现，会大量触及到补充图表。 目录及前面的代码总结 CNS图表复现专辑第二波开启 。 Continue reading