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你的单细胞亚群可能并不是真的既有T细胞也有B细胞的标记基因

我们在前面的教程:为什么一个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因呢,给大家演示了一种可能性,就是cycling 亚群就是 既有T细胞也有B细胞的标记基因,实际上是因为它们这群细胞高表达 TOP2A和MKI67基因,处于比较活跃的细胞增殖状态,这样无论它本身是 T细胞还是B细胞,它们的这个状态使得它们在普通的降维聚类分群的流程里面就会被混合在一起。 Continue reading

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快速检查迄今为止世界上最大的胃癌单细胞队列数据质量

在朋友圈看到了一个单细胞文献快讯:杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡科学技术局基因组研究所等机构的研究人员在 Cancer Discovery 期刊发表了题为:《Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer》 的研究论文。 Continue reading

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肿瘤拷贝数变异的差异分析应该以这个肺癌脑转移为标准

最近蛮多粉丝在咱们《生信技能树》公众号后台咨询在肿瘤拷贝数变异数据分析,我以为说的是单细胞的inferCNV和copykat呢,因为前两天恰好分享了 比较了copykat和infercnv这两个从单细胞转录组数据推断肿瘤拷贝数变异技术差异 ,但是仔细跟粉丝在公众号后台对话才方向人家结果居然真的是咨询肿瘤外显子得到的肿瘤拷贝数变异信息。 Continue reading

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B细胞可分泌GABA需要单细胞数据证明

看到了朋友圈转发一个最新的(November 2021)发表在nature杂志的研究成果,日本RIKEN的科研团队首次发现,B细胞竟会分泌一种神经递质——γ-氨基丁酸(GABA),进而抑制细胞毒性T细胞功能、促进肿瘤相关巨噬细胞分化,抑制抗肿瘤免疫!除去B细胞之后,小鼠体内的抗肿瘤免疫也变强了。 Continue reading