11

时间序列单细胞转录组数据分析

时间序列单细胞转录组数据分析

文章是: Reconstruction of developmental landscapes by optimal-transport analysis of single-cell gene expression sheds light on cellular reprogramming. 虽然于2017年9月公布在了bioRxiv上面,但是至今仍然没正式发表,包含了六万多个单细胞转录组数据,持续追踪了MEF细胞系诱导为IPSC细胞的动态变化过程,并且从发育的角度分析了这些数据

Continue reading

06

专门分析10x genomic公司的单细胞转录组数据的软件套件

10x Genomics方法巧妙使用了Barcoding(条形码)和Microfluidics(微流体)技术,在单细胞分离、扩增原理上具有明显的优势,能帮助研究人员实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测,是肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体检测以及胚胎发育研究的黄金方法。

Continue reading

16

TET2突变是如何引起超甲基化

TET2突变是如何引起超甲基化

癌症病人体内会检测到不正常的甲基化现象。
TET2可以氧化5mC成为5hmC,进而通过其它机制形成5fC5caC
很多血液肿瘤病人的TET2基因突变了,同时会显示出全局的5hmC水平下降。
有趣的是,全局的5hmC水平下降同样发生在很多实体肿瘤病人身上,但是那些病人很少有TET2突变发生。
那么,TET2突变,或者全局的5hmC水平下降,是如何导致启动子区域的CG岛的甲基化水平上升的呢?
有其它文献报道 hypermethylation和oxidative stress (OS)有关系
作者认为 oxidative stress (OS) 在其中起了关键的作用。

Continue reading

06

Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化

Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化

高通量RNA测序已经能够更高效地检测融合转录本,但是融合检测的技术和相关软件通常产生高错误发现率。而一个自动整合RNA数据和已知基因组特征的可视化框架对于结果的检验是有帮助的。2017年发布的一个bioconductor包,chimeraviz就可以做到自动创建嵌合RNA可视化。

支持来自9种不同融合发现工具(deFuseEricScript、InFusion、JAFFA、FusionCatcher、FusionMap、PRADA、SOAPfuse和STAR-FUSION)的输入。 Continue reading

05

用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切

用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切

该软件早在2016年就公布了,发表在biorxiv预印本上面,但直到2017年的双11,才发表在NG上面,文章是 : Annotation-free quantification of RNA splicing using LeafCutter 最大的特点应该是不需要参考基因组的基因注释信息了吧,就是gtf/gff文件可以省略,当然,比对还是需要的。它还有另外一个非常重要的功能,splicing quantitative trait loci (sQTLs) 但是跟我目前关系不大, 就不介绍了。 Continue reading

十二 22

不同物种的同一个基因的对应关系

不同物种的同一个基因的对应关系

我们都知道不同的物种在进化过程中其实共享很多基因的,尤其是哺乳动物,同一个基因虽然在不同的物种序列不完全一样,位于的染色体也不一样,发挥的功能可能也稍微有点区别,但是他们的相似性非常高!根据相似性就可以在不同的物种里面找到同一个基因。 Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-生信社区版块-bioconductor中文&shiny交互网页

bioconductor中文
shiny交互网页
今天给大家介绍的是论坛的生信社区版块,包括bioconductor中文和shiny交互网页这两部分。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-研究热点版块介绍(三)-芯片处理

今天我们继续对论坛研究热点版块进行介绍,本文是第三篇,讲的是芯片处理这个热点。本文对热点的内容简单分了下类。如果你很感兴趣,请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得,欢迎你在对应的区域发帖,帮助更多对这部分内容感兴趣的人。:)
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-研究热点版块介绍(二)-肿瘤信息学

今天我们继续对论坛研究热点版块进行介绍,本文是第二篇,讲的是肿瘤信息学这个热点。本文分为四部分,第一部分主要介绍TCGA数据下载和整理等方面的内容;第二部分主要介绍肿瘤研究领域一些重要的知识;第三部分为一些比较实用的方法和资讯方面的内容;最后一部分为问答区。如果你很感兴趣,请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得,欢迎你在对应的区域发帖,帮助更多对这部分内容感兴趣的人。:)
Continue reading

十二 18

生信技能树论坛-研究热点版块介绍(一)

三代测序、化学信息学
免疫研究、GWAS
Meta分析、单细胞测序
进化分析、机器学习
今天我们将对论坛研究热点版块进行介绍,本文是第一篇,讲的是开篇提到的这几个热点。如果你很感兴趣,请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得,欢迎你在对应的区域发帖,帮助更多对这部分内容感兴趣的人。
【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善,如果你愿意加入我们一起建设论坛,我们非常欢迎,相信这个过程你一定能收获很多,快到碗里来吧,有能力有担当的朋友请与我们联系。:)
(2017.12.15)

Continue reading