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每个基因都值得研究吗?

最近看到朋友圈都在宣传一个队列研究成果,就是2020年4月30日,ChinaMAP联盟携全国29家研究机构和医院,在中科院上海生命科学研究院主办的Cell Research**杂志发表了长文章“The ChinaMAP analytics of deep whole genome sequences in 10,588 individuals”Continue reading

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连最基础服务都不让我们专业人士来做了

做知识分享这六年,太多粉丝需要帮助,所以我选择了全部无偿公开我所有技能,不仅仅是R和Linux基础,还包括多种ngs技术数据处理,甚至单细胞,这些教学视频都在B站。这样我就可以轻松上阵,但是千分之一左右粉丝是有科研经费,而且也没有时间精力慢慢看教程钻研摸索的,所以我们仍然是提供一点点学习辅导服务: Continue reading

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绝大部分情况下,我们其实是不知道如何提问

有意思的是,如果能合理的提问,绝大部分问题其实就可以自己抽丝剥茧的解决掉

最近有一个学徒非常执着的要自费私聊提问(主要是专家咨询费),这里需要说明一下,我其实每天都会处理十几个粉丝提问,部分比较耗费时间的问题就会让大家等等,因为我也不是每天没事只做公益。除非是实在是等不及的,才需要自费紧急求助于我。 Continue reading

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给你8个甲基化探针, 你可以在tcga数据库进行怎样的探索

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域:

  • 1、探索各类肿瘤不同临床特征(性别、年龄、种族、临床分期)的预后(生存曲线)
  • 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的差异情况(箱线图)
  • 3、探索各类肿瘤与对照的全局(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的差异情况(差异分析流程) Continue reading
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PAM50的概念及分子分型算法原理

众所周知,癌症具有异质性,在乳腺癌领域,不同亚型的癌症比不同器官来源癌症的差异要大很多。最简单癌症分类,当然是一个基因,比如ER阳性或者ER阴性的乳腺癌患者,并不是说人类有2万多个蛋白编码基因就可以有2万多种分类,其实在乳腺癌领域常用的分类,就是ER,HER2,PR等等,如果这3个基因都不表达,就是临床里面比较恶性的三阴性乳腺癌啦。 Continue reading

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microRNAs靶基因数据库哪家强

microRNAs早就不再是科研热点,但毕竟还是遗留下来了不少数据,而且好歹是TCGA计划的多组学中的一环。在自己的研究增加miRNA的角度也是极好的, 通常大家有4个需求:

  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA有哪些靶基因
  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个基因由哪些miRNA调控
  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA跟哪些疾病或者药物相关
  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA是否调控自己感兴趣的一个或者多个基因 Continue reading
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cibersoft使用SVM算法实现去卷积

熟悉DNA测序的朋友应该是知道对肿瘤病人进行WES或者WGS等基因组测序后,可以得到成百上千的somatic突变,而这些突变都是ATCG碱基直接变化,所以它们变化的组合情况就6种,而加上上下文碱基也就96种,这96种碱基变化的比例的特殊组成,就是mutation signatures,而且COSMIC数据库上面有着30种已知的signatures,我们可以把这些signatures当做是一个有意义的生物学功能,这样一旦我们拿到自己的突变数据, 就可以通过非负矩阵分解的方法把自己的突变数据分解为这30个signatures的组合,那么如果我们拿到的是表达矩阵呢? Continue reading

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CancerQuest(埃默里大学的一个癌症教育和外展项目)

有多少人做的是癌症相关研究,但其实对自己的研究对象了解很少,只是一些流行病学指标,全球各大国家地区的发病率和死亡率。所以前些天我推荐了:《高通量测序技术在肺癌领域的应用(书籍推荐)》 ,很多粉丝留言说看得非常过瘾,那就再推荐一些癌症背景知识学习资源。 Continue reading

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这也怪我咯?

最近微信里“躺尸”四年的一个“好友”因为朋友圈点赞聊了几句,混的不太好,也抱怨了自己肿瘤液体活检数据分析遇到的疑难杂症在我生信技能树公众号找不到解决方案。提到了一个很新颖的观点:因为我这些年持续发布免费教程、免费视频,免费分享把这个行业利润搞低了,所以大家没有人研发高级收费课程,因为赚不到钱!而且他自己有一些想分享的经验也不好意思开课赚钱。​ Continue reading