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7种肠道正常上皮细胞亚群标记基因是否有可取之处

最近在朋友圈看到了12月14日发表在Cell 杂志的文章:《Differential pre-malignant programs and microenvironment chart distinct paths to malignancy in human colorectal polyps》,研究团队对患者同一息肉样本完成scRNA-seq、外显子组(Exome-seq)、多重免疫荧光(MxIF)及多重免疫组化(MxIHC)分析。 Continue reading

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各种癌症都有自己的细分亚型

精准医疗时代,对于癌症我们最重要的就是分而治之,理论上应该是每个人的癌症都不一样,但实际上的医疗现实不允许我们对每个癌症患者都进行事无巨细的科研探索来给他制定个性化诊疗方案。能把以前大家混完一谈的单一器官癌症区分成为不同细分癌症,就已经是科研界近几十年的成果了。 Continue reading

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过表达一个基因和敲除它的作用一定是相反的吗?

对指定基因进行干扰,然后看它造成的全局转录水平的影响已经成为了探索该基因功能的主流思路。这也就是为什么转录组测序技术成为了大众首选,一个最简单的项目只需要2个分组合起来6个样品即可,算起来不到5000块钱人民币,如果分析的好就是一个独立的课题! Continue reading

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2个分组的单细胞项目标准分析

绝大部分还没有接触单细胞的小伙伴很容易被无良自媒体带节奏,误以为单细胞就等价于CNS级别文章,或者再差也是子刊级别。实际上新技术的红利窗口期非常短暂,从样品量数据量的要求一直在水涨船高!比如我们看看某公司2020第四季度单细胞文章合辑,如下所示: Continue reading

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ngs组学数据分析上下游之分

前些日子我们《生信技能树》的工程师做了一个ATAC-seq的项目,给客户汇报结果的时候,照例提供了全套代码。不过这次是从fq文件开始,所以大量代码都是在Linux平台的命令行而已,虽然给了客户全部的代码,但是客户直接说不想学,问有没有基于R的实现方式。 Continue reading