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100篇泛癌研究文献解读之病毒感染及整合到肿瘤病人基因里

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表的杂志还算中规中矩啦,在 Nat Commun. 2013; 题目是:The landscape of viral expression and host gene fusion and adaptation in human cancer. 可能是因为关注的是病毒,所以引用不多,不到200次。基于的mRNA_seq测序数据,系统性的研究了4,433 tumours and 19 cancer types,发现了不少病毒整合位点及基因。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之磷酸化相关点突变

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表在: Sci Rep. 2013 Oct ,文章是:The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer. 同样是(TCGA) pan-cancer 数据集 的3,185 genomes and 12 cancer types,重点关注于 Phosphorylation-related SNVs (pSNVs) Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之突变全景图

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表于 Nature. 2013 Oct , 引用已经超2000了,题目是:Mutational landscape and significance across 12 major cancer types. 这可能是第一个pan-cancer研究发了CNS正刊,样本量是 3,281 tumours across 12 tumour types ,针对他们的突变信息,使用 MuSiC 来计算 significantlymutated genes (SMGs),主要是 20 cellular processes的127个基因的特征。 Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之根据点突变和拷贝数变异共同分组

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表于Nat Genet. 2013 Oct;题目是: Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers. 主要关心其定义的selected functional events (SFEs),系统性的研究TCGA数据库的12个癌症的3299个病人数据,并且把癌症病人分成 mutations (M class) or copy number changes (C class) 两个组。文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之ESTIMATE算法计算肿瘤纯度

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本文发表的杂志还算中规中矩啦,在Nat Commun. 2013,题目是:Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. 本研究者开发了一个基于表达信息的肿瘤纯度判定算法,Estimation of STromal and Immune cells in MAlignant Tumours using Expression data’ (ESTIMATE) 主要是基于ssGSEA,对 stromal and immune 两个基因集进行打分。文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之癌症驱动基因

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
本研究发表于普通杂志:Sci Rep. 2013 Oct 题目是:Comprehensive identification of mutational cancer driver genes across 12 tumor types. 主要就是使用4个软件分析TCGA数据库的somatic突变结果而已。本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列,首发于:http://www.bio-info-trainee.com/4132.html Continue reading

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100篇泛癌研究文献解读之APOBECs家族基因突变及表达量异常

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达)
所以本研究发表于:Nat Genet. 2013 Sep 是属于较早的一批泛癌研究了,题目很简单:Evidence for APOBEC3B mutagenesis in multiple human cancers. 就是研究TCGA数据库的APOBECs家族基因突变及表达量异常问题。 Continue reading

100篇泛癌研究文献解读目录(长期更新)

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为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在:TCGA知识图谱视频教程(B站和YouTube直达) Continue reading

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(2019年4月份)第13周(总第61周 )- NPC的突变特性

本周尝试一种新的文献解读方式,就是一次性解读3篇文献,总结他们的异同点,整体把握该领域发展情况。

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(2019年3月份)第12周(总第60周 )- 10个单细胞转录组数据探索免疫治疗机理

发表在2018年9月的NC, 文章是:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA 两例免疫治疗患者,在一位患者身上发现了规律,在另一位患者身上得到了证实。取患者血液和肿瘤,做免疫组化、分选、exome-seq、single cell RNA-seq、qPCR。 Continue reading

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(2019年3月份)第9周(总第57周 )- TNBC分型研究的来龙去脉

TNBC分型研究的来龙去脉

早在2018年第46周文献分享,我就介绍过TNBC亚型的研究:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49574829 研究团队通过贝勒医学院分两次 收集了 198个TNBC病人, (discovery set: n=84; validation set: n=114) 比较稳定的把TNBC分成了4个亚型,而且还分析了7个公共数据集来验证其结论。作者还整理的4个亚型以及其可能的靶点,作为研究亮点。当时也展开对比了其它分类研究,因为目前TNBC是BRCA里面预后最差的, 所以关于它的研究比较火热,但是根据基因表达进行分子分型的到不多,值得系统性的通读一遍,争取完全掌握该小领域的研究脉络。 Continue reading

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2019年2月份第8周(总第56周 )- 预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集

发表在Nat Med. 2017 April的文章HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures ,其研究发现了一种新的类似于BRCA的突变特征,普遍存在于约20%的乳腺癌患者中,具有这种突变的乳腺癌患者或许同样能从PARP抑制剂靶向治疗中受益。并不需要一定是BRCA1/2基因本身的突变。 Continue reading