十二 16

2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性

癌相关的成纤维细胞 CAFs,具有异质性,是TME中的重要细胞成分,分泌的特定细胞因子、炎症趋化因子及其它可溶性因子能够诱导减缓细胞循环的过程,从而影响肿瘤细胞的增殖;2018年12月的NC文章:Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 使用成熟的单细胞转录组( Smart-seq2 )手段探索了癌相关的成纤维细胞 CAFs的功能和空间异质性。 Continue reading

十一 26

GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手

通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果,比如说乳腺癌吧,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。 Continue reading

十一 24

ATR基因增强S-G2有丝分裂检测点

保持遗传稳定性的两个关键机制包括DNA损伤修复 (调控基因组稳定性)以及有丝分裂检测点(调控染色体组稳定性)。
ATR蛋白是一个与ATM 相关的调控DNA损伤修复的主要蛋白激酶,在DNA复制过程中ATR的丢失会增加S期的基因组不稳定性并影响随后的有丝分裂。
FOXM1这个转录因子在大部分癌症是高表达的,也有文献表现它的高表达量加速了细胞分裂。 Continue reading

十一 21

2019年2月份第1周(总第53周)胃癌的类器官研究(附视频)

文章发表于stem.2018.09.016,标题是:A Comprehensive Human Gastric Cancer Organoid Biobank Captures Tumor Subtype Heterogeneity and Enables Therapeutic Screening 本研究主要是完成了一个 a primary gastric cancer organoid (GCO) biobank ,包括34个病人的63个部位,主要是:

十一 11

12月份第4周(总第48周)乳腺癌的类器官研究

本研究是乳腺癌领域的第一个类器官研究,发表于Cell. 2018 Jan 作者是 N Sachs , 到2018年底已经被引用超过50次啦,文章题目是:A Living Biobank of Breast Cancer Organoids Captures Disease Heterogeneity.
研究者收集了 超过150例乳腺癌患者样品,然后声称其团队成功的制作了超过100个类器官
From 155 tumors, we established 95 BC organoid lines that readily expanded.
而且NGS数据分析结果表明类器官比较好的保留其配对肿瘤样品的CNV和SNV特征。 Continue reading