来源于《肿瘤论坛》公众号 ，作者上海胸科 张波的公众号推文，临床研究阴性阳性结果解读 Continue reading →

背景介绍:

DNA 甲基化是一种表观遗传标记，可限制染色质的可及性，并在器官发生过程中调节时空基因表达。Dnmt1 是研究最多的 DNA 甲基转移酶之一，它主要参与保存进行有丝分裂的细胞中的 DNA 甲基化模式。其中Dnmt1 在胚胎肺内胚层中的作用已被发现，但其在胚胎肺中胚层的扩张、维持和分化中的作用还未见报道。GSE175640单细胞数据集，表明 Dnmt1 是胚胎肺中胚层正常发育至关重要。敲除胚胎肺中胚层中的 Dnmt1，发现 Dnmt1 严重影响胚胎脉管系统的发育和中胚层对肺间充质细胞谱系。 Continue reading →

最近在整理表观相关技术文献，包括各种甲基化芯片技术，27k,450k,850k，以及甲基化测序的 WGBS和RRBS其实它们应用，最后也是构建各种模型，比如分子分型啊，细胞比例他推断啊，分类模型或者预后模型。而且这个分类模型的AUC高到令人瞠目结舌，比如2018的的文章，标题是：《A novel discriminating colorectal cancer model for differentiating normal and tumor tissues》链接是：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30324808/ Continue reading →

先分享一个民间科学家的小故事，他们证明了螃蟹的耳朵长高在腿上 ： Continue reading →

这两个月单细胞市场上最劲爆的消息应该就是我们《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来的 10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。 Continue reading →

最近有小伙伴抱怨自己硕士毕业后入职某国内本土药企，但是工作内容仍然是高校培养事情的文章撰写，而且居然要求还降低了，之前还被导师压榨着要出英文SCI，现在公司仅仅是要求一堆凑数的中文文章即可，还有一大堆莫名其妙的专利申请。 Continue reading →

小伙伴们跟着我们的单细胞数据分析流程，基本上都掌握了： 单细胞聚类分群注释 ，尤其是我们重点演示了的第一层次的分群。b站免费视频课程 地址：https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu Continue reading →

看到了一个 J Cancer . 2020 Jan的文献蛮有意思的，文章标题是：《A Stemness and EMT Based Gene Expression Signature Identifies Phenotypic Plasticity and is A Predictive but Not Prognostic Biomarker for Breast Cancer》，也就是说，标题就指出来了他们的研究对象 癌细胞干性指数以及EMT打分，这两个指标都跟癌症预后没有关系！ Continue reading →

最近交流群有小伙伴提问《单细胞转录组》数据分析，我给了他我录制好了3个系列视频，和十套完整代码。但是对方说根本就没有用，我就纳闷了， 我的资料教会了那么多人单细胞数据分析，为什么就渡不了他呢？ Continue reading →

最近有粉丝提问，他在R里面安装了conda，但是不知道如何启动和配置那个conda，让我非常吃惊。 Continue reading →

ngs技术多如牛毛，在它之前每个技术都有一个对应的芯片版本。
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昨天在《生信技能树》公众号的一个教程：这也能画？，我提到了一个很无聊的R包，名字是：scRNAstat ，它可以4行代码进行单细胞转录组的降维聚类分群，其实完全没有技术含量， 就是把 Seurat 流程的一些步骤包装成为了4个函数： Continue reading →

最近在朋友圈刷到了【一刻talks先见未来大会2020】的演讲视频，其中一个讲者很有意思、就是海尔集团海创汇合伙人，首席生态官——檀林，他的演讲：数字游民时代来临，你做好准备了吗？ 详细演讲视频介绍见：檀林：数字游民时代来临，你做好准备了吗？ Continue reading →

文章：《Preparation of mouse pancreatic tumor for single-cell RNA sequencing and analysis of the data》，链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S266616672100695X Continue reading →

部分情况下，大家可能是会从一个完全空白的服务器上面开始自己的单细胞数据分析，那么配置环境是一个蛮繁琐的事情！ Continue reading →

最近很多小伙伴表示，在使用R语言下载GEO数据集，或者其它文件，会遇到时间不够的情况，比如如下所示的报错： Continue reading →

昨天在《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来了一个10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。不到一天就拿到了300多万的意向，我觉得可以往一千万的小目标冲一下！ Continue reading →

绘图的时候经常会遇到这个问题，有些NGS软件也会遇到。使用下面的代码模拟数据 Continue reading →

有一个烂梗，说的就是癌症相关基因，详见： 『重磅！最新发现癌症相关基因』真相：基本找不着跟癌症无关的基因 ，也就是说大家看到了各式各样的文献都“恬不知耻”的落脚点是自己研究的基因在癌症领域多么多么在重要，要么是抑癌基因要么是原癌基因，跟癌症的发生发展，转移复发，耐药或多或少有相关性！ Continue reading →

副标题：

• 所有的大样本量差异分析都可以转为拟时序分析
• 两个分组的差异分析仅仅是上下调吗？ Continue reading →