九 18

影像组学教学视频

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虽然我这七年在生信技能树、生信菜鸟团、单细胞天地写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），但我也并不是什么都会，比如蛋白质组和代谢组以及宏基因组我就没有机会去尝试，必然就不可能制作它们的数据处理视频。凡是我会的，录制了视频的，都会组建好交流群，见： Continue reading →

九 17

学徒作业-hisat2+stringtie+ballgown流程

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十多年前的普通转录组一个样品测序跟现在的单细胞转录组类似，成本也是一两万块钱，然后随便五六个样本分两组做一下差异分析，富集到通路就是一个文章。但是这些年过去了，转录组已经深入到生命科学领域的方方面面，区别是它不再是唯一的主角，现在转录组不到一千块钱一个样品，只要你有好的课题思路，好的实验设计，让转录组为你的课题增光添彩吧！ Continue reading →

九 16

为什么R4.0版本内置的R包那么多

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因为最近自己购置了一个全新的Windows电脑，所以就系统性的配置了全部的生物信息学相关软件，当然是也包括R语言啦，毕竟我一直强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： Continue reading →

九 16

为何cytoscape总是说我没有java呢

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做数据挖掘的朋友们都懂，cytoscape的出镜率非常高，主要是因为太多人对R语言的掌握程度不好，所以只能是借助cytoscape这样的可视化软件，cytoscape是java语言开发的，也有很多人在cytoscape的基础上面开发插件，而且有一些插件就可以单独发表SCI文章，有点类似于在R语言的平台上面开发R包就可以发文章一样。 Continue reading →

九 16

探索lncRNA表达量的组织特异性

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前面我们布置了学徒任务，复现一下DNA甲基化的组织特异性，见：学徒任务-探索DNA甲基化的组织特异性 。同样的，其它分子，肯定也会有组织特异性，比如lncRNA。发表在Comput Math Methods Med. 2019的文章：Portrait of Tissue-Specific Coexpression Networks of Noncoding RNAs (miRNA and lncRNA) and mRNAs in Normal Tissues 就统性探索了lncRNA表达量的组织特异性。 Continue reading →

九 15

探索DNA甲基化的组织特异性

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表观调控领域关于DNA甲基化的研究绝对是一个热点，尤其是有那么多的技术，WGBS,RRBS,450K/850K芯片。早在2014年发表于Genome Biology 的文章：DNA methylome profiling of human tissues identifies global and tissue-specific methylation patterns 就设计实验系统性探索了 DNA甲基化的组织特异性。 Continue reading →

九 15

数据挖掘课程第四期学员反馈

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在数据挖掘课程研发的早期（2020开春，疫情期间），我们就有预感，它会成为医学生/临床医师首选技能提高课，诚意满满的3周马拉松式授课，第一期就收到了非常棒的评价，见：数据挖掘第一期学习反馈，一个季度过去了，第四期数据挖掘课程也顺利落幕，同样的有学员乐于跟大家分享她参加学习班的心得体会，我相信对你也会有所触动。 Continue reading →

九 15

数据挖掘学习笔记

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在数据挖掘课程研发的早期（2020开春，疫情期间），我们就有预感，它会成为医学生/临床医师首选技能提高课，诚意满满的3周马拉松式授课，第一期就收到了非常棒的评价，见：数据挖掘第一期学习反馈，一个季度过去了，第四期数据挖掘课程也顺利落幕，同样的有学员乐于跟大家分享她参加学习班的笔记和心得体会，如果你看完后觉得有必要，可以考虑一下我们生信技能树举办的最适合医学生/临床医师的数据挖掘课程，8月3号新的一期起航，希望有你！招生宣传见：数据挖掘学习班第5期（线上直播3周，马拉松式陪伴，带你入门），原价4800的数据挖掘全套课程， 疫情期间半价即可抢购。 Continue reading →