做梦吧你！

任何一个细节知识点的掌握如果背后是有四年本科的沉淀，学起来倒是很快，这也就是为什么我为给学生强调，学会一个R包跟“吃饭喝水”一样简单。 Continue reading →

看到一个研究，根据KIAA1429的表达量把TCGA数据库的乳腺癌患者分组后做生存分析，发现有统计学显著，描述如下：
Breast cancer patients were divided into low-KIAA1429 expression (n = 528) group and high-KIAA1429 expression (n=528) group. The high KIAA1429level correlated with poor survival rate. P = 0.003 Continue reading →

在《单细胞天地》交流群看到「百奥智汇」公司的官方宣传：

大家好，我们本期的云课堂的全部直播课程已经结束，下周起课程视频将移至百奥智汇官方公号（百奥智汇+）并设为付费内容，腾讯课堂内的免费视频将删除，请未来得及观看回放的老师和同学们于本周内尽快观看。
网页版地址为：<img class="wp-more-tag mce-wp-more" title="阅读更多…" src="data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAAAAAP///yH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAIBRAA7" alt="" data-wp-more="more" data-mce-resize="false" data-mce-placeholder="1" data-mce-src="data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAAAAAP///yH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAIBRAA7">https://ke.qq.com/webcourse/index.html#cid=2659531&term_id=102765779&lite=1&from=800021724。

我也就顺手转发到了朋友圈，其实这样删除录屏也好，是一个deadline促进生产力的绝佳例子，资源如果一直在那里，大家肯定会想着等有空了再看。

不知道还有多少人记得我前面宣传的:转录组公益课（含单细胞）(名额有限，先到先得)，你会发现这两个课程，背后站在同一个男人：单细胞天地的常驻小编周运来，超级优秀。

那么，灵魂拷问来了，你看完了吗？

我们宣传的:转录组公益课（含单细胞）(名额有限，先到先得)，全都是免费的！如果你是生信基础知识不扎实，其实给你再多免费的资料也没有用！如果大家没有时间自行慢慢摸索着学习，或者真的学的很痛苦，可以考虑我们生信技能树官方举办的学习班：

• 数据挖掘学习班第5期（线上直播3周，马拉松式陪伴，带你入门），原价4800的数据挖掘全套课程， 疫情期间半价即可抢购。
• 生信爆款入门-第7期（线上直播4周，马拉松式陪伴，带你入门），原价9600的生信入门全套课程，疫情期间3.3折即可抢购。
  

  如果你确实这段时间没有空

  但是却眼馋这些超级优秀的单细胞资源，想先收集保存下来，也有教程，见：下载腾讯课堂视频的黑科技，使用Video DownloadHelper插件自动识别网页中播放的视频地址，再用M3U8下载器。https://huajiakeji.com/software/2018-12/1683.html。就可以成功下载腾讯课堂的全部视频啦，自己慢慢看，配合上最棒的视频播放器potplayer（下载网址：https://daumpotplayer.com/download/），学习效果简直不要不要的。
  最后，其实还有万能的淘宝，你把这个链接发给淘宝对应的商家，十几块钱就帮你下载，嘻嘻！

  文末友情推荐

  要想真正入门生物信息学建议务必购买全套书籍，一点一滴攻克计算机基础知识，书单在：什么，生信入门全套书籍仅需160 。
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  如果你课题涉及到转录组，欢迎添加一对一客服：详见：你还在花三五万做一个单细胞转录组吗？
  号外：生信技能树知识整理实习生招募，长期招募，也可以简单参与软件测评笔记撰写，开启你的分享人生！另外：绝大部分生信技能树粉丝都没有机会加我微信，已经多次满了5000好友，所以我开通了一个微信好友，前100名添加我，仅需150元即可，3折优惠期机会不容错过哈。我的微信小号二维码在：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》

我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站，就看到了这两年来积累的“铺天盖地的”留言和私信，我已经在：免费视频课程《RNA-seq数据分析》交流群组建通知 列出来了。其它交流群见： Continue reading →

最近在朋友圈看到非常多的报喜，都是单细胞相关课题的顺利结束以及文章的发表，不知道是不是因为疫情隔离期间的大半年的辛勤耕耘的结果。三年前我创立《单细胞天地公众号》开始大力宣传单细胞技术的前景，伴随着10X仪器的流行单细胞转录组技术也走入“寻常百姓家”。所以收到了越来越多的单细胞数据处理方面的求助，我也顺理成章的推出了两个课程，目前免费共享在B站视频： Continue reading →

总是有粉丝问，都2020年了，公共数据库数据挖掘文章还能发吗？

这个问题怎么说呢，生命科学领域的数据挖掘课题的发表主要是靠工作量，很少有新颖或者前沿，无非就是替换癌症替换分子替换生物学功能基因集，我整理过大家耳熟能详的策略，有： Continue reading →

总有一些难关，需要帮助才能跨过去，一起来看看学员的真实反馈吧！

下面是第五期生信入门学员的分享 Continue reading →

通常大家提到转录组测序，指的是mRNA-seq，在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项：

• 去除rRNA
• 富集polyA

因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构，示意图如下： Continue reading →

前面我提到了使用自己的闲置服务器跑10x单细胞转录组上游流程（10x的cellranger count 流程）特别慢，可能是Windows的ubuntu子系统，而不是纯正的ubuntu这样的Linux？所以就干脆重新安装一个ubuntu双系统。见：参考基因组用错了单细胞转录组流程照样可以走通 Continue reading →

有一些杂志的附件真的很让人奔溃，每一个图表都是独立的文件，关键是我们的网页浏览器默认是打开而不是下载，所以要频繁的点击保存到本地电脑成为文件。

比如2020年7月的这个文章：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma ，直接拉到文末，就可以看到： Continue reading →

太多人问没有云服务器，其实就是说没有Linux操作系统，很多生物信息学软件用不起来。我们虽然在生信菜鸟团已经发布的：购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务 ，提到了可以每个月花几块钱购置一款《1核2G服务器》标准品，既可以练习Linux命令，也可以打搭建一个博客：五分钟搞定你的个人博客，还可以做图床，或者隧道。但毕竟配置太低了，1核2G的电脑现在商城里面其实都买不到了。 Continue reading →

但是，能走通流程，并不代表可以有好的生物学解释
前些天我发布了 cellranger更新到4啦，提到了可以免费做一下10X的单细胞转录组数据上游分析，反正刚刚购买的服务器闲着也是闲着。然后，马上就有粉丝寄给我一个2.4T硬盘，里面有24个10X单细胞转录组原始测序数据，真的是超级大，两个星期过去了，我还没有跑完。可能是自己的服务器有点辣鸡吧，或者说因为我使用的是Windows的ubuntu子系统，而不是纯正的ubuntu这样的Linux？ Continue reading →

最近在系统性总结类器官相关研究，发现2015发表在CELL杂志的-CRC-类器官研究里面居然还有单细胞数据，它不仅仅是类器官应用到肿瘤领域研究的早期代表作，而且也早于单细胞成为科研爆发热点期。 Continue reading →

我在生信技能树的教程：《你确定你的差异基因找对了吗？》提到过，必须要对你的转录水平的全局表达矩阵做好质量控制，最好是看到标准3张图： Continue reading →

太多人问到：自己想挖掘的癌症，虽然是在TCGA数据库有数据，但是normal（癌旁样品或者血液）太少了，做差异分析什么的， 会面临样本数量不平衡问题，是否可以纳入GTEx数据库的正常组织转录组测序数据。 Continue reading →

有学员提问：

请教老师，在分析一个芯片数据时候，遇到这个GPL16686平台，直接看平台信息里面的表格如图，找不到基因名，所以不知道该怎么办，ID转换就卡死了，后续的差异分析，火山图，热图等等都无从下手。 Continue reading →

如果我们要比较的两个vcf文件的参考基因组版本不一致，就需要使用CrossMap等软件进行参考基因组版本转换，然后使用 SnpSift 软件的 Concordance 命令比较它们。其中CrossMap软件依赖pyBigWig，使用conda进行安装，代码如下： Continue reading →

一般来说，数据分析的任何一个点都会有成百上千个实验室在为之努力，比如比对，定量，可变剪切，融合基因这些步骤，那么同时也会有很多工具测评的文章，比如针对融合基因的随便搜一下，就可以发现下面两个： Continue reading →

前些天在生信技能树的教程：这样拿差异基因集做肿瘤诊断模型不是明知故问吗，我抛出来了一个开放性问题，也是抨击了一下那个简陋的诊断模型，有粉丝“挑衅”我说如果那个诊断模型不好，有本事我自己发一个好的啊！我就呵呵了，我是否具备抨击某事物的资格并不需要我有能自己创造那个事物的为前提，建议他回去好好学习逻辑学。 Continue reading →

三元一次方程大家应该是不陌生的，形如 aX + bY + cZ = d 的就是，其中X,Y,Z是未知的变量，a,b,c,d 都是已知的常量，通常呢，需要至少3个没有线性关系的已知等式才能求唯一解。例如，已知： Continue reading →