十二 31

R语言的一些配色的R包

超多朋友咨询R语言可视化的配色问题,我也简单整理了一下,希望对大家有帮助!

首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处,其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。具体颜色可在(http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf)中查看,但是基本上用不上哈,知道有这个知识点就好了

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十二 31

GPL14877、GPL570、hgu133plus2.db 比较

最近因为课题需要,在分析数据集:GSE65212,我看了看平台是:GPL148777,写着 Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array [Brainarray Version 13, HGU133Plus2_Hs_ENTREZG],这不就是jimmy授课讲解的那个应用最广泛的芯片嘛,这次分析,妥妥的!!!如下:

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cytofWorkflow之人工注释生物学亚群(五)

前面我们公布了《cytof数据资源介绍(文末有交流群)》,现在就开始正式手把手教学。

上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleCellExperiment对象为准,大家务必熟悉SingleCellExperiment对象的各种结构,教程见:cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二)。有了这个SingleCellExperiment对象,而且经过了合理的质量控制,并且聚类分群了,就可以开始整理它亚群并且根据抗体信号强度值对不同亚群进行生物学注释。

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cytofWorkflow之聚类分群(四)

前面我们公布了《cytof数据资源介绍(文末有交流群)》,现在就开始正式手把手教学。

上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleCellExperiment对象为准,大家务必熟悉SingleCellExperiment对象的各种结构,教程见:cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二)。有了这个SingleCellExperiment对象,而且经过了合理的质量控制,接下来就可以进行聚类分群拉!

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cytof数据资源介绍

在单细胞大行其道的如今,也有不少课题组选择做cytof数据,全称是: Cytometry + Time Of Flight,是Fluidigm公司的产品,可以检测单个细胞的多个设定好的抗体的信号强度,这些抗体 对应的基因通常是目前科研界认识比较清晰的,可以用来分群的,而且该仪器可以一次性检测数十万单细胞,有点类似于靶向单细胞转录组测序。因为很多情况下,并不需要全部的基因的转录水平的信息。
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cytof数据处理难点之细胞亚群继续分群

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cytof数据处理难点之细胞数量平衡

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最适合ChIP-seq实战的文献推荐

我有一个 免费视频课程《ChIP-seq数据分析》 ,其视频观看方式: