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human已经被研究的snp竟然有一亿多个?

我在NCBI里面下载了一个dbsnp_142数据库文件,发现它居然有2.5G的大小,我感到很不可思议,毕竟人的基因组也就3G,就30亿的碱基嘛。研究过的突然竟然有110,917,213 ,高达一亿个!!!

谁能给我解释一下呢!

而且人只有十万多个蛋白,2.2万多个基因!

jmzeng@ubuntu:/home/jmzeng/hoston/diff/snp$ wc -l dbsnp_142_chrom_id_rs
110917213 dbsnp_142_chrom_id_rs
jmzeng@ubuntu:/home/jmzeng/hoston/diff/snp$ tail dbsnp_142_chrom_id_rs
MT    16429    rs150751410
MT    16443    rs371960162
MT    16456    rs142662828
MT    16482    rs386419986
MT    16497    rs376846509
MT    16512    rs373943637
MT    16519    rs3937033
MT    16526    rs386829315
MT    16527    rs386829316
MT    16529    rs370705831
jmzeng@ubuntu:/home/jmzeng/hoston/diff/snp$ head dbsnp_142_chrom_id_rs
1    10108    rs62651026
1    10109    rs376007522
1    10139    rs368469931
1    10144    rs144773400
1    10150    rs371194064
1    10177    rs201752861
1    10177    rs367896724
1    10180    rs201694901
1    10228    rs143255646
1    10228    rs200462216

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Vcf文件的突变ID号注释

VCF是1000genome计划定义的测序比对突变说明文件,熟悉VCF文件的都知道,第三列是ID号,也就是说对该突变在dbsnp的数据库的编号。大多时候都是用点号占位,代表不知道在dbsnp的数据库的编号,这时候就需要我们自己来注释了。

Vcf文件的突变ID号注释134

其实,这是一个非常简单的事情,因为有了CHROM和pos,只要找到一个文件,就可以自己写脚本来映射到它的ID号,但是找这个文件比较困难,我也是搜索了好久才找到的。

http://varianttools.sourceforge.net/Annotation/DbSNP

这里面提到了最新版的数据库是dbSNP138

The default version of our dbSNP annotation is currently referring to dbSNP138 (using hg19 coordinates) as shown below. However, users can also retrieve older versions of dbSNP: db135, dbSNP129, dbSNP130, dbSNP131 and dbSNP132. The 129 and 130 versions use hg18 as a reference genome and 131, 132, 135 and later use hg19. The archived versions can be used by a variant tools project by referring to their specific names - for example: dbSNP-hg18_129.

所以我就换了关键词,终于搜的了

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_summary.cgi?view+summary=view+summary&build_id=138

http://asia.ensembl.org/info/genome/variation/sources_documentation.html?redirect=no

SNP 138 database (232,952,851 million altogether).

Vcf文件的突变ID号注释1276

有一个bioconductor包是专门来做snp过滤的

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/VariantAnnotation.html

首先下载vcf文件。

nohup wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/VCF/00-All.vcf.gz &

这个文件很大,解压开是

如果大家对snp不了解,可以去查看它的各种介绍以及分类

http://moma.ki.au.dk/genome-mirror/cgi-bin/hgTrackUi?db=hg19&g=snp138

 

其实我这里本来有个hg19_snp141.txt文件,如下

1 10020 A - .

1 10108 C T .

1 10109 A T .

1 10139 A T .

1 10145 A - .

1 10147 C - .

1 10150 C T .

1 10177 A C .

1 10180 T C .

1 10229 A - .

 

还可以下载一些文件,如bed_chr_1.bed

chr1 175292542 175292543 rs171 0 -

chr1 20542967 20542968 rs242 0 +

chr1 6100897 6100898 rs538 0 -

chr1 93151988 93151989 rs546 0 +

chr1 15220328 15220329 rs549 0 +

chr1 203744004 203744005 rs568 0 +

chr1 23854550 23854551 rs665 0 -

chr1 53213656 53213657 rs672 0 +

chr1 173907422 173907423 rs677 0 -

当然还有那个ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/VCF/00-All.vcf.gz  18G的文件,是VCF格式

##fileformat=VCFv4.0

##fileDate=20150218

##source=dbSNP

##dbSNP_BUILD_ID=142

##reference=GRCh38

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO

1       10108   rs62651026      C       T       .       .       RS=62651026;RSPOS=10108;dbSNPBuildID=129;SSR=0;SAO=0;VP=0x050000020005000002000100;WGT=1;VC=SNV;R5;ASP

所以这个文件就是我们想要的最佳文件,提取前三列就够啦

#CHROM  POS     ID

1 10108 rs62651026

1 10109 rs376007522

1 10139 rs368469931

1 10144 rs144773400

1 10150 rs371194064

1 10177 rs201752861

1 10177 rs367896724

1 10180 rs201694901

1 10228 rs143255646

1 10228 rs200462216

这样就可以通过脚本用hash把我们自己找到的hash跟数据库的rs编号对应起来啦

 

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用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

本来还没这么快写进化专题的,但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件,看看能否生成树,我就试用了一下phyml这个软件,挺简单的。

一、下载并安装该软件

这是一个很简单的软件,我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦,官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序,我这里用linux64的。

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip

unzip PhyML-3.1.zip

构建进化树phyml241

二.准备文件

它需要的phy格式的多重比对结果文件,一般是clustalW或者muscle比对的结果

构建进化树phyml294

可以看到是53个蛋白,多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。

三.命令

./PhyML-3.1_linux64   -i test.phy  -d aa   -b 1000   -m LG   -f m -v e -a e -o tlr

这些参数在运行的时候都会显示出来

构建进化树phyml434

具体解释见博客 http://www.chenlianfu.com/?p=2221

 

四,输出文件

这个时间会很久,大家有心里准备!!!总共会输出四个文件,

test.phy_phyml_tree.txt        :    最大似然法构建的进化树

test.phy_phyml_boot_stats.txt  :    bootstrap 的统计信息

test.phy_phyml_boot_trees.txt  :    bootstrap 树

test.phy_phyml_stats.txt       :    程序运行的中的参数和结果统计

 

然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt  就可以用figtree等软件画图啦!!!

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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查找某个基因上面的snp位点

进入网页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

image001

其实就是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp 这个网页

image003

可以看到这个基因上面发表的snp非常多,共有14893个。

每个突变的各种信息都很完全,比如第一个snp位点, 它的ID是rs12516,在BRCA1基因上面。是17号染色体的43044391的碱基突变,在refseq数据库里面显示有两个NG,一个NC,还有五个NM都突变了,还有一堆XM就无所谓啦。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs=12516

image005

而且是有文献支持的,在1000genomes计划里面也有发表。而且是hg19和hg38里面是不同的坐标!

发表它的文献是 Associations between single nucleotide polymorphisms in double-stranded DNA repair pathway genes and familial breast cancer.

 

 

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一步一步运行软件系列合集

这些是很久以前写的一些教程,是关于进化树构建和全基因组关联分析的!

gwas-plink分析教程.pdf
plink的统计基础.ppt
一步一步构建系统进化树.pdf
一步一步运行blast.pdf
一步一步运行inparanoid蛋白聚类.pdf
一步一步运行PLINK-part1.pdf
一步一步运行plink-part2.pdf
用PhyML构建系统发育树.pptx
进化树的构建分子原理.pdf

都在云盘(http://pan.baidu.com/s/1jIvwRD8 )里面,群空间(201161227)里面也有!

暂时应该不会写这些教程了,因为没有项目,实在没有动力去做那么多事情

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对snp进行注释并格式化输出

前面我已经讲了如何用annovar来把vcf格式的snp进行注释,注释之后大概是这样的,每个snp位点的坐标,已经在哪个基因上面,都标的很清楚啦,。而且该突变是在哪个基因的哪个转录本的哪个外显子都一清二楚,更强大的是,还能显示是第几个碱基突变成第几个,同样氨基酸的突变情况也很清楚。

对snp进行注释并格式化输出157

但是这样不是很方便浏览具体突变情况,所以我写了一个脚本格式化该突变情况。

对snp进行注释并格式化输出196

理论上是应该要做出上面这个样子,突变氨基酸前后各12个氨基酸都显示出来,突变的那个还要标红色突出显示!但是颜色控制很麻烦,我就没有做。效果如下

对snp进行注释并格式化输出270

实现这样的格式化输出有三个重点,首先是NM开头的refseq的ID号要转换为ensembl数据库的转录本ID号,还有找到该转录本的CDS序列,这个都需要在biomart里面转换,或者自己写脚本,然后就用脚本爬取即可!

代码如下

[perl]

open FH1,"NM2ensembl.txt";

while(<FH1>){

chomp;

@F=split;

$hash_nm_enst{$F[4]}=$F[1] if $F[4];

}

open FH2,"ENST.CDS.fa";

while($line=<FH2>){

chomp $line;

if ($line=~/>/) {$key = (split /\|/,$line)[1];}

else {$hash_nucl{$key}.=$line;}

}

open FH3,"ENST.protein";

while($line=<FH3>){

chomp $line;

if ($line=~/>/) {$key = (split /\|/,$line)[1];}

else {$hash_prot{$key}.=$line;}

}

open FH4,"raw.mutiple.txt";

$i=1;

while(<FH4>){

chomp;

@F=split;

@tmp=split/:/,$F[1];

/:exon(\d+):/;$exon=$1;

/(NM_\d+)/; $nm=$1;

$enst=$hash_nm_enst{$nm};

print "$i.  $tmp[0] $F[0] the $exon -th exon(s) of $enst \n";

$i++;

$tmp[3]=~/(\d+)/;$num_nucl=$1;

$tmp[3]=~/>([ATCG])/;$mutation_nucl=$1;

$tmp[4]=~/(\d+)/;$num_prot=$1;

$sequence=$hash_nucl{$enst};

$num_up=3*$num_prot-39;

$out_nucl=substr($sequence,$num_up,75);

print "WT:$out_nucl\n  ";

for(my $j=0; $j < (length($out_nucl) - 2) ; $j += 3)

{print ' ';print $codon{substr($out_nucl,$j,3)} ;print ' ';}   

print "\n";

$mutation_pos=$num_nucl-$num_up-1;

substr($out_nucl,$mutation_pos,1,$mutation_nucl) if ((length $out_nucl) == 75 );

print "MU:$out_nucl\n  ";

for(my $j=0; $j < (length($out_nucl) - 2) ; $j += 3)

{print ' ';print $codon{substr($out_nucl,$j,3)} ;print ' ';}   

print "\n";

print "\n";

print "\n";

}

[/perl]

02

重复序列屏蔽第二讲-用repeatscount来构建重复序列文库

该软件主页 http://bix.ucsd.edu/repeatscout/

wget http://bix.ucsd.edu/repeatscout/RepeatScout-1.0.5.tar.gz

解压进入目录,make即可

对于草莓这个215M的基因组来说,还是蛮快的!

第一步:用build_lmer_table命令把整个基因组生成一个频率表格,把所有有过重复的kmer都找出来。

/opt/RepeatScount/build_lmer_table -l 14 -sequence strawberry.fa -freq strawberry.freq

第二步:用 RepeatScout 这个命令根据生成的频率表格和基因组序列产生一个包含有所有的能找到的重复元件的文件。

RepeatScout -sequence strawberry.fa -freq strawberry.freq -l 14 -output strawberry_repeat

第三步:用filter-stage-1.prl这个脚本过滤掉低复杂度和串联重复元件。

 

貌似得到的文件为空,难道是全部过滤掉了???

第四步:需要借用repeatmasker来把这个得到repeat文件当作文库运行生成一个out文件

这个软件的参数其实蛮多的,我只是简单介绍了一些,关于它参数的调试,在我网盘里面还有更具体的文档说明,就不列了!

 

01

重复序列屏蔽第一讲RepeatMasker的一些参数调试

这是很久以前的一篇文章,我先贴出来给大家看看,然后讲一个实例

一:RepeatMasker的一些参数运行结果比较

从ncbi随便下载的zebrafish的一条sequence.fasta

不加上任何参数跑出来结果是 RepeatMasker   sequence.fasta

repeat-masker参数摸索138

加上物种的参数之后跑出来是: RepeatMasker -species Danio  sequence.fasta

效果里面出来了,之前得到的重复序列不到10%,这次可以达到70%以上,所以必须得选好对应的物种,这样才不会错过那么多要找的重复序列

repeat-masker参数摸索267

repeat-masker参数摸索269

再加上-low这个参数是 RepeatMasker -species Danio -low  sequence.fasta

感觉没有改变多少,就少了几个

repeat-masker参数摸索349 repeat-masker参数摸索351

比较-div参数:RepeatMasker -species Danio  sequence.fasta

RepeatMasker -species Danio -div 10  sequence.fasta

repeat-masker参数摸索459

而加上-div 10之后

repeat-masker参数摸索475

第二列小于10%的全部被剔除掉了

输出参数,本来应该是用N把重复区域屏蔽掉的

repeat-masker参数摸索518

但是如果加上参数-x,原来输出是N的地方就都变成了X,感觉这个参数没啥子意义。

repeat-masker参数摸索560

还有一些类似的参数,意义也不大,加上-xsmall,就是把重复区域用小写字母,不再需要N来掩盖了

repeat-masker参数摸索613

如果加上-a这个参数,就多了一个文件

repeat-masker参数摸索637

查看可知其内容是

repeat-masker参数摸索648

The  alignments are in the cross_match/SWAT format, in which mismatches rather than matches are indicated: transitions

with an i and  transversions with a v. Note it exists some differences between the  alignment file and the map fi le.

The map fi le is produced by  ProcessRepeats that the main task is to defragment the original  map file and the alignment fi le is created from the original map fi le:  the difference between them comes from the defragmented hits.
如果加上-poly,也会多出一个文件

repeat-masker参数摸索1139

查看,可知其单独列出了微卫星的表格

repeat-masker参数摸索1159

The ‘-xm’, ‘-ace,’ and ‘-gff ’ options create an additional out put file in cross match, ACeDB, and Gene Feature Finding format  respectively.这几个参数都是为了生成适合其它处理的文件。

另外针对大文件的操作,可能需要-pa来设置运行速度,或者-s,-q,-qq

 

二:生成的文件的解释

会输出这些文件

repeat-masker参数摸索1387

1,。Out类文件

repeat-masker参数摸索1399

SW score 根据Smith-Waterman算法比对的分值 2555
Div% 比上区间与共有序列相比的替代率 5.7
Del% 在查询序列中碱基缺失的百分率(删除碱基) 0.0
Ins% 在repeat库序列中碱基缺失的百分率(插入碱基)  0.0
Query sequence 输入的待屏蔽重复的序列 gi|211853417|emb|CU633477.14|
Position begin 373
Position end  690
Query left 在查询序列中超出比上区域的碱基数

+= 比上了库中重复序列的正义链,如果是互补连用“c”表示

(50140)
Matching repeat 比上的重复序列的名称 C DNA13TA1a_DR
Repeat family(class) 比上的重复序列的类型   DNA/TcMar-Tc1
Position begin
Position end
Query left 比对区域距重复序列左端的碱基数
比对的顺序ID

3.cat文件基本类似于。Out文件
3。。Tbl类文件

repeat-masker参数摸索1917 repeat-masker参数摸索1919
4.masked文件,就是找到的重复序列被N给代替了,或者用参数改变代替形式

polyout文件。就是单独列出了微卫星表格

Align文件,其实就是把之前的。Out文件的每一行记录单独拿出来再进行表格化解释

repeat-masker参数摸索2027

把373到690的核苷酸序列列出来,说明这个DNA13TA1a_DR 重复具体的意义

但是没看懂这个i,v是什么意思

 

结果比较

从ncbi随便下载的zebrafish的一条sequence.fasta

不加上任何参数跑出来结果是 RepeatMasker   sequence.fasta

 

加上物种的参数之后跑出来是: RepeatMasker -species Danio  sequence.fasta

效果里面出来了,之前得到的重复序列不到10%,这次可以达到70%以上,所以必须得选好对应的物种,这样才不会错过那么多要找的重复序列

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Perl及R及python模块碎碎念

老实说,模块其实是一个很讨厌的东西,但是它也实实在在的节省了我们很多时间,也符合我的理念:避免重复造轮子!此教程可能过期了,请直接看最新版(perl模块安装大全)

1,perl的那些模块

如果有root权限,用root权限

进入cpan然后install ExtUtils::Installed模块

这样就可以执行instmodsh这个脚本了,可以查看当前环境下所有的模块 Continue reading

01

R的包(package)

关于R语言包的一些操作,挺重要的!!!

R的包(package)通常有两种:
1 binary package:这种包属于即得即用型(ready-to-use),但是依赖与平台,即Win和Linux平台下不同。
2 Source package: 此类包可以跨平台使用,但用之前需要处理或者编译(compiled)。

以下一些常用的包相关的函数:
.libPaths():查看包的安装目录

ls('package:ggplot2')可以查看该包里面所有的函数
library():查看已经安装的包目录
library(mypackage):载入mypackage包

getOption("defaultPackages"):查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage'):查看‘mypackage’的帮助
args(function):查看函数的参数
example(function):自动运行该函数帮助文档中的例子,很赞!
demo("package"):展示一些包中demostration,需要再看下??
vignette('mypackage'):有的包,特别是bioconductor的包有vignette,用函数查看
openVignette('mypackage'):这个函数也可以查看vignette,更好用一些
RSiteSearch("helpinfor"):搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start():查看已经安装包的详细HTML文档,这个命令非常爽
更新:
search():查看当前载入的包

sessionInfo():查看R中载入的包
methods():查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法(S3:S version 3)

showMethods(class = "myClass"):查看S4类的方法

findMethods("myMethods"):查看method的代码

class(myObject):查看某个对象的类
getClass(“class/package”):查看某个class或者包的具体内容

getSlots("class"):查看某个class的slot

slotNames(MyObject):查看某个对象的slot。

可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值,这个@设计实在是太爽了,可以连续用。
查询包内信息:1. ?function/method:查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
2. class?graph::graph:查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候,查看其中class的信息,输入??graph后出现一个graph::graph-class
ls("package:mypackage"):查看"mypackage"中的所有对象。

安装source package方法

1 在终端输入 # R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法,需要解决包依赖问题,即安装此包所依赖的包,安装过程有提示

2 也可以使用R的install.packages()函数安装
回答:可以使用install.packages()函数安装,而且比较简便,即联网即可装,装了就可用。
# R
> install.packages('mypackage')

回答2:可以使用install.packages()安装本地下载的包,尤其适用于在服务器上安装包

$ R

> install.packages( c("XML_0.99-5.tar.gz", "http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))
3 Bioconductor的安装方法
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("mypackage")

 

4 卸载package

remove.packages("mypackage")

 

5 查看R及其package的version

R version: version 或者 R.version

R package version:

 

6 更新包

update.packages( )  可以定期执行以下

 

7 使用别人安装的包

修改.bashrc文件,添加环境变量R的lib路径

export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library

R中用.libPaths()函数查看lib路径,如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下

 

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ubuntu服务器解决方案第十讲–虚拟机屏幕及联网设置

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

很多人可能并没有自己的服务器,那么就只能通过虚拟机来试试ubuntu啦

我想起来我以前玩虚拟机的时候遇到过一些困难,记录了一些,分享给大家, Continue reading

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ubuntu服务器解决方案第九讲-mysql和apache的安装

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

很多时候大家的服务器可能并不是想联网,只是想玩一下,或者只是因为生信的某些软件要求数据库,所以大家可能会单独安装mysql,或者想学习perl的CGI模块,需要apache。

ubuntu上安装mysql

非常简单只需要几条命令就可以完成。

1. sudo apt-get install mysql-server

2. sudo apt-get install mysql-client

3.  sudo apt-get install libmysqlclient-dev

安装过程中会提示设置密码什么的,注意设置了不要忘了,安装完成之后可以使用如下命令来检查是否安装成功:

sudo netstat -tap | grep mysql

通过上述命令检查之后,如果看到有mysql 的socket处于 listen 状态则表示安装成功。

登陆mysql数据库可以通过如下命令:

mysql -u root -p

-u 表示选择登陆的用户名, -p 表示登陆的用户密码,上面命令输入之后会提示输入密码,此时输入密码就可以登录到mysql。

Ubuntu上安装Apache

Ubuntu上安装Apache,有两种方式:1 使用开发包的打包服务,例如使用apt-get命令;2 从源码构建Apache。本文章将详细描述这两种不同的安装方式。

方法一:使用开发包的打包服务——apt-get

安装apache,在命令行终端中输入一下命令:

$ sudo apt-get install apache2

安装完成后,重启apache服务,在命令行终端中输入一下命令:

$ sudo /etc/init.d/apache2 restart

可能会出现的问题1: NameVirtualHost *:80 has no VirtualHosts,

出现上述问题的原因:定义了多个NameVirtualHost,故将/etc/apache2/ports.conf中的NameVirtualHost *:80注释掉即可。

可能会出现的问题2: Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.1.1 for ServerName

原因:

根据提示,无法可靠的确定服务器的有效域名,使用127.0.1.1作为服务器域名。应此,在下面的测试中,应该使用127.0.1.1,而不是127.0.0.1!

解决:

$ vim /etc/apache2/httpd.conf,在文件中添加:

ServerName localhost:80,再次重启apache2,就可以使用127.0.0.1来访问web服务器啦!

测试:

在浏览器里输入http://localhost或者是http://127.0.0.1,如果看到了It works!,那就说明Apache就成功的安装了,Apache的默认安装,会在/var下建立一个名为www的目录,这个就是Web目录了,所有要能 过浏览器访问的Web文件都要放到这个目录里。

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ubuntu服务器解决方案第八讲–网络服务器配置lamp

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

主流的网络服务器配置就是linux+apache+mysql+php咯,简称LAMP

在ubuntu系统里面安装这个是非常easy的

sudo apt-get install apache2 mysql-server mysql-client php5 php5-gd php5-mysql Continue reading

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ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块

此教程可能过期了,请直接看最新版(perl模块安装大全)

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

前面我简单写了一个perl的cpan安装模块,但是前些天突然发现有些perl模块在cpan里面找不到,所以又总结了一下不同的perl模块安装方法。 Continue reading

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ubuntu服务器解决方案第六讲-添加环境变量

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

在我的第一讲里面,对JAVA的安装,其实就需要添加环境变量,大家可以回头看看!

添加PATH环境变量,第1种方法:

[root@lx_web_s1 ~]# export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH

再次查看:

[root@lx_web_s1 ~]# echo $PATH

/usr/local/webserver/mysql/bin:/usr/local/webserver/mysql/bin/:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

说明添加PATH成功。

上述方法的PATH 在终端关闭 后就会消失。所以还是建议通过编辑/etc/profile来改PATH,也可以修改家目录下的.bashrc(即:~/.bashrc)。

第2种方法:需要管理员权限。

# vim /etc/profile

在最后,添加:

export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"

保存,退出,然后运行:

#source /etc/profile,不报错则成功。

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ubuntu服务器解决方案第五讲-配置ssh供远程登录

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ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

同样,这个ssh也非常简单

sudo apt-get install openssh-server

SSH分客户端openssh-client和openssh-server

如果你只是想登陆别的机器的SSH只需要安装openssh-client(ubuntu有默认安装,如果没有则sudo

apt-get install openssh-client),如果要使本机开放SSH服务就需要安装openssh-server

sudo apt-get install openssh-server

然后确认sshserver是否启动了:

ps -e |grep ssh

如果看到sshd那说明ssh-server已经启动了。

如果没有则可以这样启动:sudo /etc/init.d/ssh start 或者 service ssh start

ssh-server配置文件位于/etc/ssh/sshd_config,在这里可以定义SSH的服务端口,默认端口是22,你可以自己定义成其他端口号,如222。

然后重启SSH服务:

sudo

/etc/init.d/ssh stop

sudo /etc/init.d/ssh start

然后使用以下方式登陆SSH:

ssh username@192.168.1.112 username为192.168.1.112 机器上的用户,需要输入密码。

我给七八个虚拟机都配置成功了,但是呢,偏偏别人的一个我始终不能解决,感觉linux里面的学问还是蛮多的

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ubuntu服务器解决方案第四讲-输入法-中文

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

这个主要是针对有界面的服务器来说的,不是我们通常意义的ssh登陆,一般ssh登陆的可以把中文复制张贴进去即可。

Ubuntu上的输入法主要有小小输入平台(支持拼音/二笔/五笔等),Fcitx,Ibus,Scim等。其中Scim和Ibus是输入法框架。

在Ubuntu的中文系统中自带了中文输入法,通过Ctrl+Space可切换中英文输入法。这里我们主要说下Ubuntu英文系统中,中文输入法的安装。

安装输入法的第一步,是安装语言包。我们选择System Settings-->Language Support-->Install/Remove Languages,这里面可以选择简体中文

输入密码后,系统会安装简体中文语言包。

第二步,安装完毕后切换到终端,安装IBus框架,在终端输入以下命令:

sudo apt-get install ibus ibus-clutter ibus-gtk ibus-gtk3 ibus-qt4

启动IBus框架,在终端输入:

im-switch -s ibus

安装完IBus框架后注销系统,保证更改立即生效。

第三步:安装拼音引擎

有下面几种常用选择:

IBus拼音:sudo apt-get install ibus-pinyin

IBUS五笔:sudo apt-get install ibus-table-wubi

谷歌拼音输入法:sudo apt-get install ibus-googlepinyin

Sun拼音输入法:sudo apt-get install ibus-sunpinyin

第四步:设置IBus框架

终端输入ibus-setup 此时,IBus Preference设置被打开。我们在Input Method选项卡中,选择自己喜欢的输入方式,并配置自己喜欢的快捷键即可。

第五步:通常情况下,IBus图标(一个小键盘)会出现在桌面右上角的任务栏中。有时候这个图标会自行消失,可使用以下命令,找回消失的IBus图标:

ibus-daemon –drx

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ubuntu服务器解决方案第三讲-perl最新版的安装

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ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

理论上perl是不需要更新,但是我就不巧碰到了这个情况,所以也记录一下

linux下升级系统默认安装的perl版本,不建议先rm

先下载tar.gz ...然後手动安装..default 安装到/usr/local/目录下..

然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl

下载方式不用说了吧,各显神通,笔者习惯用wget.

所以wget[url]http://www.cpan.org/src/perl-5.10.0.tar.gz[/url] .现在最新是5.20

下载完以后解压安装

#tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz

#cd perl-5.10.0

#./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl

参数-Dprefix指定安装目录为/usr/local/perl

#make

#make test

#make install

如果这个过程没有错误的话,那么恭喜你安装完成了.是不是很简单?

接下来替换系统原有的perl,有最新的了咱就用嘛.

#mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak

#ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl

#perl –v

然后就可以了用它来安装一些其它你需要的perl模块了

#perl -MCPAN-e shell

第一次执行的话,会提示安装cpan并要求连接网络下载最新的模块列表.然后就可以安装东西了

cpan[1]> install DBI

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ubuntu服务器解决方案第二讲-R程序包最新版的安装

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的,所以记录了一下,给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。
首先,如果你的服务器里面有旧的R,那么删除Linux Ubuntu系统中原有的R软件包,代码如下:
sudo apt-get autoremove r-base-core # 删除系统中原有的R软件包
接下来,随便找到一个Ubuntu的软件源镜像
(http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/ )
因为看我教程的大部分在国内,所以我拿北京大学举例子。
 当然,厦门大学也很赞,http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/xenial/  不过,版本代号一定药搞清楚哦。
PS(2017/12/20, 没想到随便找到来一个,就挂掉了,唉:

厦门大学不再提供R语言镜像

)

Linux Ubuntu 12.04对应的名字是 precise,
ubuntu14.04,那么就应该是 trusty
ubuntu15.04 ,其代号为 vivid
Ubuntu 16.04 LTS,代号为Xenial Xerus(非洲的一种地松鼠),于UTC时间2016年4月21日正式发布。
比如我的Ubuntu 12.04就需要进入到 precise/目录,找到r-base-core相关的文件,发现有多个R的版本。
把这个软件源,增加到apt的sources.list文件中,代码如下:
deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu precise/
其余的ubuntu版本类似即可:
在/etc/apt/sources.list文件最下面,新加一行
~ sudo apt-get update # 更新源
~ sudo apt-get install r-base-core # 再次安装R语言软件包
~ R –version # 检查R的版本
这时我们就安装了最新的R语言版本—3.0.3版。
require(ggplot2)
Loading required package: ggplot2
Failed with error: ‘package ‘ggplot2’ was built before R 3.0.0: please re-install it’
这个失败原因是怎么回事?R 3.0.0 的问题吗?怎么解决?
R 2.x 升级 3.x 需要重新(编译)安装所有包:
update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)
当然如果你不是在R里面用install.package来安装包的话
你还需要
sudo apt-get install r-base-dev
这样你才能从源代码编译R的包
但是如果你导入的R源被你的服务器拒绝,你就惨了
The following signatures couldn't be verified because the public key is not
以下签名不能因为公钥未验证
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ubuntu服务器解决方案第一讲-java安装

ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器,没有之一,因为它有apt-get。

1、JDK官网上http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择:

但是,如果你的服务器是64位的,请不要选择i586,选择你自己的机器对应的!

2、将打开终端,建立目录:

Sudo mkdir /usr/lib/java

3、将下载的 jdk-7u3-linux-i586.tar.gz移到这个文件夹下面并进行解压,改名字:

sudo mv jdk-7u3-linux-i586.tar.gz /usr/lib/java

sudo tar –xvf jdk-7u3-linux-i586.tar.gz

mv jdk1.7.0_03java-7-sun

4、修改环境变量:

在终端输入:vim /etc/profile

然后添加以下代码:

export JAVA_HOME=/usr/lib/java/jdk1.8.0_25

export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre

export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib

export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH

保存之后,再运行下面命令更新电脑的配置文件

source /etc/profile  这个千万要记得!!!!

5、在终端中输入 java –version,显示:

jeydragon@jeydragon-VirtualBox:~$ java -version

java version "1.7.0_03"

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_03-b04)

Java HotSpot(TM) Client VM (build 22.1-b02, mixed mode)

表示安装成功