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单细胞转录组研究的同时也可以加上传统bulk转录组

在朋友圈刷到了这个文章,2020年1月4日,中国医学科学院北京协和医学院朱兰及中国科学院北京基因组研究所杨运桂共同通讯在Nature Communications 在线发表题为“Single-cell transcriptome profiling of the vaginal wall in women with severe anterior vaginal prolapse”的研究论文,链接是:https://www.nature.com/articles/s41467-020-20358-y Continue reading

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基因集的转录因子富集分析

一般来说,大家拿到了感兴趣的基因集后,通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库,比如KEGG或者GO数据库,或者走gsea/gsva这样的富集分析,也是注释生物学功能数据库。 大家读我的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文应该是够多了: Continue reading

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今天讨论新冠病毒明天讨论单细胞

在朋友圈看到了一个2020年6月发表在Nature Medicine的单细胞TCR测序结合单细胞测序,研究新冠病人免疫图谱的文章,蛮有意思的。作者用单细胞转录组测序技术对不同程度的新冠患者(3例中度感染患者、6例重度感染患者)和健康对照组(3例)的支气管肺泡灌洗液(BALF)免疫细胞进行了鉴定。最后获得31个不同的cluster,比如,巨噬细胞,中性粒细胞、髓样树突状细胞、浆状树突细胞、NK细胞、血浆细胞、上皮细胞、T细胞、B细胞等。比较了健康人、中毒感染患者、重度感染患者的细胞数目差异以及差异表达基因,分析新冠肺炎患者肺泡灌洗液中的免疫图谱。 Continue reading