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什么时候细胞周期的分类作用大于细胞类型呢

众所周知,在肿瘤单细胞数据里面,对恶性细胞来说,病人的分类作用是远大于细胞类型的,不过其实肿瘤恶性细胞也说不出什么确切的细胞类型,目前仅仅是根据TCGA的bulk转录组数据进行分子分型。但是对免疫细胞或者其它并不恶性的单细胞来说呢,细胞类型的作用是远大于病人的个体异质性的。如下所示: Continue reading

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新的ngs流程该如何学习(以CUT&Tag 数据处理为例子)

NGS流程层出不穷,哪怕是以我持续7年累积写作1.3万篇教程的高产来说,也没办法囊括全部的知识点。但是只需要学到了我的知识整理方法,对一个入门级别工程师来说,摸索新流程其实并不难!这里,我们以CUT&Tag 数据处理为例子,因为今早起来我在朋友圈看到了“二货潜”的分享,非常认真的一个小伙伴,他给CUT&Tag 数据处理写了一个手把手教程,没有遇到应有的读者,值得大力推荐: Continue reading

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并不一定要单细胞转录组才能看肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例

我注意到绝大部分肿瘤相关的单细胞转录组研究的落脚点都是在肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例,包括 B细胞,T细胞,巨噬细胞,树突细胞等等,而且这些细胞亚群都是可以继续细分。但实际上在没有单细胞转录组数据这个技术之前,也是可以探测肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例的,比如流式细胞仪。但是我查了一下,发现这个仪器还蛮贵的,比如一个招标信息《上海交通大学流式细胞分选仪,200万》: Continue reading