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2018年4月Immunity杂志上发表了文章The Immune Landscape of Cancer ,由34个单位共同合作完成。文章对TCGA中33种癌症,超过10,000个肿瘤样本进行了免疫原性分析,将所有肿瘤分成6种免疫亚型,即: Continue reading
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2018年4月Immunity杂志上发表了文章The Immune Landscape of Cancer ,由34个单位共同合作完成。文章对TCGA中33种癌症,超过10,000个肿瘤样本进行了免疫原性分析,将所有肿瘤分成6种免疫亚型,即: Continue reading
好奇怪哦,我们前面的 lncRNA-seq数据分析之新lncRNA鉴定和注释视频课程众筹 ,感兴趣的人似乎不多额,免费的啊,既然感兴趣人不多,这个视频课程就取消免费了哈!那个群大家仍然是可以进入,拿资料和代码,视频我就不录制了,感兴趣的人不多,我搞自媒体图的就是一个名声,没有人看,我浪费时间干嘛! Continue reading
多事之秋啊!
最近发现GitHub的一些pdf资料在网页浏览器无法打开,没有多想,以为是正常的墙。看到单细胞天地微信群聊有人提到了Github pages可能遭遇中间人攻击。中国 IP 访问会显示一个无效的证书,域名所有者使用了一个腾讯的邮箱“346608453@qq.com”,Github 显然不可能会用腾讯邮箱。使用境外 IP 访问则返回了 DigiCert 签发的有效证书,使用的名字都是 GitHub。目前不清楚中间人攻击范围有多大。 Continue reading
最近还是大量粉丝留言表示自己因为疫情困在家里,想做数据挖掘混个本科毕业论文,但是看完我的GEO数据挖掘视频后,想下载个数据集,就被卡死了,实在是巧妇难为无米之炊!
这个不怪大家,我给大家的GEO数据挖掘视频其实录制很早了,那个时候还没有写:GEO数据库中国区镜像 Continue reading
早在3年前我就分享过:EMBL-EBI 持续十年提供免费的生物信息学培训,实际上当时仅仅是浏览了前面几个,错误的抽样调查得到错误的结论,并不是全部免费,他们机构提供一系列收费培训。包括小众的蛋白质组学和代谢组学。 Continue reading
生意这样的商业活动,理论上可以激励创造,让参与交易的双方都受益,才有可能持续。比如你不可能花费半年时间去系统性学习R语言和Linux操作,处理fastq的单细胞测序数据,做统计可视化图表,就为了一辈子的一个项目。所以理论上你的最优解决方案是委托专业的生信工程师,比如我们就在单细胞天地发布过:[单细胞转录组下游分析这样报价合理吗?] Continue reading
昨天我在生信技能树发布了一个学徒作业:在CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵 , 真的是非常简单,只需要下载CCLE数据库的RNA-seq表达矩阵,然后在R里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵即可。所以今天就有学徒完成了,作业发在生信菜鸟团,见:[学徒带你一步步从CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵进行热图可视化] Continue reading
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看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B Cells in Chemotherapy-Induced Immunity. (PMID:32142650,DOI:10.1016/j.cell.2020.02.015) ,我没有细看,注意到附件有一个图表很有趣: Continue reading
最近给学员新购置一台练习使用的云服务器,在上面测试我们的lncRNA-seq流程的时候,发现一个很有趣的现象。就是使用conda,如下所示创建LncRNA-seq的实战软件环境 Continue reading
最近看到很多人讨论基于nextflow的nf-core,里面存储了几十种NGS组学数据分析流程哦,而且文章发表在NBT。最早应该是生信技能树的学习大使《二货潜》发在朋友圈的,他同时也推荐了 加拿大生物信息学研讨会资源宝藏 。然后我看到生信技能树的宝藏男孩《唐医生》在 [菜鸟团一周文献推荐(No.50)] Continue reading
我们生信技能树联盟的关注粉丝已经有十多万了,作为创始人的我非常开心看到这么多人认可我们生信技能树的努力,通过我们的教程提升了自己。虽然,绝大部分粉丝都已经跨越了这个入门阶段,但还是希望你花时间看完这个活动,推荐给有需求的朋友。 Continue reading
刚才b站提醒我可以参加他们的《新星计划·垂直赛道寻找各品类5万粉以下的优质UP主》,原来我一直引以为傲的10万加视频播放量在b站连个星都算不上,O(∩_∩)O哈哈~ Continue reading
单细胞水平的研究无疑是近些年(2018-2022)的科研热点,但是科研热点大家都明白,早期不投资的话那些低垂的果实就没有你的份。投资晚了,热点技术就会常规化,到时候还是比拼科研想法了。
昨天学徒推荐了一本书:《高通量测序技术在肺癌领域的应用》,觉得讲NGS应用实例挺好的,强烈要求我推荐给所有生信技能树的粉丝!
而且在微信读书APP里面可以免费浏览:https://weread.qq.com/web/reader/4df323307193c1ec4df6715 Continue reading
今天在群里看到一个提问,很有趣,好像是有一个网页工具可以把fastq格式转为phylip格式。我虽然没有使用过这个软件,但是我觉得这个提问,可能是忽略了计算过程,直接说结果。应该是问题本身就错误的。 Continue reading
前面我的学徒的一则推文:不同数据来源的生存分析比较 , 代码细节和原理展现做的非常棒,但是因为学徒对TCGA数据库知识不熟悉,所以被捉到了一个bug,先更正一下: Continue reading
都介绍到单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较部分了,10讲就告一段落了,大家可以回看仔细品读。后面的分析其实都是个性化的了,取决于课题设计,假说,生物学背景知识,而且需要学习大量的R包。 Continue reading
前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,基本上跑的都是标准代码,里面很多细节参数是需要自己慢慢摸索的。保证单细胞转录组表达矩阵质量ok啦,而且需要去除了各种混杂因素。 Continue reading
前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,而且拿到的亚群,也可以解释其生物学意义,见:单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 Continue reading
前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: