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鉴定新的lncRNA之上游流程

好奇怪哦,我们前面的 lncRNA-seq数据分析之新lncRNA鉴定和注释视频课程众筹 ,感兴趣的人似乎不多额,免费的啊,既然感兴趣人不多,这个视频课程就取消免费了哈!那个群大家仍然是可以进入,拿资料和代码,视频我就不录制了,感兴趣的人不多,我搞自媒体图的就是一个名声,没有人看,我浪费时间干嘛! Continue reading

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GitHub居然也会被劫持,OMICtools也会停摆

多事之秋啊!

GitHub被劫持

最近发现GitHub的一些pdf资料在网页浏览器无法打开,没有多想,以为是正常的墙。看到单细胞天地微信群聊有人提到了Github pages可能遭遇中间人攻击。中国 IP 访问会显示一个无效的证书,域名所有者使用了一个腾讯的邮箱“346608453@qq.com”,Github 显然不可能会用腾讯邮箱。使用境外 IP 访问则返回了 DigiCert 签发的有效证书,使用的名字都是 GitHub。目前不清楚中间人攻击范围有多大。 Continue reading

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GEO数据库中国区镜像奔走相告啊

最近还是大量粉丝留言表示自己因为疫情困在家里,想做数据挖掘混个本科毕业论文,但是看完我的GEO数据挖掘视频后,想下载个数据集,就被卡死了,实在是巧妇难为无米之炊!
这个不怪大家,我给大家的GEO数据挖掘视频其实录制很早了,那个时候还没有写:GEO数据库中国区镜像 Continue reading

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有一种生意双方都觉得亏

生意这样的商业活动,理论上可以激励创造,让参与交易的双方都受益,才有可能持续。比如你不可能花费半年时间去系统性学习R语言和Linux操作,处理fastq的单细胞测序数据,做统计可视化图表,就为了一辈子的一个项目。所以理论上你的最优解决方案是委托专业的生信工程师,比如我们就在单细胞天地发布过:[单细胞转录组下游分析这样报价合理吗?] Continue reading

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学徒作业-指定基因在指定组织里面的表达量热图

昨天我在生信技能树发布了一个学徒作业:在CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵 , 真的是非常简单,只需要下载CCLE数据库的RNA-seq表达矩阵,然后在R里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵即可。所以今天就有学徒完成了,作业发在生信菜鸟团,见:[学徒带你一步步从CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵进行热图可视化] Continue reading

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学徒作业-在CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵

本文首发于生信技能树公众号,直达链接是:https://mp.weixin.qq.com/s/wY79Lkb0mzYNtZj2R2vLLQ

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B Cells in Chemotherapy-Induced Immunity. (PMID:32142650,DOI:10.1016/j.cell.2020.02.015) ,我没有细看,注意到附件有一个图表很有趣: Continue reading

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生信流程大全-基于nextflow的nf-core

最近看到很多人讨论基于nextflow的nf-core,里面存储了几十种NGS组学数据分析流程哦,而且文章发表在NBT。最早应该是生信技能树的学习大使《二货潜》发在朋友圈的,他同时也推荐了 加拿大生物信息学研讨会资源宝藏 。然后我看到生信技能树的宝藏男孩《唐医生》在 [菜鸟团一周文献推荐(No.50)] Continue reading

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生信爆款入门全球听限量免费

我们生信技能树联盟的关注粉丝已经有十多万了,作为创始人的我非常开心看到这么多人认可我们生信技能树的努力,通过我们的教程提升了自己。虽然,绝大部分粉丝都已经跨越了这个入门阶段,但还是希望你花时间看完这个活动,推荐给有需求的朋友。 Continue reading

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拿奖拿到手软的单细胞技术

单细胞水平的研究无疑是近些年(2018-2022)的科研热点,但是科研热点大家都明白,早期不投资的话那些低垂的果实就没有你的份。投资晚了,热点技术就会常规化,到时候还是比拼科研想法了。

  • 2013年,单细胞测序就已经被Nature Methods 杂志评选为生命科学领域年度技术。 Continue reading
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单细胞转录组数据处理之降维聚类分群

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: