终于做了这个决定，把我们的单细胞转录组视频课程限时免费！是真的免费，不玩虚的！
前天在生信技能树以及单细胞天地公众号及社区跟大家讨论了，开源一些视频，也为抗击SARS-CoV-2引起的急性呼吸疾病 COVID-19做贡献，毕竟 华清大学、京北大学联合发现：#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#，是目前有效的防范冠状病毒的手段之一。 Continue reading
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Daily Archives: 2020年2月21日
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450K芯片上面的甲基化探针到底需要进行哪些过滤
最近在做illumina的甲基化芯片数据处理知识整理，所以看了不少文献咯，发现甲基化探针到底需要进行哪些过滤这么一个小细节，值得探讨的却很多。欢迎大家加入我们的讨论群：一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码 ，我整理的资料，都在群里共享。 Continue reading
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2020学习主旋律B站74小时免费教学视频为你领路
生物信息学必备计算机背景
书籍贪多不烂，必买工具书如下，每个读5遍以上，或者买同类书籍5本，总之想方设法打牢基础！
- R语言之书 编程与统计 https://book.douban.com/subject/33418263/
- Linux命令行与shell脚本编程大全.第3版
视频必须强推生信技能树近30万学习量的基础合辑：https://space.bilibili.com/338686099/#/ Continue reading
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不同时间点不同药物浓度不同细胞系的转录表达
看到数据集 GSE103115，是关于：Cisplatin-induced gene expression changes in triple-negative breast cancer (TNBC) cells，是4种三阴性乳腺癌细胞系的同一个药物的不同时间的转录表达水平效应，每个处理是2个生物学重复。这个数据集发表在Cell Rep. 2019 Aug ，题目是：Modeling of Cisplatin-Induced Signaling Dynamics in Triple-Negative Breast Cancer Cells Reveals Mediators of Sensitivity. 分析策略的确是蛮有意思的。 Continue reading
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查看感兴趣基因的甲基化水平和RNA表达水平相关性
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处理大型数据集的11条技巧
nature杂志的TECHNOLOGY FEATURE 栏目在13 JANUARY 2020发表了一个有趣的小短文：Eleven tips for working with large data sets，副标题是：Big data are difficult to handle. These tips and tricks can smooth the way.
我简要概括一下： Continue reading
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单基因GSEA分析策略
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单细胞大样本也不好发出去了
2013年，《Nature Methods》杂志将单细胞测序列为年度技术。
2013年，《Science》杂志将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首。
与此同时，随着测序成本的下降，越来越多的单细胞的文章发表在顶级的期刊上，这些都表明单细胞测序已经成为科研的热点。 但是并不意味着冲向这个领域就有CNS，哪怕花了几百万经费测大量单细胞转录组数据。尤其是某些癌症领域，已经有了几十个单细胞相关研究发表，如果确实从实验设计和数据角度来看都平淡无奇，那么很可能大量单细胞的转录组数据也不是很好发出去。 Continue reading
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单细胞转录组数据分析大放价 （疫情期间不打烊）
2020年开局有点难，不知道是天灾还是人祸的新冠病毒疫情打的中小企业是措手不及。我五年前在深圳的同事，又在华大工作了三年，好不容易才找到机会回到家乡小城市且找到生信对口工作，兢兢业业工作了两年。贷款买房，结婚生子，昨天初为人父的他接到老板电话说要砍掉一半的工资，基本上等于变相逼他离职了。 Continue reading