五年前我在生信菜鸟团博客写过一个《RNA-seq流程需要进化啦》，上面分享过：
Tophat 首次被发表已经是6年前
Cufflinks也是五年前的事情了
Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。
stringTie的组装速度是cufflinks的25倍，但是内存消耗却不到其一半。 Continue reading
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Daily Archives: 2020年2月20日
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对转录组测序的counts矩阵去除批次效应
关于RNA-seq，我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程，而且是我们全国巡讲的标准品知识点，其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充：
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多个表达矩阵文件合并
今天群主给了我们学徒一个任务，下载数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84073
我想看到，HCC，CHC，CC这3组，跟healthy的分开比较，然后出3个火山图，3个热图。那么首先需要下载counts值矩阵，样本信息如下： Continue reading
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干扰一个基因分析全局基因表达其实是无法定位该基因完整功能
目前主流探索全局基因表达的技术就是芯片和测序了，不管是编码蛋白的基因，还是其它表观相关分子，比如：
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根据感兴趣基因看肝癌免疫微环境的T细胞亚群差异
在单细胞水平探究肝癌免疫微环境研究领域里，最早且出名的就是北大张泽明教授团队发表在Cell. 2017 Jun 的文章：Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing.，他们测序策略是： Continue reading
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甲基化的一些基础知识
前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识：
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甲基化芯片的一般分析流程
前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识：
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甲基化芯片数据的一些质控指标
前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。 Continue reading
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甲基化芯片数据下载的多种技巧
数据是一切的开始，万事开头难哦！
前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。 Continue reading
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甲基化芯片数据下载如何读入到R里面
数据是一切的开始，前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。既然要开始甲基化芯片数据挖掘实战，那么首先要有数据咯！需要区别的是甲基化芯片样本的idat原始文件，以及甲基化信号值矩阵。前面我们介绍了如何在GEO里面下载甲基化数据，拿到的数据文件必须要导入到R里面才能分析，现在我们就讲一下不同数据如何导入R里面。 Continue reading
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甲基化信号值的差异分析也许不应该是看logFC
最近在系统性整理DNA甲基化相关文献，也顺便在生信技能树分享教程：
- 甲基化的一些基础知识
- 甲基化芯片的一般分析流程
有意思的是，甲基化分析其实和普通的mRNA表达矩阵分析有很多概念问题是无法迁移的，包括质量控制，WGCNA分析，哪怕是简单的差异分析都有区别。 Continue reading
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甲基化信号值矩阵差异分析主要图表
差异分析永远是最平易近人的策略，我们前面整理的各种系列教程，miRNA的，lncRNA的，mRNA芯片或者测序，circRNA系列的，都会得到表达矩阵，然后走差异分析。只不过是不同统计学分布的表达矩阵，后续使用不同R包而已，得到的差异分析结果的解释又取决于生物学背景，是否了解circRNA等分子。 Continue reading
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免费的数据分析付费的成品代码
我们推文里面提到的各种各样的数据分析环节都是我非常有经验的，比如我在lncRNA的一些基础知识 ，和lncRNA芯片的一般分析流程 介绍过的那些图表，以及下面的目录的分析内容 对我来说是举手之劳，希望可以帮助到你！ Continue reading
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明码标价但是数据分析偏偏免费
因为众所周知的原因，整个春节只能宅在家里，所以我们公布了免费的数据分析活动。这些天忙得我团团转，每天都得处理几十个数据分析项目，感觉自己干一天就顶一个小公司一年了。 Continue reading