转眼间我已经步入博士三年级了，怎么说呢，感觉一直没有踏入科研的大门。或许是我把科研神圣化了，但实际上每个人都有自己的因缘际会，无缘参与CNS大课题，大测序计划才是常态。正是因为没有人带我，所以我才如此热心的去带别人吧，所以才有了生信技能树培养的10万生信工程师！ Continue reading
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Daily Archives: 2020年2月18日
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喜大奔普-全国巡讲全球听（买一得五）
生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班，口碑爆棚，生物信息学入门省心省时省力！
这个学习班每到一个城市，当地的小伙伴们口碑的传播比我们生信技能树自媒体矩阵还积极！已经打磨成为了标准品，市面上最快速的帮大家系统性入门生物信息学的绝佳课程，下面是2019的宣传推文列表： Continue reading
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学R语言之数据挖掘抗击病毒
华清大学、京北大学联合发现：学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒
（纯属娱乐，不过技能是真）
2020年2月1日从华清北联合研究院获悉，该所研究初步发现，传统艺能#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#。此前，华清北联合攻关组启动由带节奏师兄牵头的抗新型冠状病毒感染肺炎药物研究瞎胡闹团队，在无视前期SARS相关研究和药物发现成果基础上，聚焦针对该病毒的治疗候选新药筛选、评价和老药新用研究。 Continue reading
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中国大学MOOC的生物信息学之河南科技大学
最近在B站重新学习我自己的视频课程，发现一个ID为学什么不好非要学生物的小朋友搬运了大量的生物信息学公开课，都是中国大学MOOC，我简单看了看课程设置，知识点目录。总算是明白了为什么很多人虽然是生物信息学科班出来的，但是仍然是不会处理各种各样的NGS组学数据，甚至简单的芯片表达矩阵或者信号值矩阵也是很勉强。 Continue reading
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中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学
我们首先在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 不知道学习的朋友多不多，反正留言参与推荐高校生物信息学课程改革的朋友很少。 Continue reading
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中国大学MOOC的生物信息学之山东大学
昨天我们在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 ，然后在生信菜鸟团分享了：中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学
不知道学习的朋友多不多，反正留言参与推动高校生物信息学课程改革的朋友很少。 Continue reading
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肿瘤研究神级教材-癌生物学
最近整理自己的书房，发现很多好书已经被束之高阁长达五年，也有一些是学徒带过来的经典，比如《癌生物学》，看了几十页，爱不释手，想起来珠江肿瘤的robin组织过他那边的学生写过这本书的笔记，所以借花献佛分享给我们生信技能树的粉丝。 Continue reading
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肿瘤异质性如何影响诊断
我在上海国际乳腺癌论坛（SIBCS）公众号看到他们解读的《人间世》第二季第五集《抗癌之路：癌症的黑匣里仍有微光》，值得分享：
同样的病人在上海复旦大学附属肿瘤医院检查被判断为三阴性乳腺癌，但是赴美就医，在 安德森医院 的穿刺报告显示她的肺部转移灶雌激素受体呈阳性。不同的诊断结果，意味着不同的治疗方案。 （其实原发灶和转移部位本来就是可以不同亚型的啊！） Continue reading
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周六文献阅读目录
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Agilent芯片表达矩阵处理
Agilent的芯片同样也是扫描得到图片，然后图像处理（主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件）得到信号值，但是值得注意的是，这个时候有两个信号值矩阵，分别是：the background matrix Eb as well as for the foreground matrix E. Continue reading
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GitHub的R包毕竟没那么可靠
最近又需要使用一个肿瘤外显子看cnv的R包，根据全局的vcf文件，就是FACETS，发表该包的文章是：FACETS: allele-specific copy number and clonal … - NCBI - NIH
是大名鼎鼎的MSKCC单位的研究人员开发的， 作者：R Shen - 2016 - 被引用次数：189 - 相关文章 Continue reading
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HTA芯片（学徒探索任务）
年前我们布置过一个 agilent芯片的探索任务，很可惜，没有人接单，也许是得等我某一天遇到了，或者时间充裕了会去解决它吧！现在再来一个疑难杂症吧，就是生不逢时的Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的数据处理。
前面我提到过[HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的分析其实挺麻烦的，首先需要搞清楚下面3个平台的差异： Continue reading
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GPL13607平台的LINC01666的探针到底应该是哪个
你只需要去查询gencode数据库，就可以看到LINC01666的的坐标是已知的， ENSG00000279579 chr21 8759077 8761335，长度也就是2kb多一点而已，所以在上面设计探针的话应该是不会太多的。请大家记住这个坐标：chr21:8759077-8761335 Continue reading
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log与否会改变rpkm形式表达矩阵top的mad基因列表
我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见：
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TCGA和METABRIC的TNBC病人数量到底是多少
因为自己博士课题是关于乳腺癌肿瘤异质性的研究，所以对这个癌症的背景知识稍微多一点。顺理成章的我出的大量学徒作业也是关于乳腺癌的，其中乳腺癌里面最恶性的就是TNBC，或者说三阴性乳腺癌啦。看到了不下50篇TNBC相关数据挖掘文章，基本上都是TCGA或者METABRIC数据库啦，但是不同文章对TNBC定义有冲突，而且样本数量都不一致，很是尴尬！ Continue reading