十一 26

生信技能树论坛-组学大全板块-表观组

如果你是最近关注我们,你将又知道一个学习生信的好地方;
如果你是一直关注我们,你肯定对这个地方不陌生;
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php
本周我们将为大家带来生信技能树论坛-组学大全板块-表观组的介绍:

今天给大家推送:组学大全板块-表观组

作者:中科院-徐鹏

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十一 26

生信技能树论坛的生信基础板块-可视化

如果你是最近关注我们,你将又知道一个学习生信的好地方;
如果你是一直关注我们,你肯定对这个地方不陌生;
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php)。。)
本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。

今天给大家推送:可视化版块

作者:钱胜

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十一 24

生信技能树论坛的生信基础板块-统计学

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那就是我们的生信技能树论坛(附上网址:http://www.biotrainee.com/forum.php)。

本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。

今天给大家推送:生信基础板块-统计学

作者:王HH

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十一 23

使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv

cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况,首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值,然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。

该软件使用比较复杂,建议读一读官网教程。所有的命令都被包装到一个python脚本里面,使用该脚本调用一系列字命令,如下:

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十一 23

生信技能树论坛-生信基础版块介绍-计算机基础

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今天给大家推送:计算机基础

作者:华农-钱胜

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十一 20

生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础

# 生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础


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今天给大家讲解:生物学基础板块

作者:lakeseafly

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十一 08

850K甲基化芯片数据的分析

公众号文章,作者是北京基因组所,任云晓

本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很高的ChAMP包分析过850K的甲基化芯片数据。所以,就想着把自己的笔记整理下,可以和更多的小伙伴学习交流,还有个原因可能是因为这是四月份打算学生信时,接手的第一个任务,曲曲折折好几个月才跑通流程,遇到的坑也比较多,想记录下来。

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十一 02

我是如何学习Gene Fusion分析的

我是如何学习Gene Fusion分析的

一、Fusion原理

基因融合(Gene fusion)是指将两个或多个基因的编码区首尾相连,置于同一套调控序列(包括启动子、增强子和终止子等)的控制之下,构成嵌合基因。基因融合通常是由于染色体重排所造成的。异常基因融合事件可以引起恶性血液疾病以及肿瘤的发生,所以通过分析基因融合现象将有助于探讨发病机制、biomaker的筛选等,临床意义重大。 Continue reading

十一 02

一个植物转录组项目的实战

其实这个植物是拟南芥,所以跟人类研究的数据处理大同小异。

转录组

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和,包括 mRNA 和非编码 RNA 。通过转录组测序,能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行转录本结构研究、变异研究、基因表达水平研究以及全新转录本发现等研究。 Continue reading

十一 02

LncRNA课题整体解决方案平台

LncRNA是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,人类基因组中只有约3%的序列编码蛋白质,除去非转录区,其余约70%的序列转录产生非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA )。以往被认为是Junk DNA的基因组序列,现在被证实很多转录后变成了长非编码RNA。因此,LncRNA领域的研究堪比哥伦布发现的新大陆。随着高通量测序技术的发展,越来越多的LncRNA被注释。然而绝大多数LncRNA的功能效应及效应机制尚不得而知,探索这一广阔的未知领域正逐渐成为当今生物医学最热门的研究领域之一。

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