这个程序是我在VirusFinder里面发现的，大家可以自行搜索它！

非常好用，建议大家写程序都可以加上这个！

print "\nChecking Java version...\n\n";

my $ret = `java -version 2>&1`;

print "$ret\n";

if (index($ret, '1.6') == -1) {

    printf "Warning: The tool Trinity of the Broad Institute may require Java 1.6.\n\n";

}

print "\nChecking SAMtools...\n\n";

$ret = `which samtools 2>&1`;

if (index($ret, 'no samtools') == -1) {

    printf "%-30s\tOK\n\n", 'SAMtools';

}else{

    printf "%-30s\tnot found\n\n", 'SAMtools';

}

my @required_modules = ("Bio::DB::Sam",

                        "Bio::DB::Sam::Constants",

                        "Bio::SeqIO",

                        "Bio::SearchIO",

                        "Carp",

                        "Config::General",

                        "Cwd",

                        "Data::Dumper",

                        "English",

                        "File::Basename",

                        "File::Copy",

                        "File::Path",

                        "File::Spec",

                        "File::Temp",

                        "FindBin",

                        "Getopt::Std",

                        "Getopt::Long",

                        "IO::Handle",

                        "List::MoreUtils",

                        "Pod::Usage",

                        "threads");

print "\nChecking CPAN modules required by VirusFinder...\n\n";

my $count = 0;

for my $module (@required_modules){

eval("use $module");

if ($@) {

printf "%-30s\tFailed\n", $module;

                $count++;

}

else {

printf "%-30s\tOK\n",     $module;

}

}

if ($count==1){

print "\n\nOne module may not be installed properly.\n\n";

}elsif ($count > 1){

print "\n\n$count modules may not be installed properly.\n\n";

}else{

print "\n\nAll CPAN modules checked!\n\n";

}

其实可以手动下载local::lib, 这个perl模块，然后自己安装在指定目录，也是能解决模块的问题！

下载之后解压，进入：

 $ perl Makefile.PL --bootstrap=~/.perl  ##这里设置你想把模块放置的目录
 $ make test && make install
 $ echo 'eval $(perl -I$HOME/.perl/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/.perl)' >> ~/.bashrc

等待几个小时即可！！！

添加好环境变量之后，就可以用

其实你也可以直接打开 ~/.bashrc，然后写入下面的内容

PERL5LIB=$PERL5LIB:/PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_PACKAGE/source/bin/perl_module; export PERL5LIB

可以把perl模块安装在任何地方，然后通过这种方式去把模块加载到你的perl程序！