bioconductor中文社区招募站长

我已经构建好bioconductor中文社区的雏形,大家可以进去看看!

写在前面

突然发现我的bioconductor.cn这个域名都快要过期了!

哈哈,才想起一年前的计划到现在还没开始实施,实在不像我的风格,可能是水平到了一定程度吧,很多初级工作不像以前那样事无巨细的把关了。正好,借这个机会找几个朋友帮我一起完成这个bioconductor中文社区计划!

 

背景介绍

在生物信息学领域,perl和Python算是两个冤家了,相应的它们的bioPerl和bioPython也是势均力敌,我以前总是奇怪,怎么没有bioR呢,慢慢的,才了解到其实就是bioconductor系列包:
它的优点我就不多说了,反正我是经常用到的,在我的博客里面其实已经介绍了不少bioconductor包了链接

但那远远不够,所以我这里想招募10个左右的小伙伴跟我一起完成bioconductor中文社区的建设,主要是从6个方面来来全面阐释这些包的用法以及意义!

  • 软件方面的包(包括各种芯片数据处理,NGS数据处理,差异分析等等!)
  • 注释方面的包(第二类是一系列的基因组注释包,主要是各种ID的转换,kegg或者GO这样的功能注释,还有其它基因信息注释,转录本,外显子起始终止等等)
  • 实验数据的包(每一个实验数据包都是一篇优秀的生物信息学分析文章,分析方法,思路都是值得学习的!)
  • S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解,因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数,需要细致的讲解)
  • 分析流程的讲解(共有6个基础流程加上8个进阶流程)
  • 其它学习资源收集与翻译(都是本人学习过程收集到的资源分享一下)

一个例子

我暂时的计划是希望和小伙伴们统一用Rmarkdown来写教程,我做了一个例子用limma对芯片数据做差异分析,大家可以下载回去参考一下。

现在bioconductor更新到了3.3版本,列表下载,1160个软件包,共896个注释包,277个实验数据包!学习量还是蛮大的,而且中文资源奇缺,这时候翻译这个对后学者是非常有帮助的,希望能找到热心的小伙伴们一起完成这件事!

暂定目标

像我上面那个示例教程那样的软件包完成200个常用的,10个小伙伴每个人20个
注释包分成三类:芯片包,org系列包,TXDB系列包,我们只选取模式生物介绍
实验数据包,我们介绍芯片数据,RNA-seq,外显子,CHIP-seq,cancer相关的约50个,这个需要读paper,工作量会比较大!
其它的作为长期目标,持续更新

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