十一 07

mysql的table居然有最大列限制

想着把TCGA的RPKM值矩阵表格写入到mysql,然后做一个查询网页给生物学家,我下载的是所有TCGA收集的mRNA表达数据集数据集-GSE62944 ,共9264个癌症样本,和741个正常组织的表达数据。当我想写入癌症表达矩阵的时候,报错了:
Error in .local(conn, statement, ...) :
could not run statement: Too many columns
简单搜索了一下,发现是mysql有最大列的限制,但是我不是很懂计算机,所以没太看明白该如何调整参数使得mysql列限制扩充:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/column-count-limit.html 所以就把癌症表达矩阵根据癌症拆分了,癌种数量如下:

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安装自己的shiny服务器-实战指南

个人比较欣赏R shiny制作的网页,入门简单,上手极快,多看点例子,制作复杂逻辑的网页也不是问题。这篇实战指南有四个步骤:

至少需要root权限的linux系统  (我测试了阿里云)
安装R   (一般安装最新版,)
在R中安装shiny模块   (一般还可以多安装一些模块)
下载并且安装shiny server安装包    (根据系统选择)

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强烈推荐用shiny来制作交互式网页展现数据

shiny是Rstudio公司推出的一个网页服务器,可以直接用R语言制作客户端和服务端程序来交互式的展现数据,而且有越来越丰富的扩展包可以借鉴使用,我觉得它的前途很光明,值得大家入坑!

虽然Rstudio公司吹嘘初学者无需具备html和css,js基础,但是个人认为还是多了解一下比较好,可以在w3cschool里面在线学习!

新手安装好shiny包之后里面自带了12个app例子,一边调试一边学习,很快就可以入门了。推荐一个教程,用shiny构建网页中文教程,想查看更详细的介绍和实例,请访问Shiny的官方主页。当然,你肯定需要要会R,这里有个R的FAQ教程。

如果你完全看完了上面那些,说明你已经真正入门了!

你现在可以去搜索一个shiny cheetsheet,然后背诵下来!!!!

然后你可以去shiny的github里面找到108个示例程序,一个个运行了解它们!!!

这时候你已经是高手啦!!!

接下来你应该取了解一个叫做dashboard的东西,熟练UI界面设计。

最后你再了解一些辅助包,帮助你用shiny更好的展示数据,主要是JS绘图插件

里面最出名的就是DT包了,一定要学!!!

最后你可以了解一下在rstudio上面分享五个免费的shiny网页程序,需要你搜索一些。

如果你还感兴趣的话,就可以自己整一个虚拟机Ubuntu或者centos系统,试着安装shiny的server,这个比较考验技术。

总结:你可以需要200个小时左右来完全掌握shiny