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R的shiny 服务器管理-入门

如果你已经安装好了shiny 服务器,(安装教程)要开始使用了,掌握一些基础知识是必须的。这里我简单学习了一些入门资料,分享给大家,慢慢的我会写一个进阶资料。安装成功之后,系统会增加4个目录,是一定要掌握的:

1、这个目录只存放关键配置文件:/etc/shiny-server/shiny-server.conf   初始状态只有一个文件,记录着非常多的默认信息,默认的网站目录是根目录下的srv的shiny-server目录,端口是3838
2、网站运行log日子存放:/var/log/shiny-server  初始状态下该目录为空
3、程序存放目录是:/srv/shiny-server 初始状态,有一个测试程序:
4、最后是/opt/shiny-server/ 目录,这里面也有一个配置文件:/opt/shiny-server/config/default.config

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强烈推荐用shiny来制作交互式网页展现数据

shiny是Rstudio公司推出的一个网页服务器,可以直接用R语言制作客户端和服务端程序来交互式的展现数据,而且有越来越丰富的扩展包可以借鉴使用,我觉得它的前途很光明,值得大家入坑!

虽然Rstudio公司吹嘘初学者无需具备html和css,js基础,但是个人认为还是多了解一下比较好,可以在w3cschool里面在线学习!

新手安装好shiny包之后里面自带了12个app例子,一边调试一边学习,很快就可以入门了。推荐一个教程,用shiny构建网页中文教程,想查看更详细的介绍和实例,请访问Shiny的官方主页。当然,你肯定需要要会R,这里有个R的FAQ教程。

如果你完全看完了上面那些,说明你已经真正入门了!

你现在可以去搜索一个shiny cheetsheet,然后背诵下来!!!!

然后你可以去shiny的github里面找到108个示例程序,一个个运行了解它们!!!

这时候你已经是高手啦!!!

接下来你应该取了解一个叫做dashboard的东西,熟练UI界面设计。

最后你再了解一些辅助包,帮助你用shiny更好的展示数据,主要是JS绘图插件

里面最出名的就是DT包了,一定要学!!!

最后你可以了解一下在rstudio上面分享五个免费的shiny网页程序,需要你搜索一些。

如果你还感兴趣的话,就可以自己整一个虚拟机Ubuntu或者centos系统,试着安装shiny的server,这个比较考验技术。

总结:你可以需要200个小时左右来完全掌握shiny

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用R的shiny包写一个基因的ID转换小程序

基因的ID现在可能有一千多种,但是我们一般只用NCBI的entrez ID,和HUGO组装规定的gene symbol和gene name
再者有人会用ensembl的ID,至于UCSC的ID很少人用了,更别说剩余的一大堆稀奇古怪的ID了。
ID_example
其实没必要自己写一个软件来转换,因为非常多的现成软件都可以做到!
不过可以拿这个简单的任务来练手!
首先自己做好数据库文件:
我是把数据写到了一个sqlite文件里面了!结构很简单
然后设计软件的界面,俗称UI端,也是很容易,在shiny里面,记住几个控件的函数即可!
UI_1 UI_2
具体代码见我的github代码:https://github.com/jmzeng1314/my-R/tree/master/4-ID-convert-using-shiny