使用virusSeq对NGS数据分析病毒整合位点

开发单位:安德森癌症研究所
功能:对NGS数据进行分析,探测已知病毒在人基因组整合情况
从fastq文件开始,需要借助MOSAIK进行比对
主程序就两个perl程序,不需要安装!

一,软件下载:
直接在官网下载下面这些文件即可!
Files Link
VirusSeq.tar.gz download
Mosaik.tar.gz download
hg19.fa.gz download
gibVirus.fa.gz download
hg19Virus.fa.gz download
L526401A_1.fq.gz download
L526401A_2.fq.gz download

其中,软件压缩包里面附带了说明书,数据下载后该解压的要解压,然后要根据说明书整理好文件,变成四个文件夹,放置好相应的文件。

它的说明书写的非常详细,其实我都没必要再讲下去了!
二,软件使用
其实它给了测试数据,如果测试数据运行成功,那么就没有问题了!
因为它依赖于MOSAIK,所以我才特意讲了MOSAIK,但是我感觉它们这些软件都有个不好的问题,都是需要重新比对,很麻烦!
其实现在很多主流比对软件可以达到非常高效快速了!
最后,我并没用这个软件,所以我只是提一下它,大家如果有需求, 可以自己去用

 

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