Category Archives: 未分类

七 01

拿到7个DDR通路的基因集-学徒作业

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DNA损伤反应（DNA damage response，DDR）这个防御机制是生物体维护基因组稳定性的重要途径，DDR缺陷可导致包括肿瘤在内的多种疾病的发生，DDR通路已经成为抗肿瘤药物靶点，其中最突出的药物就是PARP抑制剂。所以也会有各式各样的研究关注多种癌症的DDR通路的基因。 Continue reading →

六 28

免费视频课程-RNA-seq数据分析

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我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站，就看到了“铺天盖地的”留言和私信，比如： Continue reading →

六 28

免费视频课程-外显子数据分析

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我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站，就看到了这两年来积累的“铺天盖地的”留言和私信，我已经在：免费视频课程《RNA-seq数据分析》交流群组建通知 列出来了。 Continue reading →

六 28

免费并不意味着质量差

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昨天有粉丝看到了 转录组公益课（含单细胞）(名额有限，先到先得)，发邮件给我说，实在是太激动了，之前去了解了各种单细胞培训班，动辄好几千而且才两天课程，很多都是“挂羊头卖狗肉”。但是导师一直push他去外面参加培训，舟车劳顿不说，还基本上没有收获。因为导师觉得免费的，或者低价的，肯定质量很差。 Continue reading →

六 28

基因表达量高低分组的cox和连续变量cox回归计算的HR值差异太大?

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号外：绝大部分生信技能树粉丝都没有机会加我微信，已经多次满了5000好友，所以我开通了一个微信好友，前100名添加我，仅需150元即可，3折优惠期机会不容错过哈。我的微信小号二维码在：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 Continue reading →

六 28

共享生信云服务器（64线程256G内存）内测半价活动

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巧妇难为无米之炊，我们作为生信工程师如果没有一个趁手的服务器，很多ngs上游分析都无从谈起。
但是生物信息学在我们生信技能树这些年的大力推广下，已经走入生命科学领域寻常百姓家，大量湿实验工作者开启了他们的编程人生，大大的超出了服务器的配置速度。其实不同实验室不同课题，对服务器的需求不一样，可以简单总结如下： Continue reading →

六 25

差异基因没办法富集到通路你就放弃了吗

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我在生信技能树分享了一个教程：不要怀疑，你的基因就是没办法富集到统计学显著的通路，强调了大家做生物信息学数据分析的同时，一定要加强统计学基础，比如把差异基因集（500个左右的基因）富集到KEGG数据库通路，本质上就是对每个通路单独做一次超几何分布检验罢了！ Continue reading →

六 25

比较不同的肿瘤somatic突变的signature

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前面我们详细讲解过，sanger研究所科学家【1】提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ，把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征，在cosmic数据库可以学习它。不同的特征有不同的生物学含义【2】，比如文章【3】 就是使用了 这些signature区分生存！主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。 Continue reading →

六 25

10个小时搞定科目一

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上周五在三亚摘完芒果就飞往上海见了一下学徒，本来计划是周一飞往山西太原，有意思的是他们防疫政策很高效，要求所有的广东人都需要做核酸检测以及隔离，我就呵呵一下，果断不去了。恰好我的教练发朋友圈说科目一考场开放了，就报名约考周三上午。这样我周一飞回去休息下，第二天有一整个白天时间备考科目一，完美！ Continue reading →