我这七年写了几万篇教程,制作了几百个小时的教学实战演练视频课程,都是免费分享在各大网站(B站,知乎,简书,博客,GitHub,微云),必然会出现部分教程过时,一些资料缺失(主要是链接失效)。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理,我不可能要求志愿者们在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。
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免费视频课程-表观调控组学联合分析实战
我这七年写了几万篇教程,制作了几百个小时的教学实战演练视频课程,都是免费分享在各大网站(B站,知乎,简书,博客,GitHub,微云),必然会出现部分教程过时,一些资料缺失(主要是链接失效)。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理,我不可能要求志愿者们在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。
美国辛辛那提大学的商业分析专业R语言
R语言并不是生物信息学的专属编程语言,其实它在金融,商业,游戏,地理产业应用也很广泛。最近我就看到了美国辛辛那提大学的商业分析专业在讲授R语言,课堂一撇如下:
满满的都是感动
真的是不知不觉,我们生信技能树公众号就走入了第四个年头。我们从网页论坛走入公众号方向的时候就是红海,耕耘的好辛苦。四年过去了,看着公众号这个媒体形式的没落我也很心痛。不过,咱们是干实事的,长期主义者,其实到并没有那么受限于平台,流量红利能拿到就最好,拿不到也就那样,不影响我的艰苦奋斗。
马哥和鸟哥你选择谁
入门生物信息学,绕不过去的一个坎就是Linux系统的认知及各项操作。
以前我通常是建议大家看《马哥Linux》,看第2~9章节即可。B站链接是: https://www.bilibili.com/video/av40331948/ 就是学习到P30即可。不要全部看完,太复杂了,视频可能难度超纲,毕竟是专业程序员的知识点,看B站视频的标题是运维共208讲就明白了。
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聊个天就把生存分析给做了?
前些天我和我的学徒们在生信技能树分享了教程:人人都可以学会生存分析(学徒数据挖掘),提到根据公共数据库(比如TCGA)的信息来检查具体的某个或者某几个基因的生存意义已经是非常简单了,只需要很简单的数据库网页工具认知,或者一点点代码能力。
空白云服务器的一些生物信息学设置
再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理:
剑桥大学5天功能基因组培训课程全套资料(含单细胞转录组)
前面我们分享了 《华盛顿大学8天的生物信息学培训全部资料大放送》 类似,超级受欢迎!然后昨天其实在:单细胞前沿进展讲座和技术教程分享哪个更受你喜欢提到了剑桥大学的一个暑期5天小课堂,链接是:https://bioinformatics-core-shared-training.github.io/cruk-summer-school-2020/ (文末阅读原文直达课程主页!)
检查原文的细胞亚群的标记基因(CNS图表复现12)
前面的教程里面,我们首先根据 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则进行了初步分群,如下所示:
immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM), and stromal (CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo)
检查文献的inferCNV流程(CNS图表复现14)
前面我们的教程讲到了,自己取全部的上皮细胞,以及部分Fibroblasts和Endothelial_cells细胞来一起运行inferCNV流程,但是得到的结果很诡异,明明是作为二倍体正常细胞参考集的Fibroblasts和Endothelial_cells细胞居然也是在某些染色体上面有明显的CNV情况。为了解决这个问题,让我们一起看看文献自己的inferCNV流程是如何使用的,以及对应的数据集。
甲基化基础补充
写在前面
最近我在《生信技能树》安排了两个甲基化相关的学徒作业:
有学徒表示虽然看了我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片(450K或者850K)数据处理 》,详见:免费视频课程《甲基化芯片数据分析》,但是课程过于强调实操,很多背景知识大家比较缺乏,所以学徒自告奋勇补充了一些甲基化基础知识,供大家学习!
加州大学圣地亚哥分校的7门生物信息学公开课(让你一次性学个够)
看到VIP群里大家在讨论是否有必要参加coursera的生物信息学课程, 然后我简单搜索了一下,发现加州大学圣地亚哥分校居然有7门生物信息学公开课,列表如下:
几百年来全世界就一个人用了它
前面我们在《生信技能树》平台举办了各种ID转换相关的公开课,而且有几十个教程详细介绍了我们的一个综合性的包:
机器学习加深度学习资料大放送(附上资料群)
关于机器学习,在肿瘤数据库挖掘里面,主要是生存模型构建最广泛。比如我在B站免费共享TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程中共使用了四种算法构建模型(都是R语言实现):
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基于R语言的统计可视化视频课双十一大促销(打包价仅需11元)
华盛顿大学8天的生物信息学培训
我们前面介绍了中国大学mooc的一些生物信息学相关课程,给大家做基础知识补充:
- 生信技能树分享了:中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 ,
- 生信菜鸟团分享了:中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学
以及最热门的:中国大学MOOC的生物信息学之山东大学 (第7次开课,时间: 2020年09月14日 ~ 2021年01月31日)
很多时候你就是不知道如何提问
最近分享的两个祖传的单细胞转录组数据分析代码,是标准流程:
关于搜索,你不知道的是
我们很多交流群,太多的朋友都喜欢重复提问,而且并不是那么友好的先搜索后提问。哪怕是我单独指出来一下,抨击一下这个现象,确实也无济于事。
但,努力还是得努力的,日拱一卒嘛,先影响那些能看到此推文的三五千人。
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狗也有乳腺癌(居然也有人研究)
我们都知道狗的英文单词是dog,最近看了个2019年8月文章:Whole-exome and whole-transcriptome sequencing of canine mammary gland tumors ,是多组学哦,关键是标题里面有一个陌生的单词 canine,我还在奇怪canine mammary gland tumors难道说是一种新的乳腺癌吗?等我细看文章,出现:dog genome, as provided in CanFam3.1这些让我很熟悉的名词,所以去查单词才发现是 犬乳腺癌,居然还有人研究这东西!
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共享云服务器又来了(这次足足有50个名额)
前面和公司合作,推送了8折促销的《共享云服务器》已经是非常实惠了,解决了广大生信粉丝的切实需求,产品列表:
- 学习型(共享24核64G内存)-海外,8折抢购价 400元
- 进阶型(共享36核128G内存)-国内,8折抢购价 960元
- 进阶型(共享36核128G内存)-海外,8折抢购价 1152元
- 专业型(共享48核256G内存)-国内,8折抢购价 1920元
- 专业型共享48核256G内存)-海外,8折抢购价 2400元
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