circRNA芯片也是同样的差异分析

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我在前面的推文合理的提出来了一个讨论：所以GSE号也可以弄错吗，很多被该公司坑害过的科研伙伴们留言让我们去Google关键词”KangChen Biotech Retraction”, 就明白该公司的劣迹斑斑了。但是居然有人留言恐吓我：
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有意思哦，懒得费口水，直接把这个东西拉黑了，耳根清净。咱清清白白写教程，分享笔记，不怕这些牛鬼蛇神！

说一下背后的故事

我为什么会留言到这个文章呢，比较它们这些”KangChen Biotech Retraction”, 都是科研害虫，都是被钉在历史的耻辱柱上面的，不值得学习，我也不是刻意拿它们出来游街示众。
完全是一个意外啊，是一个粉丝问我ceRNA调控的问题，文章标题是：《Comprehensive circular RNA profiling reveals the regulatory role of the circRNA-000911/miR-449a pathway in breast carcinogenesis》，发表于February 5, 2018 https://doi.org/10.3892/ijo.2018.4265，该研究者首先在真实的病人队列做了5 tissues samples and control non-tumor tissue，差异分析结果是：A total of 716 circRNAs that were differently expressed by >1.5-fold between the breast cancer tissues and the normal tissues were identified.
然后从 Chinese Academy of Sciences (Shanghai, China).获得了 这些细胞系：MCF-7, MDA-MB-231, MDA-MB-468, MDA-MB-453, SKBR-3 and T47D, and one normal breast epithelial cell line (MCF-10A) .而这些表达量研究，就是使用了基因芯片，是： The circRNAs chip (ArrayStar Human circRNAs chip; ArrayStar, Rockville, MD, USA) containing 5,639 probes specific for human circular RNAs splicing sites was used. The circRNA microarray process was performed by KangChen Biotech, Inc. (Shanghai, China).
我看到了文章里面数据有GSE编号，所以认为是可以下载哦， https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE97332 准备处理后写教程给粉丝啊！
但是呢，谁知道居然完全是南辕北辙的数据啊，说好的乳腺癌，结果是肝癌，我也一脸懵逼呢。
不过，回过头来想了想，其实无所谓啊，我就是写教程，做一个差异分析啥的，我并不关心它这个数据集来源于什么癌症。前面我们在生信技能树已经系统性的总结了circRNA的相关背景知识：

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