后台有一些粉丝留言好奇怪，说怎么没看到我们分享多组学教程，我们会不会多组学联合分析啊！可能是因为看到我在B站的免费NGS数据处理视频课程合辑，都是单一组学数据吧！
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Category Archives: 未分类
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根据CellMarker网站进行人工校验免疫细胞亚群（CNS图表复现06）
我们的CNS图表复现之旅已经开始，前面3讲是；
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根据CCDS数据库信息拿到全部外显子坐标
CCDS数据库团队居然在2018年又又又发表文章了，题目是：《Consensus coding sequence (CCDS) database: a standardized set of human and mouse protein-coding regions supported by expert curation》，链接在：https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D221/4595661
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根据坐标在基因组上面拿到碱基序列来设计引物
做DNA测序的朋友们一般来说，都会拿到突变位点信息，不管是SNV还是INDEL，都是一个基因组上面的坐标而已。而高通量测序的结果通常是需要做一下实验验证，最常见的就是sanger测序啦，需要设计引物来捕获一下突变位点附近的序列信息，查看是否该位点真的具有突变信息。一般来说，sanger测序能验证过的高通量测序的结果就不会受到审稿人的质疑啦！
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《简单高效LaTeX》读后感/读书笔记
前些天，合作了两年多的图灵出版社的编辑邢璐兴冲冲地找到了我，说将会上新一本书：《简单高效LaTeX》，估摸着我肯定会喜欢。可能是因为看到我们生信技能树公众号的排版非常优美，觉得我肯定是同道中人。但是实际上我的排版水平仅限于简单的markdown语法，LaTeX我一直望而生畏。但是我的好友列表躺着一位LaTeX高手，他博士毕业后从教《生物信息学》近10年，课件讲义都有LaTeX的身影，所以我马上想到了他，帅气的小伊老师，见：
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非常羡慕你，有人帮助
收到粉丝邮件求助：
健明老师，你好！我最近在阿里云服务器中安装Rstudio server的时候，按照生信技能树微信公众号中的“在Ubuntu下安装单细胞3大R包”文章步骤来，但是在验证Rstudio server是否安装成功时，总是显示没有激活（图1）；重启的时候，显示没有libssl.so.1.0.0（图2）。我也查了许多资料，按照他们给的方法，但是并没有解决，困扰许多天了。我是临床医学专业的，学习生信没有多长时间，烦请健明能够解惑，谢谢！！！
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二十年前做科研你只需要检测一些基因在一些癌症细胞系表达量情况即可
看到一个比较古老的生物学领域的研究文献，文章标题是：《Analysis of CUL-5 expression in breast epithelial cells, breast cancer cell lines, normal tissues and tumor tissues》，于2003年发表在 Molecular Cancer 杂志，如题，研究者就分别在乳腺癌和正常乳腺的细胞系里面测定了几个基因的表达量情况。
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多分组的甲基化差异分析之QDMR
前面我们的学徒作业：学徒任务-探索DNA甲基化的组织特异性，大家完成的不多，可能是甲基化芯片数据处理对大家来说不紧急也不必须吧。不过最近刷文献看到了，另外一个策略，可以做多分组的甲基化差异分析，而不是一对多的差异分析策略。
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读入csv文件的表达矩阵成为Seurat对象（CNS图表复现01）
上个月我们组建了：《单细胞CNS图表复现交流群》，见：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞），也分享了单细胞转录组数据分析的流程：
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都已经开始挖掘空间单细胞转录组数据了
最近各个公众号都在鼓吹单细胞转录组数据套路，感觉这样的科研风气不好，数据挖掘这个技能最大的作用应该是避免大家重复浪费科研经费去做一些明明可以通过分析公共数据库拿到的结论！
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第五期数据挖掘班的感想
记得当年考研报了个英语培训班，讲了英文写作和中文写作的一个重要区别就是，中文写作会把一段话的中心思想放在段末，而英文则恰恰相反，习惯开门见山，个人感觉，后者会好一些，毕竟为读者着想，人家看了头一句后不感兴趣就走了，别耽误人家时间。
下面值得你看！
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# 单细胞教程新秀-生信会客厅
做单细胞相关教程三年多了，也顺便开了一个《单细胞天地》的公众号，但是到后期，就感觉一直是在“炒冷饭”。翻来覆去就一直是单细胞基础10讲相关内容而已：
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单细胞区分免疫细胞和肿瘤细胞（CNS图表复现03）
上个月我们组建了：《单细胞CNS图表复现交流群》，见：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞），也分享了单细胞转录组数据分析的流程：
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单细胞前沿进展讲座和技术教程分享哪个更受你喜欢
前面我们在《单细胞天地》强推了：《单细胞基因组学前沿会议推荐》，因为疫情原因，单细胞基因组学前沿会议将会在线上举办，时间是：October 27-29, 2020 Virtual，官网：https://www.csh-asia.org/?content/404 。很多粉丝表明这样的会议只能是看“神仙打架”，学不到干货。那些演讲者当然很出名，汤富酬，张泽民的，但是他们分享的内容过于前沿和高精尖，不具备普适性。希望我们可以多分享一些干货，技术教程。恰好看到了英国剑桥大学这次暑期5天小课堂，虽然已经结束：22nd - 28th July 2020: Zoom virtual school, University of Cambridge，但是全部的资料都是共享出来的，跟我们之前分享的《华盛顿大学8天的生物信息学培训全部资料大放送》l类似，整理的非常！
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单细胞聚类分群的resolution参数问题（CNS图表复现04）
我们的CNS图表复现之旅已经开始，前面3讲是；
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单细胞初级8讲和高级分析8讲
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单细胞基因组学前沿会议推荐（冷泉港亚洲学术会议）
举办地是中国苏州的冷泉港亚洲学术会议中心，超级漂亮的地方，我去过好几次了。这次因为疫情原因，单细胞基因组学前沿会议将会在线上举办，时间是：October 27-29, 2020 Virtual，官网：https://www.csh-asia.org/?content/404
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单个肿瘤病人的外显子数据分析策略
单个肿瘤病人的外显子数据分析策略
肿瘤外显子测序相信大家都不陌生了，通常都是大队列研究，首先WES相比较于WGS已经是大幅度降低成本了，其次太多超级肿瘤队列已经发表了。如果你的100人以下的肿瘤外显子队列研究仍然是想发表，一般来说靠的是疾病的特殊性了。
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如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA？
作者 so_zy, 2020-10-14
写此文档的缘由：在做GSEA分析时，由于研究的是非模式生物，从Broad Institue开发的MSigDB没有找到合适的预设基因集，没办法顺利进行GSEA. 但是KEGG数据库收录有目标物种。几经折腾，终于跑上了GSEA. 写此文档为其他研究非模式生物的人员提供一点借鉴。
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周六文献阅读目录
我们在2020疫情爆发前，系统性整理了生信菜鸟团公众号在2019年的文献阅读专辑的目录，并且提出如果大家能在假期刷完这些文献的摘要，应该就是了不起的科研人员了！