总是能看到有人转发一些不和谐的声音给我看，可能是五六年前写教程的时候得罪了很多人，不知道为啥子这些黑粉就追着我不放手，心中的执念那么深，你的生活会幸福吗？
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Category Archives: 未分类
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不同样本的WES数据分析时多比对区域是否有差异
做过WES数据分析的小伙伴都知道，最后找到了的很多变异位点，其实都落到了那些富含多比对reads的区域。而这些区域呢，其实是NGS技术的缺点，有些时候可以直接把位于这些区域的突变位点直接硬过滤掉。
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并不是所有的批次效应都可以被矫正
最近接到粉丝求助，他最近在跟着我B站课程和GitHub代码处理GEO 芯片：
GSE113486 GEO平台 已经进行了log2 转换和 Normalized signal intensity by internal control miRNAs. 我画了他们的箱式图是这样的。不太整齐。我不确定是不是还要进行normalizeBetweenArrays处理。我看你的视频课程是说要样本间要整齐，但是课题组师兄师姐说他们没看这个，直接做差异分析的，所以比较困惑后续处理的细节把握。
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表达矩阵是如何得到的（CNS图表复现10）
前面的教程里面：CNS图表复现07—原来这篇文章有两个单细胞表达矩阵，我们提到多，是自己读取作者上传到谷歌云里面的2个csv表达矩阵，这个时候有读者就提出来了疑问，作者是如何拿到表达矩阵的呢？
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保研躺学？
写在前面
- 暑假前的优秀本科生数据挖掘毕业设计课题辅导活动， 已经带领了近100多名优秀本科毕生了解生物信息学，并且完成了相关毕业设计，见：这120万我就不要了，送给500名优秀本科生，看到朋友圈的那些小朋友相继开启毕业照朋友圈刷屏模式，甚是欣慰。
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把tcga大计划的CNS级别文章标题画一个词云
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把基因数量搞小的数据挖掘想法是好的但可能不现实
我一直强调：数据挖掘的核心是缩小目标基因！
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10个细胞系仅1个表达你的基因
感兴趣的一个基因A，研究它在10种乳腺癌细胞系中的表达情况，跑了western和qpcr 。 发现它只在一种乳腺癌细胞系中表达，其他9种都不表达。 结果是一致的，确认自己的实验没有问题！ 现在都怀疑唯一有表达的那个细胞系是不是污染了？？？
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windows的Ubuntu子系统ssh和ftp
一般来说，对Linux的服务器，我们会使用ssh和ftp来进行交互，通常是xshell以及xftp两个软件。
但是很多时候，我们可能并没有Linux服务器，这个时候其实自己的个人电脑也可以勉强成为Linux服务器： Continue reading
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Linux可以使用Windows特有的NTFS区分磁盘
前面我分享了自己踩坑的经历，就是：底层架构真的折磨死个人（急，在线等），很多人表明其实没有看懂我遇到的问题。 Continue reading
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GSE16561 复现，小众的illumina bead芯片
小白学员好不容易跟完了生信技能树的马拉松式数据挖掘课程，见：
- 数据挖掘学习班第5期（线上直播3周，马拉松式陪伴，带你入门），原价4800的数据挖掘全套课程， 疫情期间半价即可抢购。 Continue reading
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GPL17586、GPL19251和GPL16686平台芯片ID转换
芯片分析中经常会遇到Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片，由于目前还没有现成的R包可以用，因此分析方法也不统一。见生信技能树Jimmy老师HTA2.0芯片比较麻烦，其实这类常见的有3个平台，3种类型： Continue reading
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clusterProfiler到底有多难安装呢
R语言对临床医师/医学生来说已经是最容易学的编程语言了，相比起C语言，python，java，PHP来说。可能把大多数人挡在门外的就是R包安装了，因为我们之所以会选择R语言，就是因为它丰富的第三方包，可以不费吹灰之力实现大量的统计可视化。 Continue reading
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cellranger更新到4啦（全新使用教程）
目前单细胞转录组以10X公司为主流，我们也是在单细胞天地公众号详细介绍了cellranger流程，大家可以自行前往学习，如下： Continue reading
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Aviv的十多篇CNS文章邀你赏析
前些天发布了：生信技能树知识整理实习生招募，提出来的其中一个方向就是单细胞研究动态追踪，比如北京大学张泽民教授团队的文章， 哈佛大学Broad研究院的 Aviv Regev 博士及其团队的文章，MD Anderson癌症中心 Nicholas E. Navin博士及其团队的文章整理。 Continue reading
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整整十年才考过科目二是一种什么样的体验
前面的 10个小时搞定科目一，大家留言比较多的希望我出一个教程：快速搞定科二，我笑而不语！ Continue reading
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这可能是我见过的最草率的单细胞分群了
数学意义上的细胞分群，并不能作为最终结果哦！
最近看到一个单细胞转录组文章：Published in final edited form as:
Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc. 2018 July ; 2018: 2378–2381. doi:10.1109/EMBC.2018.8512784.
Single-Cell Transcriptomics Reveals Heterogeneity and Drug Response of Human Colorectal Cancer Organoids Continue reading
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这个20G的单细胞项目数据和代码的压缩包有什么（python数据分析典范）
近日，微信群里的宝藏唐医生在群里甩了一个百度云链接，我瞅了一眼，居然是20G，而且命名超级诡异，是9044782e-cb96-4733-8a4f-bf42c21399e6_v1.0.zip。 Continue reading
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在ubuntu20上面安装R4
不得不说，现在各种软件系统的版本更新都好迅速！
一般来说，新安装的ubuntu系统都太干净，缺很多库文件，下面的代码先运行一波！ Continue reading
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在学生信这件事上我们还是坚持长期主义
太多朋友不理解，为什么信技能树官方举办的学习班：
- 数据挖掘学习班第5期（线上直播3周，马拉松式陪伴，带你入门），原价4800的数据挖掘全套课程， 疫情期间半价即可抢购。 Continue reading