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ngsplot辅助CHIP-seq数据分析-可视化

最近在忙一些chip-seq的数据分析项目,它的可视化展现比较复杂一点,自己写程序将会耗费挺长时间的,就想着利用现成的工具,前面试用了deeptools,挺好 的,但是有点慢,是python程序,如下:
现在换一个R程序,这个非常快速,而且绘图个人觉得稍微美观一点,大家也可以都试试看。
首先软件的github里面有源代码,然后作者还四处宣讲这个包的神奇之处,下面的ppt非常言简意赅的描述了它的功能和强大之处。

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十二 28

生物信息数据分析文章就是看图写作文

首先是从测试原始数据里面得到汇总数据
然后把各种统计汇总数据可视化成图表
最后根据图表来写作文即可。
来源:Genome-wide Mapping of HATs and HDACs Reveals Distinct Functions in Active and Inactive Genes

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用网页版工具ChIPseek来可视化CHIP-seq的peaks结果

一般做完一个CHIP-seq测序,如果实验设计没有问题,测序质量也OK的话,很容易了根据序列call到符合要求的peaks,或者可以去很多文章或者roadmap里面下载到非常多有意义的peaks文件, 一般是BED格式文件,这是就需要对这些peaks进行各种各样的注释以及可视化了,此时不得不强烈推荐一款网页版工具,是台湾学者开发的ChIPseek:

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自学CHIP-seq分析第九讲~CHIP-seq可视化大全

讲到这里,我们的自学CHIP-seq分析系列教程就告一段落了,当然,我会随时查漏补缺,根据读者的反馈来更新着系列教程。其实可视化这已经是一个比较复杂的方向了,不仅仅是针对于CHIP-seq数据。可视化本身是发文章的先决条件,而让人一目了然图片也说明了数据分析人员对数据本身的理解。我这里就列出一些目录和一些工具,和ppt。这个主要靠大家自学了,而且我博客空间有限,就不上传一大堆图片了,大家随便找一些经典的paper里面都会有很多可视化分析。

首先强烈推荐两个网页版工具,针对找到的peaks可视化:

然后再推荐一个哈佛刘小乐实验室出品的软件,也是专门为了作图http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/usermanual.html

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