最近刷到了2023年2月的一个数据集是GSE218974的单细胞转录组文献,标题是:《Single-cell profiling of alveolar rhabdomyosarcoma reveals RAS pathway inhibitors as cell-fate hijackers with therapeutic relevance》,该研究主要是想探索: intratumoral heterogeneity of RMS cell lines and primary cultures derived from patient-derived xenografts (PDXs).
涉及到的数据样品是 14 RMS PDX-derived primary cultures and 3 conventional aRMS cell lines ,简单的单细胞转录组数据分析,降维聚类分群,可以看到,如果不对这些样品进行整合,就是每个样品独立成群,这个是恶性肿瘤细胞的特性。当然了,如果强行走一下整合这个算法,也是可以抹平病人异质性的这样的话后续的分群就是功能性亚群: Continue reading
NK细胞的单细胞层面细分亚群
通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是: Continue reading
cytoscape中文手册推荐(配视频)
刷朋友圈看到了一个《Cytoscape 3.10.0 用户手册》,在线阅读链接是 https://cytoscape.leovan.tech/ ,不喜欢看英文的小伙伴可以读一下: Continue reading
BD单细胞转录组分析怕不是一个笑话吧
单细胞转录组交流群有小伙伴鞭尸了这样的一个单细胞文章,标题是:《Single-cell multiomics revealed the dynamics of antigen presentation, immune response and T cell activation in the COVID-19 positive and recovered individuals》,我看了看,是 December 2022 发表,并不算是很老的单细胞转录组数据集。可以看到该文献的数据集链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201088
是 人的PBMC样品,Healthy (n = 4), COVID-19 (n = 16) and recovered (n = 13) ,这个单细胞转录组技术起初看起来是很高级 ,是BD single cell multiplexing kit (Human) ,包括: Continue reading
5000万数量的单细胞工作里程碑
闲逛推特发现了5000万数量的单细胞工作里程碑: Continue reading
作者为什么要上传一个错误的表达量矩阵呢
马拉松授课的一个学员孜孜不倦的互动了十几个问题了,终于到了单细胞环节。 Continue reading
最简单的统计学之取交集
在:换一个分析策略会导致文章的全部论点都得推倒重来吗,我们把一个单细胞转录组数据集进行基础的降维聚类分群,并且针对里面的上皮细胞亚群进行细分亚群,而且在 肿瘤单细胞转录组拷贝数分析结果解读和应用我们根据拷贝数情况判断了其中0,1,6还有cycle是恶性细胞亚群,接下来就通过生存分析聚焦到了恶性增殖的亚群,详见:关键单细胞亚群辅助判定之生存分析 Continue reading
周耀旗的科学网博客推荐(深圳湾实验室的资深研究员)
一直不怎么看科学网博客推荐,最近在《 深圳湾实验室》的公众号推文的推荐里面发现了周耀旗老先生的博客蛮有意思的,链接是:https://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=472757,下面是其中一些话题量比较大的文章: Continue reading
肿瘤相关成纤维单细胞亚群的iCAF和myCAF迷思
肿瘤相关成纤维(Cancer-Associated Fibroblasts,CAFs)是存在于肿瘤微环境中的一种细胞类型,起着重要的调控和支持作用。最近的研究表明,CAFs并非是一个均一的细胞群体,而是包含多个亚群体,其中每个亚群体可能具有不同的功能和表型。单细胞技术的发展使得科学家们能够更详细地研究和理解肿瘤相关成纤维的单细胞亚群。因为肿瘤领域的单细胞技术火爆,肿瘤微环境里面的免疫相关(不管是淋巴系还是髓系)都有了大量的 成果。反而是肿瘤微环境里面的基质细胞,比如内皮细胞,成纤维和周细胞目前还大有可为。 Continue reading
肿瘤免疫治疗相关组学数据集
受多年好友启发,准备收集整理一下肿瘤免疫治疗相关的单细胞数据集也做一个网页工具。因为看到了他们在在国际著名肿瘤免疫学期刊 Journal for Immunotherapy of Cancer(JITC) 上发表题为“TCCIA: A Comprehensive Resource for Exploring CircRNA in Cancer Immunotherapy“的研究成果。 Continue reading
肿瘤单细胞转录组拷贝数分析结果解读和应用
恰好这个月的学徒介绍了一个肺癌的单细胞转录组和空间转录组联合分析的文章,详见:换一个分析策略会导致文章的全部论点都得推倒重来吗,它里面的一个比较重要的结论上皮细胞细分了8个亚群后,可以根据肿瘤单细胞转录组拷贝数分析结果区分出来里面的4个恶性亚群和4个正常亚群,如下所示: Continue reading
肿瘤病人的单细胞转录组数据不做整合就能体现出来恶性癌细胞的病人异质性吗
最近看到了《单细胞天地》公众号介绍了一个文章肿瘤病人的单细胞转录组数据文章,器标题:《Subclone-specific microenvironmental impact and drug response in refractory multiple myeloma revealed by single‐cell transcriptomics》 Continue reading
中国科学院大学的2023的基因组学授课视频和PPT
最近刷到了朋友圈的国家生物信息学中心的公开课,非常丰富,其中2023的基因组学授课可能会适合广大的生物信息学朋友们。主页是: Continue reading
这种级别的单细胞数据公开了也很难有人使用
看到了一个单细胞表观资源文章,是 2.3 million individual brain cells from 117 anatomical dissections
对应的文章是Single-cell analysis of chromatin accessibility in the adult mouse brain. Nature 2023 Dec ,PMID: 38092917
分析得到的结果非常惊人,是 1 million cCREs and their chromatin accessibility across 1482 distinct brain cell populations
真的是名副其实的 a comprehensive atlas of candidate cis-regulatory DNA elements (cCREs)
数据确实是公开的: Continue reading
这两个疾病的患者的PBMC跟正常人的在单细胞转录组水平差异很大吗
众所周知,2型糖尿病是一种复杂的代谢紊乱,会引起各种并发症,包括牙周炎。所以研究者们就选取了这两个疾病( Type 2 diabetes mellitus (DM)和 periodontitis (PD) )的患者的PBMC公共数据集做研究: Continue reading
这5种博士千万不要招进课题组
最近朋友圈广为流传的5种废掉了的博士在读学生,给新晋导师们指出来,避坑一下! Continue reading
这4个工资待遇范围哪个不是事实呢?
最近不间断的偶尔看了看一些博士后招聘职位,中国大陆地区的基本上都得满足下面的3个要求:
感觉蛮有意思的,关于这个35岁以下才能进站做博士后的硬性条件。所以我在为什么美帝那边的博士后不限年龄呢 提出来了一个开放性的问题给大家讨论,为什么国内的博士后和普通人工资待遇可以相差5到10倍,而美帝最多一两倍差距呢? Continue reading
又吸烟又酗酒的医生真的能成功劝服病人戒烟戒酒吗
刷到了朋友圈医生朋友们转发的2017的一篇文章《Unprofessional content on Facebook accounts of US urology residency graduates》是针对医生社交帐号的研究,表明40% 的医生的社交平台可能存在令人反感的内容,包括脏话、酗酒、工作或会议中的不专业行为、以及具有性暗示的姿势或服装。。。 Continue reading
有一些软件不应该是使用conda的默认安装
自从我们运行了生物信息学奇迹产品《共享服务器》之后,遇到了大量的服务器使用场景的小白提问。怕大家误解以为是我们服务器问题,我只好亲力亲为尽可能的辅导大家生物信息学基础知识点,比如有一些软件不应该是使用conda的默认安装,否则就会出现如下所示的问题! Continue reading
亚群细分及表型相关的关键亚群鉴定
前些天在《生信技能树》的微信视频号做了一个肿瘤单细胞转录组的数据分析直播,文章是:《Delineating the dynamic evolution from preneoplasia to invasive lung adenocarcinoma by integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics》详见:换一个分析策略会导致文章的全部论点都得推倒重来吗。
其中第一层次降维聚类分群后给出来了合理的生物学命名,详见:肿瘤单细胞转录组的第一层次降维聚类分群, 整体来说这个复现的代码在百度云分享给大家:链接:https://pan.baidu.com/s/1niFqyAiUU3yXK1W26b8RvQ?pwd=nbmj
如下所示: Continue reading