RSeQC对 RNA-seq数据质控
一:下载安装该软件
wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download
tar zxvf RSeQC.tar.gz
cd RSeQC-2.5/
进入目录查看文件内容如下,看到了setup.py,所以知道这个是一个python的包,需要安装到python的库下面。
RSeQC对 RNA-seq数据质控
一:下载安装该软件
wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download
tar zxvf RSeQC.tar.gz
cd RSeQC-2.5/
进入目录查看文件内容如下,看到了setup.py,所以知道这个是一个python的包,需要安装到python的库下面。
fastqc软件的使用
一:下载安装该软件
具体搜索其地址下载,fastqc是一个java软件,下载后可以直接使用,但是需要自行配置好java环境,具体配置方法,见linux下java配置。
菜鸟建站教程三部曲
门牌号(域名)——房间(主机)——装修(网站源码)
在没有拥有自己网站之前,我曾无数次害怕过这个过程,以为会有各种各样的麻烦,需要学html、sql、php、javascript、Dreamweaver、需要花大量的时间写程序,需要花大笔的金钱去买域名买空间,而且买到域名和空间也不知道还会有哪些步骤,一切的一切都看起来是那么的困难。而今回首,才发现,整个过程居然只有一个小时即可!!!
NCBI的taxid简单介绍
物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面,在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ,NCBI人为的给自然界所有的物种都给了一个编号,这个编号就是taxid,是根据计算机里面树这种数据结构来编码的,其中人类的编号是 9606,7227是果蝇,我们只需要进入这个物种的taxid里面就能看的关于它的一切NCBI存在并且收集好的信息。
wordpress安装代码高亮插件
能做到代码高亮的插件实在是太多了,我这里随便选择一个。首先在wordpress的插件里面查找SyntaxHighlighter Evolved这个插件。
NCBI的blast++软件的使用
目录
一:下载安装该软件
二:准备数据
三:运行命令
四:输出文件解读
正文
一:下载安装该软件
在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz Continue reading
搜索其他学者的RNA数据处理流程(包括原始数据、脚本、中间文件)
一:原始数据
是谷歌里面无意中搜索到的,是某个物种的RNA数据,不是很大,但是里面有所有的分析流程,非常方便,对原始reads进行了组装,和注释。
http://moana.dnsalias.org/~sgeib/Anth_RNAseq/Run2.1/RawData/
打开网址可以看到raw data的下载链接
阅读文献并下载原始数据知illumina的Chip-seq数据
目录
一:阅读文献找到总实验项目
二:在根据实验项目地址找到所有实验数据的下载地址
三:构造脚本并下载
四:用sra-toolkit工具解压
正文
一:阅读文献找到总实验项目
该chip-seq数据其实隶属于一个大的实验项目组,其下载地址如下http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52964
阅读文献并下载原始测序数据之helicos转录组数据
目录
正文
一、阅读pdf文献,并找到原始数据搜索关键词
可以看到它的下载索引是SRP003040,阅读文献可知其包含4种细胞的6种处理方式的转录组数据
希望有在深圳的生信从业人员或者学生能看到此广播,我们可以组成兴趣小组交流一下各自所学,或者合作翻译一些技术文档或者制作生信常用软件的使用说明书。
简单介绍一下本人,精通perl和R,勉强可以使用python和matlab,熟练生信的linux环境配置及各大软件的配置。熟练使用基因组及转录组的大部分软件。
现在计划对一些生信入门资料做简单整理,包括以下五个部分内容,及自己的一些随笔。
慢慢的我都会把这些制作一个简易介绍文档,如果兴趣小组规模足够大,我们也可以制作精美ppt。希望找到深圳生信朋友我们一起交流,一起合作,一起进步。
因为反正做生信的不用加班,平时跑个代码也不忙,有很多时间可以研究技术,而且这种技术跟着大家一起学是最快的,而且现场交流非常方便,平时周六日什么的大家可以聚会一起玩,最好不要是华大的,不是歧视他们,主要是太偏僻了。
有意者联系我QQ1227278128,或者直接打给我电话也行,15314025716。