前面我们在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 ，然后在生信菜鸟团分享了：中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学。 Continue reading →

昨天我们分享了：《 细胞亚群细分的时候仍然是要选择harmony等算法去除样品差异 》，有粉丝留言提到这个使用harmony等算法去除样品差异，不应该是最开始就弄吗。为什么要到细分亚群的时候才做呢？ Continue reading →

我们正常单细胞表达量矩阵，是有2万个基因。但是通常情况下我们走单细胞流程，会仅仅是挑选2000个高变基因做后续分析，所以FindMarkers函数默认就是针对这2000个基因在做分析。 Continue reading →

前面我们介绍了一系列的LncRNA鉴定相关文献的案例精选：

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前面我们跑完了hisat2和stringtie流程，拿到了组装好的gtf文件。详见：LncRNA鉴定上游分析 Continue reading →

前些日子我们《生信技能树》的工程师做了一个ATAC-seq的项目，给客户汇报结果的时候，照例提供了全套代码。不过这次是从fq文件开始，所以大量代码都是在Linux平台的命令行而已，虽然给了客户全部的代码，但是客户直接说不想学，问有没有基于R的实现方式。 Continue reading →

看到vip交流群有人询问根据基因名称，批量下载碱基序列的方法，其实就是一个R包《rentrez: An R package for the NCBI eUtils API》 Continue reading →

我们以前就提到过：很多出名的单细胞数据集，比如Pollen et al. 2014 数据集，本质上属于地址为https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.datasets/human/tissues/ ，的宝藏网页。 Continue reading →

我们发布了转录组产品线的一些服务，连接生信技能树粉丝群体的数据分析工程师和有数据分析的科研人员： Continue reading →

看到了发表于2021年4月在NC期刊的文章，标题是：《DUSP16 promotes cancer chemoresistance through regulation of mitochondria-mediated cell death》，链接是：https://www.nature.com/articles/s41467-021-22638-7 Continue reading →

我看到了一个研究可能对大家有帮助，《Transcriptional response profiles of paired tumor-normal samples offer novel perspectives in pan-cancer analysis》， Continue reading →

看到Y叔的公众号发出了：Published:July 01, 2021

• DOI:https://doi.org/10.1016/j.xinn.2021.100141
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关于这个estimate，我们在生信技能树公众号已经是多次分享了，主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题，所以我们拿到了肿瘤数据（比如表达量矩阵）里面除了恶性癌症细胞的，还有基质细胞和免疫细胞的特性。所以2013年的一个数据挖掘文章，就整理了两个基因集来根据表达量矩阵去量化肿瘤样品里面的基质细胞和免疫细胞的比例。（其实是非常的粗糙，只不过是发的比较早，所以引用很多） Continue reading →

看到一个很简单的临床工作文章，标题是：《Association of Body Mass Index With Somatic Mutations in Breast Cancer》，发表在 Front. Oncol., 01 April 2021 | Continue reading →

我们在前面的教程：不是maf格式的somatic突变数据就没办法读入到maftools了么，提到了假如小伙伴们是在 https://xenabrowser.net/datapages/ ，找到 GDC TCGA Breast Cancer (BRCA) (20 datasets) ， Continue reading →

2020年我们在jimmy老师的支持下成功举行了两场培训，由于培训课程均为前沿内容，所以每期培训班招生一般2~3天结束。 Continue reading →

我们在前面使用3个教程来说明肿瘤微环境,，是一个目前比较流行的方法 estimate看基质和免疫细胞比例 ，来源于2013数据挖掘文章，作者就整理了两个基因集来根据表达量矩阵使用estimate方法去量化肿瘤样品里面的基质细胞和免疫细胞的比例。目录是： Continue reading →

马拉松课程学习群有学员提问，她参考了一个自定义函数修改pheatmap热图，但是一直报错。其实是因为她选取的基因超出了热图里面的全部基因，但是如果辩证思维不够，就会怀疑函数本身的问题。 Continue reading →

如果你对《Nature Methods》2020年度技术：空间转录组学 还很陌生，那么这个与上海伯豪工程师团队面对面交流的机会决不能错过！ Continue reading →

前面的CNS图表复现专辑，我们写了20个笔记并且分享给大家了，见目录： Continue reading →