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cibersoft使用SVM算法实现去卷积

熟悉DNA测序的朋友应该是知道对肿瘤病人进行WES或者WGS等基因组测序后,可以得到成百上千的somatic突变,而这些突变都是ATCG碱基直接变化,所以它们变化的组合情况就6种,而加上上下文碱基也就96种,这96种碱基变化的比例的特殊组成,就是mutation signatures,而且COSMIC数据库上面有着30种已知的signatures,我们可以把这些signatures当做是一个有意义的生物学功能,这样一旦我们拿到自己的突变数据, 就可以通过非负矩阵分解的方法把自己的突变数据分解为这30个signatures的组合,那么如果我们拿到的是表达矩阵呢? Continue reading

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CancerQuest(埃默里大学的一个癌症教育和外展项目)

有多少人做的是癌症相关研究,但其实对自己的研究对象了解很少,只是一些流行病学指标,全球各大国家地区的发病率和死亡率。所以前些天我推荐了:《高通量测序技术在肺癌领域的应用(书籍推荐)》 ,很多粉丝留言说看得非常过瘾,那就再推荐一些癌症背景知识学习资源。 Continue reading

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这也怪我咯?

最近微信里“躺尸”四年的一个“好友”因为朋友圈点赞聊了几句,混的不太好,也抱怨了自己肿瘤液体活检数据分析遇到的疑难杂症在我生信技能树公众号找不到解决方案。提到了一个很新颖的观点:因为我这些年持续发布免费教程、免费视频,免费分享把这个行业利润搞低了,所以大家没有人研发高级收费课程,因为赚不到钱!而且他自己有一些想分享的经验也不好意思开课赚钱。​ Continue reading

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一周内搞定基于Linux的NGS上游分析

距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学的活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组实战水平,进而完成了一个自己的课题!如果你也感兴趣这个活动,那么,直达文末找到活动链接,申请加入吧! Continue reading

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学徒作业-我想看为什么这几个基因的表达量相关性非常高

不知道多少人看完了全网第一个单细胞课程(免费基础课程),免费学习地址在B站:https://www.bilibili.com/video/av38741055 而且完成结业考核20题:https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w ,作业里面有一个头颈癌单细胞的:
课程配套资料(主要是代码和PPT)文档在:https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0 Continue reading

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学会看IHC病理切片从HPA开始

人类蛋白图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库已经成为了数据挖掘标配,通常你定位到了感兴趣的有生存预后意义的基因,就会去HPA数据库看看!

比如发表在Front. Oncol., 11 September 2018 | https://doi.org/10.3389/fonc.2018.00374的文章,定位到了5个hub基因,就去HPA数据库看乳腺癌的tumor和normal组织的这些基因的比例切片情况。 Continue reading

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下载R包却联网失败?初学者的痛

Windows电脑使用R语言有几个绕不过去的坑,就是管理员权限,中文用户名等等,所以我们开展R语言学习班,都需要重新发几次:Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢 ,有一个联网问题本来是疑难杂症,因为我们的讲师助教团队带了二十多场学习班才遇到过一次,也在生信技能树分享了BiocManager无法安装R包的经验,不就是修改options(download.file.method = ‘libcurl’),还需要加上options(url.method=’libcurl’)。 Continue reading

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听说你想学scATAC

组学技术层出不穷,基本上都可以在单细胞水平实现,虽然大家接触的都是单细胞转录组,其实主要是因为10X仪器商业化的成功,目前10X在主攻scATAC和空间转录组解决方案,那么肯定会有人感兴趣scATAC的数据处理了。 Continue reading

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使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果

前面我们分享了:microRNAs靶基因数据库哪家强,提到了综合了12个网页工具的miRWalk,以及整合了7个工具的miRSystem,但是最后我们仍然是推荐R包multiMiR作为提取miRNA的预测靶基因结果的解决方案,除了因为它综合了14个网页工具,而且还是这个月更新过,还有一个很大的原因是,我喜欢编程,喜欢R语言! Continue reading

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使用ESTIMATE计算肿瘤的免疫得分

虽然是生物学过程很多,但是免疫的重要性毋庸置疑,大家的肿瘤研究课题最后很喜欢定位到免疫这个话题。

计算肿瘤的免疫得分的软件算法不少,其中ESTIMATE是一个还算比较容易理解的,优秀的工具,但是我发现关于它的教程非常少,而且基本上都以我多年前在生信技能树分享教程为原型:使用ESTIMATE来对转录组表达数据根据stromal和immune细胞比例估算肿瘤纯度 Continue reading

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每月一生信流程之rnaseqGene

每月一生信流程栏目灵感来自于《铁汉1991》博客的《每日一生信》,他那个时候介绍的主要是生信基础知识,包括数据结构,数据格式,数据库资源,计算机基础等等,所以每天都可以进步,每天都有成果。这些基础知识已经被分享的七七八八了,所以我这里推陈出新,来一个每月一生信流程,陪生信技能树的粉丝们一起进步! Continue reading