四年前我写过介绍GEO和SRA数据库的推文 ；

• 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够
• 解读SRA数据库规律一文就够 Continue reading →

组会上同学分享了一篇实验生物学文章，有趣的是里面用到了RNA-seq，而且数据量不行，不过分析的点非常少，由此可以说明RNA-seq技术的常规化了。 Continue reading →

本来以为是写了：【紧急通知】下载R包却联网失败？初学者的痛，大家应该是不再发邮件咨询我R包安装问题，没想到的是碰到了R包各大镜像纷纷宕机！ Continue reading →

这两天在解析cibersoft算法的时候，看到了里面的SVM，有趣的是它并不是针对分类变量的svm，所以我就去搜索了学习资料，本来我是想搜索我自己的：一文掌握SVM用法（基于R语言），但是它并不在检索引擎的优先级。 Continue reading →

众所周知，癌症具有异质性，在乳腺癌领域，不同亚型的癌症比不同器官来源癌症的差异要大很多。最简单癌症分类，当然是一个基因，比如ER阳性或者ER阴性的乳腺癌患者，并不是说人类有2万多个蛋白编码基因就可以有2万多种分类，其实在乳腺癌领域常用的分类，就是ER,HER2,PR等等，如果这3个基因都不表达，就是临床里面比较恶性的三阴性乳腺癌啦。 Continue reading →

microRNAs早就不再是科研热点，但毕竟还是遗留下来了不少数据，而且好歹是TCGA计划的多组学中的一环。在自己的研究增加miRNA的角度也是极好的， 通常大家有4个需求：

• 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA有哪些靶基因
• 想知道自己感兴趣的一个或者多个基因由哪些miRNA调控
• 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA跟哪些疾病或者药物相关
• 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA是否调控自己感兴趣的一个或者多个基因 Continue reading →