学会看IHC病理切片从HPA开始

人类蛋白图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库已经成为了数据挖掘标配,通常你定位到了感兴趣的有生存预后意义的基因,就会去HPA数据库看看!

比如发表在Front. Oncol., 11 September 2018 | https://doi.org/10.3389/fonc.2018.00374的文章,定位到了5个hub基因,就去HPA数据库看乳腺癌的tumor和normal组织的这些基因的比例切片情况。

如下:

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这个数据库不仅仅是可以看你感兴趣的基因,用来辅助你的研究成果的发表,更重要的是里面有关于IHC这一点比例切片染色方法的基础知识详细介绍:https://www.proteinatlas.org/learn/dictionary/pathology/breast+cancer+1

检查具体的某个抗体信号

在乳腺癌样本的IHC里面用的最多的蛋白抗体是:

  • estrogen a receptor (ER, ESR1)
  • progesterone receptor (PR, PGR)
  • HER-2 (ERBB2)
  • proliferation marker Ki-67 (MKI67).

资源非常丰富

https://www.proteinatlas.org/learn/dictionary/expression/ESR1+3

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