最近整理自己的书房，发现很多好书已经被束之高阁长达五年，也有一些是学徒带过来的经典，比如《癌生物学》，看了几十页，爱不释手，想起来珠江肿瘤的robin组织过他那边的学生写过这本书的笔记，所以借花献佛分享给我们生信技能树的粉丝。 Continue reading →

我在上海国际乳腺癌论坛（SIBCS）公众号看到他们解读的《人间世》第二季第五集《抗癌之路：癌症的黑匣里仍有微光》，值得分享：
同样的病人在上海复旦大学附属肿瘤医院检查被判断为三阴性乳腺癌，但是赴美就医，在 安德森医院 的穿刺报告显示她的肺部转移灶雌激素受体呈阳性。不同的诊断结果，意味着不同的治疗方案。 （其实原发灶和转移部位本来就是可以不同亚型的啊！） Continue reading →

如果能在假期刷完这些文献的摘要，你就是了不起的科研人员了！

• 第44期：代谢途径，GWAS，信息疾病，癌症统计数据
• 第43期：泛基因组学, 蛋白质结构预测和设计, 数据标准化方法, 单细胞多组学, 蛋白质组学
• 第42期：全长转录组、基因调控网络
• 第41期：免疫浸润、免疫调控数据库、scRNA-seq、降维可视化
• 第40期：深度学习，药物基因组学，假基因
• 第39期：非编码RNA，scRNA-seq分析工具，深度学习，组织透明化成像技术，肿瘤转移 Continue reading →

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片，然后图像处理（主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件）得到信号值，但是值得注意的是，这个时候有两个信号值矩阵，分别是：the background matrix Eb as well as for the foreground matrix E. Continue reading →

最近又需要使用一个肿瘤外显子看cnv的R包，根据全局的vcf文件，就是FACETS，发表该包的文章是：FACETS: allele-specific copy number and clonal … - NCBI - NIH

是大名鼎鼎的MSKCC单位的研究人员开发的， 作者：R Shen - ‎2016 - ‎被引用次数：189 - ‎相关文章 Continue reading →

年前我们布置过一个 agilent芯片的探索任务，很可惜，没有人接单，也许是得等我某一天遇到了，或者时间充裕了会去解决它吧！现在再来一个疑难杂症吧，就是生不逢时的Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的数据处理。
前面我提到过[HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的分析其实挺麻烦的，首先需要搞清楚下面3个平台的差异： Continue reading →

你只需要去查询gencode数据库，就可以看到LINC01666的的坐标是已知的， ENSG00000279579 chr21 8759077 8761335，长度也就是2kb多一点而已，所以在上面设计探针的话应该是不会太多的。请大家记住这个坐标：chr21:8759077-8761335 Continue reading →

我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见：

• 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版)
• 通过WGCNA作者的测试数据来学习
• 重复一篇WGCNA分析的文章（代码版） Continue reading →

因为自己博士课题是关于乳腺癌肿瘤异质性的研究，所以对这个癌症的背景知识稍微多一点。顺理成章的我出的大量学徒作业也是关于乳腺癌的，其中乳腺癌里面最恶性的就是TNBC，或者说三阴性乳腺癌啦。看到了不下50篇TNBC相关数据挖掘文章，基本上都是TCGA或者METABRIC数据库啦，但是不同文章对TNBC定义有冲突，而且样本数量都不一致，​很是尴尬！​ Continue reading →

我前面写过 单基因GSEA分析策略（数据分析免费做活动继续） ，然后马上就碰到了一个求助，复现下面的图表！
发表在Cancer Management and Research的简单数据挖掘杂志：Apolipoprotein C1 (APOC1) promotes tumor progression via MAPK signaling pathways in colorectal cancer，仔细下载文献学习。 Continue reading →

我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见：

• 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版)
• 通过WGCNA作者的测试数据来学习 Continue reading →

我特别不喜欢写网页工具或者鼠标点点点的软件操作指南，因为感觉就跟QQ软件一样，自己摸索就ok了，所以我的cytoscape十讲就一直处于施工阶段：

• Cytoscape十讲之网络图的认知
  • Cytoscape十讲之下载
    每次都是写到一半，就弃稿了！ Continue reading →

本来呢，我的GitHub已经有一个GEO项目了，上面罗列了我大量的表达矩阵数据分析代码，理论上这个甲基化芯片信号值矩阵差异分析也是属于GEO公共数据库挖掘。 Continue reading →