其实主要要讲的不是用excel来做差异分析，只是想讲清楚差异分析的原理，用excel可视化的操作可能会更方便理解，而且想告诉大家，其实生物信息学分析，本来就很简单的，那么多软件，只有你理解了原理，你自己就能写出来的！
首先，还是得到表达矩阵，下面绿色的样本是NASH组，蓝色的样本是normal组
我们进行差异分析，很简单，就是看两组的表达值，是否差异，而检验的方法就是T检验。
=AVERAGE(D2:L2) ##求NASH组的平均表达量
=AVERAGE(M2:S2) ###求normal的平均表达量
=T2-U2 ##计算得到logFOLDchange值
=AVERAGE(D2:S2) ###得到所有样本的平均表达量
=T.TEST(D2:L2,M2:T2,2,3) ###用T检验得到两个组的表达量的差异显著程度。
简单检查几个值就可以看到跟limma包得到的结果差不多。
下载该R语言包，然后看说明书，需要自己做好三个数据（表达矩阵，分组矩阵，差异比较矩阵），总共三个步骤（lmFit,eBayes,topTable）就可以啦
首先做第一个数据，基因表达矩阵！
自己在NCBI里面可以查到下载地址，然后用R语言读取即可
exprSet=read.table("GSE63067_series_matrix.txt.gz",comment.char = "!",stringsAsFactors=F,header=T)
rownames(exprSet)=exprSet[,1]
exprSet=exprSet[,-1]
然后做好分组矩阵，如下
然后做好，差异比较矩阵，就是说明你想把那些组拿起来做差异分析，如下
最后输出结果：
我进行了6次比较，所以会输出6次比较结果
最后打开差异结果，解读，说明书如下！
在我的github有完整代码
打开官网：http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?hsa00001+3101
http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext#A1 （这个好像打不开）
可以在里面找到下载链接
下载得到文本文件，可以看到里面的结构层次非常清楚，
C开头的就是kegg的pathway的ID所在行，D开头的就是属于它的kegg的所有的基因
A,B是kegg的分类，总共是6个大类，42个小类
grep ^A hsa00001.keg
A<b>Metabolism</b>
A<b>Genetic Information Processing</b>
A<b>Environmental Information Processing</b>
A<b>Cellular Processes</b>
A<b>Organismal Systems</b>
A<b>Human Diseases</b>
也可以看到，到目前为止（2015年12月8日20:26:57），共有343个kegg的pathway信息啦
接下来我们就把这个信息解析一下：
perl -alne '{if(/^C/){/PATH:hsa(\d+)/;$kegg=$1}else{print "$kegg\t$F[1]" if /^D/ and $kegg;}}' hsa00001.keg >kegg2gene.txt
这样就得到了
但是我发现了一个问题，有些通路竟然是没有基因的，我不是很明白为什么？
C 04030 G protein-coupled receptors [BR:hsa04030]
C 01020 Enzyme-linked receptors [BR:hsa01020]
C 04050 Cytokine receptors [BR:hsa04050]
C 03310 Nuclear receptors [BR:hsa03310]
C 04040 Ion channels [BR:hsa04040]
C 04031 GTP-binding proteins [BR:hsa04031]
那我们来看看kegg数据库更新的情况吧。
首先我们看org.Hs.eg.db这个R包里面自带的数据
Date for KEGG data: 2011-Mar15
org.Hs.egPATH has 5869 entrez genes and 229 pathways
2015年八月我用的时候是 6901 entrez genes and 295 pathways
现在是299个通路，6992个基因
所以这个更新其实很缓慢的，所以大家还在用DAVID这种网络工具做kegg的富集分析结果也差不大！
虽然优酷比较坑，但是他的受众多，大家可以去http://i.youku.com/trainee 上面找到我的全部视频，免费观看！
视频列表是http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial/video_list.html ，能顺利点击的链接代表视频录制完毕。
这次视频课程的大纲是http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial/syllabus.htm，但是很有可能会修改！
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大家好，欢迎观看由生信菜鸟团举办的生物信息学公益视频课程，我是主讲人Jimmy。
本课程仅面向那些生物出身却想转生物信息学数据分析的同学，其它人均不在考虑范围。
本课程在中国大陆录制，会尽量遵循中国大陆法律，如有法律问题，请联系我的律师，谢谢！
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还有，本人不差钱，所以视频均免费的，录制完毕后我会放出百度云共享，现在还在测试阶段。
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